И что вы думаете? Фуриновый сайт — надпись «режь здесь», которая сидит между S1 и S2, — отсутствует у RaTG13, но есть у SARS2.
Как мог этот SARS2 заполучить этот сайт?
Конечно, он мог возникнуть сам собой. Но это малоправдоподобно.
Четыре аминокислоты — это 12 нуклеотидов, расположенных в правильном порядке. Это довольно сложная фраза на белковом языке.
Конечно, в процессе эволюции природа сочиняет и еще более сложные фразы. И если бы речь шла о какой-то новой, не имеющей аналогов комбинации, то мы бы могли с уверенностью сказать, что это результат эволюции.
Но фуриновый сайт-то как раз аналоги имел! А опыты по вставкам фуринового сайта в коронавирусы были, как мы увидим, повсеместным поветрием. Года не проходило, чтобы его не вставили. В данном случае получалось, что природа, печатая вслепую на машинке, не просто напечатала нужную фразу — она напечатала именно ту фразу, которая хранилась у экспериментатора в соседней комнате.
Разумеется, SARS2 мог заполучить фуриновый сайт другим способом, а именно — рекомбинацией. Если два родственных друг другу вируса оказываются в одной и той же клетке, то они могут обменяться генетической информацией, и тогда новый вирус будет собран из кусков и «запчастей» своих предшественников. Рекомбинация для вирусов — это то же, что половое размножение для высших животных. SARS2 является бета-коронавирусом, и он мог бы заимствовать фуриновый сайт у любого другого бета-коронавируса.
Проблема в том, что ни один близкий родственник SARS2 — вообще ни один коронавирус, геном которого более чем на 40% совпадает с SARS2, — не имеет фуринового сайта. «Он им попросту не нужен, — объясняет Юрий Дейгин, — для заражения летучих мышей фуриновый сайт не требуется».
Что же остается? Gain of function. Ши Чженьли знала о фуриновом сайте, она работала с фуриновым сайтом, — и SARS2, в отличие от RaTG13, имеет фуриновый сайт.
Одно это уже настораживало бы.
Однако Юрий Дейгин первым заметил еще одну поразительную вещь.
ДНК и РНК несут в себе генетическую информацию, которую они кодируют с помощью нуклеотидов. Нуклеотиды, собранные по три в кодон***, кодируют какую-нибудь аминокислоту. При этом нуклеотидный код имеет высокую избыточность. Ведь аминокислот всего 20, а число возможных комбинаций трех нуклеотидов — 64. Поэтому многие аминокислоты кодируются разными комбинациями.
Фишка тут в том, что разные организмы имеют разные преференции в том, что касается этих комбинаций. Они, если угодно, пользуются разными языками. К примеру, в человеческом организме аргинин обычно кодируется сочетаниями CGT, CGC или CGG. А вот коронавирусы сочетание CGG почти не используют.
Так вот — последовательность аминокислот, которая составляет фуриновый сайт у SARS2, proline-arginine-arginine-alanine, кодируется как последовательность нуклеотидов CCT-CGG-CGG-GCА.
Иными словами, SARS2 не просто имеет, в отличие от RaRG13, фуриновый сайт. Он имеет фуриновый сайт, в котором аргинин закодирован с помощью кодона, который используется коронавирусами лишь в 5% случаев, а двойная комбинация CGG-CGG не встречается нигде.
Объяснить это естественной эволюцией довольно сложно. «А вот если речь идет о бегстве из лаборатории, двойной кодон CGG не является сюрпризом. Кодон, который предпочитают человеческие клетки, постоянно используется в лабораториях. Так что тот экспериментатор, который хотел бы вставить фуриновый сайт в геном вируса и синтезировал бы последовательность нуклеотидов, порождающую PRRA, в лаборатории, скорее всего, использовал бы для этого кодоны CGG», — пишет Вейд.
«Фуриновый сайт — это smoking gun, особенно два кодона CGG, — говорит Константин Чумаков. — Если вставка произошла бы природным путем, то тогда бы речь шла о рекомбинации из вирусов, у которых фуриновый сайт уже есть, а тогда откуда там двойной CGG, если это вирус тоже летучей мыши? Это вполне согласуется с идеей, что это было сделано искусственно».
RBM и панголины
Юрий Дейгин отмечает еще одно обстоятельство — настолько странное, что я даже колебалась, включать ли его в эту статью. В отличие от двойного кодона CGG, оно теоретически может быть результатом конвергентной эволюции, и, кроме того, оно могло произойти из-за контаминации проб. Но меня терзают смутные подозрения, что именно эта странная история может быть ключом ко всему.
Дело вот в чем.
В самом начале эпидемии, как мы помним, появились предположения, что промежуточным хозяином вируса могли быть панголины — удивительно красивые и неповоротливые родственники муравьедов, сплошь покрытые чешуей.