В эти годы Великая княгиня задумала создать в Москве монастырь по типу западных, какие она видела за границей. Был составлен проект устава монастыря, выбранный из многих присланных на конкурс проектов. Великая княгиня одобрила проект, присланный отцом Митрофаном, но никак не могла подобрать сёстрам обители духовника, какой требовался по уставу отца Митрофана. А по уставу требовался такой священник, который, имея матушку, жил бы с ней не как с женой, а как с сестрой. Но так как такого не находилось, то княгиня предложила отцу Митрофану самому вступить в эту должность. Он был вызван в Москву и долго отказывался, так как любил свой приход и жалел свою паству, которая ни за что не желала расстаться со своим духовным отцом. Отец Митрофан был очень популярен в Орле, его все уважали и искали его совета. «Бывало, начнёшь давать крест после обедни, а народ все идёт и идёт. С одним побеседуешь, другой просит совета, третий спешит поделиться своим горем — и так тянутся часы... А матушка все ждёт меня обедать, да только раньше пяти часов вечера я никак из церкви не выбирался», — рассказывал батюшка.
Но как ни предан был отец Митрофан своему делу, а предложение Великой княгини считалось почти приказанием и противиться ему батюшка не смел. Он обещал подумать, а сам, как только отъехал от Москвы, твёрдо решил отказаться. «Остановился я в одном подмосковном имении на обратном пути в Орёл, — рассказывал батюшка, — а самого одолевают мысли, душа мятется... Как вспомню родной город, слезы моих духовных детей, так сердце моё разрывается от горя... Так хожу я среди тенистых аллей, любуюсь пышной природой, цветами и вдруг чувствую, что одна моя рука отнялась и я не могу ей пошевелить. Делаю попытку поднять руку, но безуспешно — ни пальцы не шевелятся, ни в локте руку согнуть не могу. Как будто нет у меня руки! Я был в ужасе: кому я теперь нужен без руки? Я же не могу служить. Я понял, что это Господь меня наказывает за непокорность Его святой воле. Тут же, в парке, я стал горячо молиться, умоляя Создателя простить меня, и обещал согласиться на переход в Москву, если только Господь вернёт мне мою руку. Прошло часа два, и рука моя стала понемногу оживать. Я приехал домой и объявил приходу, что должен покинуть их. Что тут было! Плач, вопли, рыдания... Я сам плакал вместе с моими дорогими горожанами. Начались уговоры, ходатайства. Я обещал Великой княгине скоро переехать, но сам не смел порвать со своим любимым детищем, с дорогим приходом. Шли месяцы. Москва ждала меня, а я медлил, и решение моё колебалось. И наконец я убедился, что порвать с приходом свыше моих сил, и написал отказ. После этого я снова лишился руки. Меня опять вызвали в Москву. Полный горя и отчаяния, я пошёл в Москве к чудотворной иконе Царицы Небесной, к Иверской Божией Матери. Её возили по всей России, и когда она снова прибывала в Москву, то наплыв народа к ней был необычаен. Я стоял среди толпы, обливаясь слезами, и просил Царицу Небесную исцелить мою руку. Я обещал ещё раз твёрдо и непреклонно принять предложение княгини и переехать в Москву, лишь бы мне была возвращена рука и я мог бы по-прежнему совершать Таинства. С благоговением и страхом, верой и надеждой приложился к чудотворному образу... Я почувствовал снова жизнь в руке, снова зашевелились пальцы. Тогда я радостно объявил Великой княгине, что решился и переезжаю. Но нелегко было это осуществить! В день моего отъезда поезд, на котором я должен был уезжать, не мог двинуться с места. В девять часов утра тысячные толпы народа запрудили вокзал и полотно железной дороги. Была вызвана конная полиция, которая пыталась очистить путь, но только в три часа дня поезд отошёл, провожаемый плачем и стоном моих покинутых духовных детей».
Батюшка тяжело опустился в кресло и склонил голову. Казалось, силы покинули его. Передо мной снова был слабый и больной старец, доживавший последний год своей многострадальной жизни.
То были дни ноябрьских торжеств. Вот в эти выходные дни вечером неожиданно приехал из Москвы знаменитый врач-гомеопат Песковский, который приходился родным племянником больной матушке. Он был глубоко верующим человеком и очень любил батюшку. Он подошёл к кровати матушки, встал на колени и со слезами целовал её расслабленные руки. «Ведь она ему как родная мать была, — объяснил батюшка, — лет с десяти он остался сиротой и жил с нами как сынок наш».