Высадив войска на небольшой пляж у форта Инглис, Кокрейн отправил солдат на штурм. Часть десантной команды поднималась по узкой тропинке от форта к берегу, а небольшой отряд взбирался по крутой скале. Когда же тыловой отряд после ружейного залпа начал свою штыковую атаку с криками арауканских индейцев, дух испанцев был сломлен и они бежали из форта.
Чилийцы захватили форт, потеряв семь человек.
Успех был развит. Пушки соседних двух фортов и батарей были бесполезны против атаки с суши, и пользуясь паникой и суетой, люди Кокрейна захватили и их, фактически заняв всю западную часть бухты. Остатки роялистских сил западного берега бухты укрылись в замке Корраль. Комендант замка сильно запил.
5го февраля бриг и шхуна революционеров прошли под огнем форта Ниблы, и приняли на борт двести человек из тех, кто захватывал укрепления западного берега, делая вид, что готовятся начать штурм восточного побережья.
В это время показался «О’Хиггинс», идущий с моря в сторону Вальдивии под чилийским флагом. Так как корабль из-за течи сидел в воде довольно глубоко, испанцы решили, что с подкреплением к нападавшим явился сам Кокрейн на фрегате, забитым солдатами. Гарнизон бежал из города.
Один из кораблей, участвовавших в захвате города, всё же был потерян — бразильский бриг сел на мель, корпус его разошёлся, и он затонул.
В Вальдивии Томас Кокрейн захватил более 50 тонн пороха, огромное количество ядер и пуль, 128 оружий и судно «Долорес». Но самым значимым в этой победе стала потеря испанцами крупнейшего опорного пункта и базы флота.
Перуанская Экспедиция
Следующей важной вехой в борьбе за независимость стран Южной Америки было освобождение Перу из-под власти всё той же Испании. 20 августа 1820 года из Вальпараисо отплыла эскадра, получившая позже название Освободительной Перуанской Экспедиции. Более четырех тысяч солдат высадились в Перу, недалеко от города Писко. Долгое бездействие Сан-Мартина, обусловленное конфликтами как внутри Аргентинского, так и Чилийского правительств, взбесило деятельную натуру нашего героя. Кокрейн поднял якоря и отправился в Кальяо на разведку. Там разведчики на лодках обнаружили, что из трёх крупнейших кораблей испанского флота в бухте стоит только один, самый крупный — фрегат «Эсмеральда».
Кокрейн не был бы Кокрейном, если бы упустил такую возможность.
Ночью, в полной тишине, лодки чилийцев двинулись в гавань. Пройдя мимо нейтральных американцев, которые пожелали им удачи в операции, лодки с двух сторон подошли к бортам «Эсмеральды», и абордажная команда ворвалась на палубу. Одним из первых поднявшихся на палубу фрегата был сам Томас Кокрейн.
Нельзя сказать, что сонных испанцев «взяли тепленькими» — сражались они отчаянно. Но чуть больше чем за четверть часа фрегат был захвачен.
На берегу поняли, что дело пахнет Кокрейном, и открыли огонь по «Эсмеральде», уходящей из бухты.
Незадолго до этого британский фрегат «Гиперион» и американский фрегат «Македониан» вышли из бухты, расположив на корме фонари в виде определённого сигнала, обозначающего нейтральное судно. Отойдя подальше от берега, на «Эсмеральде» повторили этот сигнал, и на берегу прекратили огонь, боясь по ошибке попасть в нейтральный корабль.
Несмотря на успех операции, Кокрейн был в бешенстве. Из-за низкой дисциплины и дезорганизованности абордажники предались грабежу и пьянству и проигнорировали приказ захватить или потопить остальные испанские корабли в гавани.
Тем не менее, после захвата «Эсмеральды» военное превосходство Испании на море рухнуло окончательно. Кокрейна в очередной раз превозносили как героя.
Но ещё эта операция настроила против него Сан-Мартина, который обвинил Кокрейна в том, что тот присвоил все победные лавры себе.
Напряжение между лидерами росло. Кокрейн в марте 1821 года совершил несколько рейдов на порты роялистов. Переговоры о признании независимости Перу, которые пытался проводить Сан-Мартин, провалились. Это привело сначала к блокаде Лимы (столицы Перу), а потом и к взятию города. 28 июля Хосе Сан-Мартин провозгласил Акт о независимости Перу.
Окончательно Кокрейн рассорился с Сан-Мартином в августе 1821 года. Томас попросил денег для выплаты зарплаты морякам у ставшего протектором Перу революционера. Ну, по крайней мере, так он написал в своей автобиографии.