Кокрейн был недоволен состоянием парусов и пороховых картриджей для пушек — небольших мешочков с нужным количеством пороха, которые заряжают прямо в дуло пушки. Для безопасности стрельбы на новые мешочки по приказу адмирала пустили сигнальные знамёна и запасные паруса.
Предательство моряков португальского происхождения тоже не осталось без внимания. Всех британских и американских моряков и офицеров Кокрейн собрал у себя на флагмане. «Мария да Глория», так же отличившаяся в позорном бое 4 мая, получила самых опытных и верных моряков с остальной эскадры. Оставшиеся корабли под руководством людей, заслуживающих доверия, наш герой оставил в море, сказав, что без преданной команды и нормального оснащения он лучше использует их как брандеры.
26 мая два переоборудованных корабля заблокировали порт Морро-де-Сан-Паулу. 12 июня Кокрейн решил «проутюжить» заблокированную португальскую эскадру, и подошел к кораблям противника вплотную. Внезапно стихший ветер не позволял маневрировать во время возможного боя, и вместо атаки наглый шотландец устроил разведку. Флагман бразильского флота плавал между португальских кораблей, и на вопрос «А вы, собственно, кто?» Кокрейн спокойно отвечал «Английский корабль». Данного ответа вполне хватило, что бы успокоить доверчивых португальских моряков.
Когда отдыхающие на балах капитаны и адмирал узнали, что в край оборзевший Кокрейн на линейном корабле прошел между их кораблей и ушел восвояси, их шоку и страху не было предела.
Стоит заметить, что Томас Кокрейн в то время уже стал живой легендой. Его похождения и подвиги в Наполеоновских войнах отошли на второй план — под его руководством из Тихого Океана был выбит испанский флот, а сам Кокрейн уже был героем двух революций. Захват Вальдивии с неполными тремя сотнями солдат, дерзкие акции и набеги — всё это вселяло страх португальским офицерам. И когда всего два корабля блокировали побережье Баии, португальцы долго не решались выйти в море или дать бой. Так же португальцы прекрасно помнили о Бое на Баскском Рейде и об умени Кокрейна использовать брандеры. Страх полного уничтожения флота и пожаров на побережье основательно засел в головах португальского командования.
2 июля тринадцать португальских военных судов и около семидесяти транспортов бежали из Баии от одного линейного корабля и одного переоборудованного торгового клиппера. Кокрейн гнал португальскую эскадру до самой Португалии.
Маркиз Мараньян
26 июля Томас Кокрейн на флагмане бразильского флота под португальским флагом вошёл в устье реки Мараньян, и встал на рейде одноименного города. Прибывший линейный корабль был воспринят португальским гарнизоном как долгожданное подкрепление, и на борт «Педро I» тут же отправили гонца с поздравлениями об окончании перехода через океан. Когда посланники увидели на борту того самого El Diablo Кокрейна, радость сменилась ужасом. Наш герой не был бы собой, если бы не усилил эффект от своего появления. С курьером он отправил отцам города послание, в котором он описывал огромный флот с войсками, идущими на захват провинции. Он искренне сожалел о том, что свободолюбивые бразильцы и бывшие рабы всей душой ненавидят португальского короля и его сторонников, и о том, что город будет предан мечу. Приправив эти ужасы историей о том, что большая часть бежавшего из Баии конвоя уже стоит в качестве призов в Рио-де-Жанейро, Кокрейн выразил надежду, что новое правительство Бразилии помилует бывших лоялистов, если они искренне позволят народу выбирать судьбу новой родины и перейдут под руку императора Бразилии.
На следующий день делегация жителей Мараньяна поднялась на палубу «Педро I», и сделала символическое предложение Томасу Кокрейну сдать корабль. Получив отказ, они тут же подали иск с прошением взять провинцию Мараньян под опеку императора Бразилии Педро Первого.
Томас Кокрейн за сутки захватил для Бразильской Империи целую провинцию без единого выстрела, если не считать салют из всех орудий, которым приветствовалось поднятие нового флага над городом.
Утром следующего дня верные португальскому королю войска покинули город, и на корабле отправились в Европу — пока блеф наглого шотландца не был раскрыт.
9 ноября Томас Кокрейн вернулся в Рио-де-Жанейро, предоставив отчет лично императору. 25 ноября за заслуги в борьбе за независимость Томас Кокрейн получил титул маркиза Мараньяна, а 19 декабря наш герой стал членом Тайного Совета бразильского правительства.