Отплытие Кокрейна задерживалось вместе с подготовкой флота, но в апреле 1826 года произошла резня в Месолонги. Подвиг жителей и трагедия их исхода расшевелила как движение филэллинов, так и правительства стран, поддерживавших греческую борьбу за независимость.
21 февраля Томас Кокрейн был назначен адмиралом греческого флота, и отправился из Марселя в Грецию на шхуне «Unicorn», и 18 апреля состоялось торжественное вступление нашего героя в должность. Тем не менее, Томас Кокрейн отказался приносить клятву на Евангелии, но произнес текст присяги.
«Я клянусь пролить свою кровь за безопасность греков и за освобождение их страны; я клянусь, что не откажусь от их дела до тех пор, пока они сами не откажутся от него, и будут поддерживать меня»
Томас Кокрейн снова решил стать изобретателем. Для строительства брандеров нового типа наш герой пригласил каменщиков. Репутация Кокрейна как эксперта в использовании брандеров закрепилась еще с боя на Баскском рейде. Пожав плечами, корабелы согласились. Брандеры с каменными переборками, которые по мнению Томаса «Должны были взрывать не только корабли, но и крепости», затонули при спуске на воду, унеся с собой немало денег и крупную часть репутации шотландского изобретателя.
Но не только брандерами воевал Томас Кокрейн. И в апреле 1827 года он двинулся на помощь осажденному Акрополю.
Фалерон и Александрия
Осада Афинского Акрополя длилась с июля 1826 года. Дважды в Акрополь прорывались бойцы подкрепления с порохом и продовольствием. Была и попытка снять осаду, но она кончилась разгромным для повстанцев поражением в битве при Каматеро в январе 1827 года.
В начале марта к Афинам подошёл отряд одного из вождей греческой революции — Георгиоса Караискакиса. Османы попробовали выбить подошедших повстанцев — но понесли потери и отступили. Защитники Акрополя воспряли духом, а к отряду Караискакиса потянулись подкрепления и добровольцы.
В апреле к побережью подходят корабли под руководством Кокрейна. На одном из кораблей находился назначенный главнокомандующий сухопутными войсками повстанцев — Ричард Чёрч. По словам современников, человек недалёкий. По словам Караискакиса — «Капитан голета (тип корабля)» — Чёрч не спускался на берег и «командовал» войсками с борта корабля.
Георгиос Караискакис имел собственный план действий по снятию осады, в котором были учтены возможности освободительной армии, но Черч и Кокрейн настаивали на битве в поле.
После нескольких дней ссор и споров Караискакиса вместе с частью армии на кораблях перевозят в Фалерон, откуда греческий десант атаковал турецкие позиции. Флот под руководством Кокрейна вошел в гавань и открыл огонь по османским позициям, поддерживая атакующих с двух флангов повстанцев. В скором времени всё побережье оказалось в руках греков.
Остатки осман заперлись в монастыре Святого Спиридона. Кокрейн и Черч настаивали на начале штурма под предводительством Караискакиса, но тот посылал недогенерала с адмиралом в пешее эротическое, и ждал. Вода и провизия в монастыре были не вечны.
Через два дня осаждённые в монастыре подняли белый флаг. После коротких переговоров турецкому гарнизону монастыря было дозволено уйти, сохранив оружие. Одним из заложников у уходящих осман стал Георгиос Караискакис — человек, чьему слову турки верили безоговорочно.
Тем не менее во время отхода осман один из греков попытался отнять оружие у турка. Тот оказал сопротивление, началась потасовка, которая переросла в резню. Греки резали осман, не готовых к такому развитию событий — а между ними носился Георгиос Караискакис, который пытался остановить бойню.
Странность ситуации заключалась в том, что Караискакис был героем, на которого греки смотрели с восхищением. Все знали, кто именно был заложником у турок, и все понимали, чем может кончится подобная провокация. Но турки не тронули греческого генерала. То ли им было не до того, то ли они понимали, что тот не виноват в произошедшим — в любом случае резню при монастыре Святого Спиридона Георгиос Караискакис пережил вполне благополучно.
План атаки на Афины был прост. Десант со стороны Фалерона (с юго-востока) должен был отвлечь турок, в то время как основной удар по осадному лагерю должен был быть нанесен с запада через оливковую рощу. У Османов было более двух тысяч кавалеристов, которые потеряли бы всё преимущество в случае боя в лесу. Старые оливковые деревья были прекрасным прикрытием для пехотинцев и знатной помехой для кавалерии.