Таким образом, к вопросу, содержащемуся в одной из самых загадочных историй XX века: «Кого расстреляли в доме Ипатьева в ночь с 16 на 17 июля 1918 года?», добавился новый вопрос: «Кого же похоронили в Петропавловском соборе 17 июля 1998 года?»
Газеты как бы не заметили двусмысленности церемонии, и поступили на следующий день так же, как и президент: большими буквами — «Вчера в Санкт-Петербурге были преданы земле останки Николая II и его семьи», а ниже — «Выступление президента РФ Бориса Ельцина на траурной церемонии в Санкт-Петербурге». И получилось — Ельцин хоронил Николая II на траурной безымянной церемонии. Т. е., президент РФ откровенно проигнорировал мнение Православной церкви в пользу мнения Бориса Ефимовича Немцова.
После 18 июля 1998 года журналисты, ждавшие последнего решающего слова президента в вопросе идентификации «екатеринбургских останков», как в рот воды набрали. Как говорил кот в «Драконе» Шварца: «Если тебе тепло и сытно — лучше помалкивать».
Правительственная комиссия, созданная для того, чтобы рассмотреть вопросы, «связанные с исследованием обстоятельств гибели семьи российского императора Николая II и лиц из его окружения, расстрелянных 17 июля 1918 года в Екатеринбурге», закончила работу 30 января 1998 года.
Вывод, сделанный Комиссией, представлен в протоколе № 9:
«2.3. Представленные Комиссии документы и фактические материалы в совокупности позволяют сделать вывод о принадлежности останков 9 человек, изъятых в 1991 г. из группового захоронения в окрестностях г. Екатеринбург, членам семьи российского императора Николая II…
Считать, что в результате проведенных работ по идентификации останков с применением доступных современной науке методов исследования получен исчерпывающий научный материал (включая фиксацию анатомического строения и повреждений черепов путем компьютерной томографии), и в связи с этим нет необходимости в дальнейшем сохранении останков царской семьи и лиц из их окружения в качестве объектов исследования, что позволяет провести их захоронение».
Ни один из 22 членов Комиссии не подписал этот протокол. Протокол был подписан только председателем Комиссии Б. Немцовым. Господин Немцов подменил своим решением не только решение суда, который должен бы был подтвердить выводы следствия, но и решение членов самой Комиссии. Трое из них, по-видимому, были настолько возмущены этими «результатами», что написали особое мнение. Но самое главное состоит в том, что эти трое были как раз теми участниками работы Комиссии, мнением которых нельзя было пренебрегать.
Это, во-первых, два историка, которые в силу своей деятельности и в силу своей квалификации лучше, чем кто-либо другой из членов Комиссии, разбирались в исторической сущности рассматриваемого вопроса, директор Уральского института истории и археологии РАН В.В. Алексеев и старший научный сотрудник Института всеобщей истории РАН С. Беляев. Во-вторых, представитель Православной церкви митрополит Ювеналий, считавший проведенные экспертизы недостаточными и неубедительными. Таким образом, все вернулось к исходным позициям. За исключением того, что похороны все-таки состоялись.
То, что похороны человеческих останков должны были состояться, никто не сомневался, сомневались только в достоверности принадлежности этих останков Царской семье.
А как обстоит дело с достоверностью?
Еще лет за десять до похорон широкую общественность не интересовала судьба Николая II и его семьи. В настоящее время, благодаря средствам массовой информации, каждый ребенок знает, что бывший российский царь, его жена, четыре его дочери, четырнадцатилетний сын были расстреляны большевиками вместе со слугами в подвале «дома Ипатьева» в Екатеринбурге в ночь с 16 на 17 июля 1918 года.
Но мало кто знает, что почти сразу же после этого не только в рядах белогвардейцев, но и у самой центральной советской власти возник вопрос: «Что же произошло там на самом деле?»
Собственно, загадка Николая II возникла раньше 16 июля 1918 года.
Еще в июне 1918 года в Москве распространились слухи о расстреле бывшего императора.
Есть свидетельства, что иностранные представительства через своих эмиссаров в Екатеринбурге пытались выяснить — что же действительно произошло?
Встревожились не только зарубежные представительства, но и советские власти.
Советское правительство начало бомбардировку Екатеринбурга телеграммами с требованием подтверждения того, что Николай II и его семья живы и здоровы, и успокоилось только после того, как командующий Восточно-Сибирско-Уральским фронтом Берзин по приказу Ленина лично проверил состояние Царской семьи. Причем Ленин подчеркнул, что Берзин отвечает собственной головой за жизнь Николая Романова и его семьи. Этот факт был известен белогвардейским следователям и позже был подтвержден воспоминаниями самого Берзина.