Несмотря на то, что Нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов в предвоенные годы неоднократно ставил вопрос перед Генеральным штабом РККА о создании на флоте морской пехоты, к началу войны имелась только одна бригада морской пехоты на Балтийском флоте и по одной роте морской пехоты в составе Дунайской и Пинской военных флотилий.
Отсутствие значительного количества морской пехоты как рода сил Военно-Морского Флота, непонимание ее роли в будущей войне, недостаточная разработанность теории и практики ее развития и боевого применения, а также отсутствие в составе ВМФ специальных десантных кораблей и десантно-высадочных средств явились серьезными упущениями в подготовке флота к войне, что оказало отрицательное влияние на характер боевых действий, особенно в начальном периоде Великой Отечественной войны.
В предвоенном Боевом Уставе Морских Сил (БУ МС-37) наиболее полно теоретически и практически были разработаны вопросы обороны баз с морского направления.
В начале войны военно-морские базы Северного, Балтийского и Черноморского флотов вопреки историческому опыту не имели должным образом подготовленной сухопутной обороны, в то время как немецко-фашистское командование планировало овладеть ими силами своих сухопутных группировок именно с суши. Поэтому существенное место в боевой деятельности флота в этот период занимала оборона ВМБ совместно с сухопутными войсками.
Следует отметить, что привлекаемые к обороне базы соединения сухопутных войск, не успевшие осуществить мобилизационные мероприятия и понесшие значительные потери, были немногочисленны и нередко уступали численности формирований флота, выделенных для обороны военно-морских баз.
Так, оборону маневренной базы Балтийского флота Лиепаи осуществляла стрелковая дивизия численностью 5 тысяч человек (по другим данным — 7 тысяч человек), оборонявший Таллин 10-й стрелковый корпус 8-й армии имел в своем составе около 10 тысяч человек; войска отошедшей к Севастополю Приморской армии насчитывали всего около восьми тысяч штыков и сабель.
В этих условиях важную роль сыграли сформированные флотами в ограниченные сроки соединения и части морской пехоты.
К середине июля 1941 г. противник имел на советско-германском фронте 182 дивизии, 14 дивизий находились в резерве. К этому времени в состав Красной Армии входили 212 дивизий и три стрелковые бригады, однако полностью укомплектованными считались только 90 дивизий, т. е. менее половины.
Вследствие крайне тяжелых условий начального периода войны, когда отступавшие войска Красной Армии понесли огромные потери в личном составе и боевой технике, противник овладел значительной частью территории страны, что значительно осложнило проведение мобилизации. Именно в это наиболее трудное для государства время, как это не раз было в истории России, особо важную роль стратегического резерва сыграла морская пехота.
В годы Великой Отечественной войны на разных фронтах сражалось около полумиллиона моряков, или в переводе на организационно-штатную структуру сухопутных войск — около 60 стрелковых дивизий. Только за первый период войны флот передал на сухопутные фронты 335 875 человек, что соответствовало численности приблизительно 36 дивизий.
В годы войны существовало три разновидности морской пехоты: соединения и части морской пехоты, в наибольшей степени соответствовавшие предназначению этого рода сил флота; морские стрелковые бригады и, наконец, соединения и части сухопутных войск, не имевшие в своих названиях слов «морская» или «морской», но укомплектованные в основном моряками и, что самое главное, сражавшихся как настоящая морская пехота. Непонимание такого подхода к понятию морская пехота, применительно к периоду Великой Отечественной войны, вследствие недостаточно компетентного подхода к изучению истории морской пехоты приводит к неправильному пониманию ее сущности и недооценке этого рода сил флота в Великой Отечественной войне.
В годы войны на различных фронтах в составе объединений и соединений сухопутных войск, флотов и флотилий в разное время сражались одна дивизия, 19 бригад, 14 полков и 36 батальонов морской пехоты общей численностью свыше 200 тысяч человек.
Основным предназначением этих соединений и частей являлись действия в составе морских десантов, противодесантная обороны побережья и оборона важных военно-морских баз и островов.
Формирование морской пехоты началось в первые дни войны. Типовыми формами ее организационно-штатной структуры являлись бригада, полк и батальон. Бригада морской пехоты состояла, как правило, из 3–6 батальонов (включая батальон автоматчиков), одного-двух артиллерийских дивизионов (до 1942 года — минометного батальона), подразделений боевого обеспечения (батальон (рота) связи, разведывательная и саперная роты, рота противотанковых ружей, взвод ПВО и др.), подразделений тылового обеспечения и насчитывала 4–6 тысяч человек.