Возможность контрреволюционных вылазок в то бурное и тревожное время обязывала руководство пермских чекистов быть постоянно наготове. Прочесывание ненадежных городских районов и целевые облавы для очистки города от подозрительных элементов сменялись операциями по разоружению «диких» воинских эшелонов, шедших через станцию Пермь II преимущественно на восток. Как правило, во главе их находились кадровые офицеры бывшей царской армии.
Одну из операций по разоружению подобной воинской части впоследствии описал Владимир Федорович Сивков — в 1918 году товарищ (заместитель) председателя губисполкома и председатель ротного комитета Чусовской роты:
«Часов в 11 вечера по тревоге, объявленной Чека, значительная часть нашей роты прибыла на Пермь II, где нас встретил Малков с группой сотрудников. Он изложил командиру роты Колупаеву и мне примерный план разоружения эшелона, в котором было больше тысячи хорошо вооруженных солдат.
Рота, разбившись, заняла назначенные места. Вскоре к вокзалу со стороны Вятки подошел поезд. Было в нем примерно тридцать вагонов. Главной приметой этого поезда было знамя, насколько помнится, зеленого цвета с изображением льва и солнца, укрепленное у дверей второго от паровоза вагона. А у полуоткрытых дверей третьего вагона на небольшом древке болталось подобие красного флага, означавшего, что тут находится командование эшелона. Сюда и забрался Малков. Назвавшись комендантом станции, он попросил заявку на снабжение прибывшей части боеприпасами и продовольствием и пригласил командира части для оформления заявки. Уход не ожидавшего подвоха командира части с комендантом был условным сигналом начала операции. Красноармейцы пошли вдоль состава, предупреждая солдат, чтобы они не выходили из вагонов в связи с эпидемией тифа, потом маневровым паровозом растащили состав на три разных пути станции и, отцепив вагоны, начали разоружение.
Командир части заявил в канцелярии коменданта, что его отряд — «часть особого назначения по охране посла Персии», и предъявил грязно сфабрикованный документ. Когда было установлено, что это фальшивка, командир отряда и его адъютант с десятком солдат, находившихся при них, были разоружены и арестованы. Командиру, бывшему полковнику царской армии, было предложено подписать приказ о немедленной сдаче оружия всей его частью, что он и сделал после некоторого колебания. Разоружение закончилось спокойно. К десяти часам утра на склады губвоенкомата было сдано больше тысячи винтовок, около тридцати станковых и ручных пулеметов и большое количество патронов и гранат различных систем. Солдаты были отправлены на переформирование, а больше 200 офицеров ждали во дворе губчека перерегистрации».
Так, благодаря находчивости и смелости Малкова, удалось избежать вооруженного столкновения и задержать воинскую часть, которая впоследствии могла попасть к Колчаку.
О другой операции, проведенной под руководством Павла Ивановича Малкова, вспоминает ветеран партии и органов государственной безопасности Георгий Яковлевич Комельков:
«В июне-июле 1918 года мне, в то время солдату батальона Пермской ЧК, пришлось участвовать в операции по изъятию ценностей у пермского купца Лаптева. Для этой операции была выделена группа солдат во главе с чекистами. Проводилась она по личному указанию тов. Малкова. В течение двух дней описывались товары, припрятанные для спекулятивной продажи. Дома купца были оцеплены, никого из домов не выпускали. Во время обыска в одной из комнат я обнаружил скрывавшегося белого офицера, имевшего при себе оружие. Когда по окончании операции было доложено Малкову, он пригласил меня и поблагодарил за проявленную бдительность, а в качестве награды вручил мне пистолет. Это событие, связанное с именем председателя Пермской ЧК, осталось в моей памяти на всю жизнь».
Вручение оружия Комелькову происходило в небольшом здании на углу улиц Петропавловской и Оханской (ныне Коммунистическая и имени Газеты «Звезда»), где в то время размещались чекисты. К сожалению, это здание не сохранилось. А было в нем, вспоминает машинистка Пермского чрезвычайного комитета Александра Петровна Голых, всего четыре кабинета, в одном из которых находились пишущие машинки. Запомнилось ей первое знакомство с Павлом Ивановичем Малковым. Когда был образован Чрезвычайный комитет, он зашел в кабинет, где Голых что-то перепечатывала с Марией Сивковой, и сказал девушкам: «Шура, Маруся, с нами будете работать». Простота и доброжелательность его обращения сразу же вызвали очень доброе к нему расположение. «На наш ответ, что мы не очень-то хорошо печатаем, Малков возразил: «Не боги горшки обжигают, и вы научитесь». В дальнейшем он о нас, как и о всех сотрудниках, проявлял подлинную заботу. И еще нравилась нам его доброта. Бывало, подойдет, спросит: «Как, девушки, дела?» Посочувствует, а когда надо — поможет. Сам Малков нередко обращался за советом к сотрудникам, в том числе и к нам, спрашивал, как лучше написать тот или иной текст. Работать ему приходилось очень много. Когда мы с Марусей уходили домой, он оставался в своем кабинете. Приходя утром, мы видели, что он уже на посту. Когда только отдыхал человек!»