К маю все три подводные лодки были полностью укомплектованы, и исправны, спущены на воду и готовы к испытаниям, обширную программу которых разработали и утвердили русские специалисты. К её выполнению приступили в мае при активном участии российских представителей и команд, прибывших в Киль. Подводные лодки стреляли торпедами, совершали переходы и погружения. Проверяли работу всех механизмов, различными способами продували цистерны, заряжали батареи и т. д. Испытания подводной лодки «Карп» затянулись до конца июля, а двух остальных подводных лодок – до конца августа. 27 июля председатель комиссии капитан 1 ранга М.Н.Беклемишев поставил на обсуждение комиссии вопрос о приёмке подводных лодок. Он отметил, что по некоторым пунктам они не отвечают ранее оговорённым условиям контракта: не достигнута контрактная надводная и подводная скорость, на три минуты больше оказалось время погружения и т. д. Хотя ряд других показателей был превышен – к примеру, расчётная дальность плавания. Из девяти членов комиссии семеро высказались за приём подводных лодок в казну при условии устранения 41 пункта замечаний, двое воздержались. К приёмному акту прилагалось отдельное мнение штабе – капитана Корпуса корабельных инженер – механиков И.Ф.Мациевича, считавшего большим конструктивным недостатком отсутствие цистерн высокого давления. Но, поскольку проектом они не предусматривались, комиссия «не нашла возможным» предъявлять к фирме эту претензию. Большинство же остальных пунктов германской стороне пришлось принять к исполнению. Капитан 2 ранга П.И.Виноградский так объяснял причину уступчивости комиссии: «Заводу прямой расчёт дальше держать подводные лодки у себя, проводя на них опыты, испытания и получая от наших командиров и команд указания, замечания и тому подобное. С целью использования при разработке новых подводных лодок». 27 июля был подписан акт о приёме в казну подводной лодки «Карп». С 16 по 23 августа на ней проводились практические выходы для обучения команды, а так же старших специалистов с подводных лодок «Карась» и «Камбала», которые ещё проходили испытания.
Вопрос о приёмке двух других подводных лодок отложили до проведения торпедных стрельб. В течение августа они поочередно выходили в море на расстояние до 28 миль, совершали пробные погружения и стрельбы. Возвращаясь из одного похода, 21 августа 1907 года подводная лодка «Камбала» столкнулась в Кильской бухте с германским каботажным судном, которое получило надводную пробоину в корме, а подводная лодка свернула себе носовую оконечность, не повредив прочного корпуса. На исправление повреждений ушло десять дней. 8 сентября «Камбала» была принята в казну при условии замены аккумуляторных батарей и выполнения ряда переделок в вентиляционной системе. 10 сентября комиссия подписала акт о приёме в казну подводной лодки «Карась», на которой имелась множество недоделок. Верфь обязали исправить их за свой счёт в Либаве.
19 сентября 1907 года в Киле состоялась торжественная церемония подъёма флага на всех трёх подводных лодках. В ней принял участие морской атташе при русском посольстве в Берлине лейтенант А.А.Долгоруков. Состоялось освящение подводных лодок. Перед уходом граждане немецкого города Экенферда вручили командам подводных лодок памятные шёлковые флаги. 6 октября подводные лодки своим ходом покинули Киль и в сопровождении транспорта «Хабаровск» совершили переход из Киля в Либаву, где были зачислены в состав Учебного Отряда Подводного Плавания.
8 октября подводные лодки прибыли в Либаву и вошли в состав Учебного Отряда Подводного Плавания. Продолжавшиеся испытания выявили ещё целый ряд конструктивных недостатков: аккумуляторные батареи не были оборудованы специальной вентиляцией, отсеки не испытывались на давление (на подводной лодке U1 германские подводники это уже сделали), внутренние балластные цистерны на большой глубине не продувались сжатым воздухом, а откачивались помпой. На испытаниях в Германии удалось установить, что внешние балластные цистерны заполняются водой слишком долго (7 минут 38 секунд), хотя по условиям контракта время погружения было ограничено пятью минутами.
Поскольку переделка системы погружения в Киле ещё больше отодвинула бы сроки приёмки подводных лодок, её решили выполнить в Либаве за счёт фирмы, которая вскоре выслала арматуру, документацию и перевела средства на проведение работ. Переделки уменьшили время погружения на 2 минуты 20 секунд (5 минут 18 секунд), что признали удовлетворительным. Долго шла переписка по поводу необходимости замены аккумуляторных батарей на всех трёх подводных лодках. Много хлопот подводникам доставила уложенная в корпусе подводных лодок пробка.