Свободное пространство между легкой надстройкой и прочным корпусом в носовой и кормовой оконечностях, заполнялось пробкой для увеличения плавучести, что впоследствии было признано непригодным из-за намокания пробки. Посредине корпуса размещалась рубка с двумя перископами, в носу и корме – вентиляционные трубы, выступающие вверх более чем на три метра. При сравнении с новейшими подводными лодками бросалась в глаза простирающаяся на две трети длины подводной лодки средняя ее часть. Это сделало возможным исполнение содержащегося в заказе требования: «Подводная лодка должна быть устроена так, чтобы она, разобранная на части для перевозки по железной дороге, могла затем быть легко и быстро собрана. Каждая часть подводной лодки должна вписываться в русские железнодорожные габариты».
Отдельные секции корпусов подводных лодок были сварены на заводе в Лаурахютте из изготовленных из стальных отливок колец с переборками в оконечностях.
Таким образом, был получен относительно большой внутренний объем, что, однако не позволяло увеличить глубину погружения больше обычных тогда и заложенных в проекте тридцати метров.
Удлиненная командирская рубка была выполнена из никелевой стали формового литья толщиной сорок миллиметров, чтобы противостоять снарядам малой артиллерии. Так как этот материал был немагнитным, то появилась возможность установить в рубке компас, которым пользовались при надводном положении, когда главные электромоторы не работали. Оттуда же, из рубки подводная лодка управлялась и при работающих электромоторах, когда заряжались батареи. В подводном положении этот компас использовать было запрещено.
Балластная система включала шесть внутренних балластных цистерн, расположенных между носовой и кормовой аккумуляторными ямами. Их общая вместимость составляла 10,46 тонн. Кроме того, подводная лодка имела семь наружных балластных цистерн, расположенных в легком корпусе, общей вместимостью 20,16 тонн. Их заполнение при погружении подводной лодки осуществлялось самотеком, а продувка при всплытии – сжатым воздухом из воздухохранителей. Внутренние балластные цистерны заполнялись и осушались с помощью помп, установленных в прочном корпусе. Внутренние балластные цистерны были распределены по всей длине подводной лодки. Они заполнялись соответственно состоянию веса подводной лодки, принимая во внимание расход топлива, и контролировали изменение веса и дифферента; для этого были разработаны специальные цифровые таблицы. Для продувания цистерн в надводном положении подводная лодка использовала поршневой воздушный насос. Удаление воздуха производилось через расположенный в рубке кран. Дифферентовочные цистерны отсутствовали – изменение дифферента производилось вручную. Для компенсации изменения веса при выстрелах торпед были сделаны уравнительные цистерны. В носу над торпедным аппаратом размещалась дифферентная цистерна, что оказалось крайне нерациональным при дифферентовке и выравниванию подводной лодки после погружения, топливные цистерны хранения керосина и воздухохранители размещались в надстройке.
В испытаниях подводной лодки принимали участие капитан Корпуса корабельных инженер-механиков В.А.Постников и помощник старшего судостроителя В.М.Гредякин. Подводную лодку опустили на воду краном, и заводская команда вывела её в море. Были произведены пробные погружения, на мерной миле под электромоторами подводная лодка достигла скорости в 10,7 узлов. Представители России высказали большое количество замечаний: на подводной лодке требовалось усовершенствовать систему погружения и вентиляции, увеличить объём топливных цистерн, изменить конструкцию основания рубки, переделать рулевое устройство, увеличить диаметр входного люка и т. д.
После первого этапа испытаний подводную лодку подняли на стапель, на ней сразу возобновились работы. С остальными подводными лодками дела обстояли негативно: на них работы практически не проводились. Корпус подводной лодки №-110 был только собран, а корпус подводной лодки №-111 еще только собирали – концерн ««Friedrich Krupp AG Hoesch-Krupp» полностью сорвал сроки постройки подводных лодок.
В сентябре 1905 года на верфь был командирован штабс-капитан Корпуса корабельных инженер – механиков Я.С.Солдатов, который помогал вносить коррективы в конструкцию подводных лодок. К этому времени Русско – японская война закончилась, и острая необходимость в подводных лодках отпала. Морское министерство даже подумывало о расторжении контракта, но этому мешал одиннадцатый пункт контракта. 21 декабря 1905 года Морское министерство сообщило об изменении контракта – подводные лодки должны были перейти из Киля в Либаву на буксире плавбазы. Из суммы контракта удерживалось 45 000 марок на транспортные расходы. Тем временем в затягивание достройки подводных лодок Российского Императорского Флота вмешалось ещё одно обстоятельство – на верфи началась постройка первой немецкой подводной лодки U1, являвшейся увеличенной и улучшенной копией подводных лодок тип «Е». Немецкие инженеры и рабочие использовали опыт, полученный в ходе выполнения русского заказа, постоянно консультировались с русскими специалистами и сразу вносили изменения в конструкцию U1. Наши представители неоднократно отмечали это обстоятельство в своих докладах. Но, кабальные условия подписанного в период «военной лихорадки» договора мешали разорвать совершенно невыгодный контракт.