В конце войны, в сентябре 1918 года, Дёница назначили командиром подводной лодки UB68. 4 октября во время первого патрулирования Дёниц атаковал английский конвой и потопил одно судно. Однако во время боя подводная лодка потеряла управление и всплыла. Под ураганным огнём Дёниц принял решение потопить лодку. В результате он сам и двадцать девять членов экипажа подводной лодки были выловлены из воды и доставлены в Англию, где пленные просидели в тюрьме до июля 1919 года.
Возвратившись в Германию, Дёниц не расстался с флотом. В 1920–1924 годах он командовал эсминцем «Т157», базировавшимся в Свинемюнде на Балтике. В этом городке в семье Дёница родились два сына — Клаус (в 1920 году) и Петер (в 1922 году).
Из Свинемюнде Дёница, произведённого в капитан-лейтенанты, направили в Берлин, в морской штаб, где он начал работать под руководством Редера, который быстро оценил по достоинству своего нового подчинённого. В характеристике Дёница Редер писал, что Дёниц «усердный, находчивый и честолюбивый офицер, профессионал высокой квалификации со светлым умом и задатками лидера». В 1928 году Редер назначил Дёница командиром флотилии эсминцев, а в 1920 году — начальником штаба военно-морского округа. В 1934 году Дёница произвели в капитаны II ранга и назначили командиром лёгкого крейсера «Эмден».
Получив назначение на пост командующего подводным флотом, Дёниц был обескуражен. Высшие военно-морские чины Германии ратовали за расширение строительства крупнотоннажных надводных кораблей, подводный флот находился в зачаточном состоянии, а строительство подводных лодок было ограничено англо-германским договором. Дёницу казалось, что он попал «в тихую заводь», где и закончится его карьера. Однако, поразмыслив, Дёниц решил, что война с Англией неизбежна, а для ведения этой войны понадобится мощный подводный флот.
Подводник «душой и телом», Дёниц пришёл к твёрдому убеждению, что в Первую Мировую войну германский подводный флот был очень близок к победе на море. Если бы во время войны у немцев было большее число лодок, а неограниченная подводная война началась на два-три года раньше, немцы бы не упустили победы. Размышляя далее, Дёниц решил, что мощный подводный флот, его правильная организация и верно избранная тактика приведут к победе в новой войне.
Конечно, трудностей будет не избежать, мыслил Дёниц. Война есть война. Противник не преминет воспользоваться как уже проверенными средствами обороны, так и новыми, разработанными в последние годы. На этот раз союзники развернут систему конвоев с самого начала войны, оснастят корабли электронными приборами обнаружения подводных лодок, используют для борьбы с лодками современные высокоскоростные самолёты с большим радиусом действия, вооружённые усовершенствованными авиационными и глубинными бомбами. Однако технический прогресс, считал Дёниц, коснулся не только Англии. Немецкие специалисты разработали новые улучшенные конструкции подводных лодок, торпед, средств связи.
С последним суждением Дёница нельзя не согласиться. Подводные лодки, построенные в Германии во второй половине тридцатых годов, превосходили своими тактико-техническими и боевыми характеристиками лодки времён Первой Мировой войны. Так, увеличилась скорость лодки. К примеру, средние подводные лодки (водоизмещением 500 т) имели надводную скорость хода 16 узлов (что на 3 узла превышало аналогичную характеристику лодок, действовавших во время войны), а мощные дизели обеспечивали быстрый переход на полную скорость при всплытии. Увеличилась и дальность плавания лодок. Торпедные аппараты были усовершенствованы. Теперь в момент пуска торпеды они не выбрасывали пузыри воздуха, что уменьшало опасность обнаружения лодки противником. Боеголовки торпед стали начиняться 612 фунтами взрывчатого вещества (ранее — 352 фунтами), а контактные взрыватели начали вытесняться магнитными.
В тридцатые годы значительного прогресса достигла и радиосвязь. Новые подводные лодки оснащались комплектами длинноволновых и коротковолновых передатчиков и приёмников, благодаря чему, находясь на патрулировании, получили возможность поддерживать радиосвязь с берегом и между собой. В то же время и береговое командование обрело возможность получать от находившихся в море лодок оперативную информацию, к примеру, о развёрнутых в зоне боевых действий средствах противолодочной обороны противника, о запасах топлива и торпед на борту лодки, о полученных ею повреждениях, наконец, о погоде и состоянии моря в районе патрулирования.