Флотилия приступила к боевой подготовке 1 октября 1935 года. На каждой лодке был поднят новый флаг «Кригсмарине» с изображением чёрно-красной свастики. В ближайшие три месяца флотилия пополнилась шестью подводными лодками IIВ серии, и во флотилии стало двенадцать лодок (все подводные лодки II серии получили в среде подводников наименование «каноэ»). Под руководством Дёница и его помощника инженера-механика Отто Тедсена, пятидесятилетнего «морского волка», экипажи подводных лодок занимались боевой подготовкой не щадя сил.
Морской штаб обязал Деница подготовить флотилию к ведению боевых действий к началу марта 1936 года. Командование «Кригсмарине» опасалось, что ввод немецких войск в Рейнскую провинцию может привести к войне с Францией, а на море — и к войне на два фронта, поскольку Франция заключила союз с Польшей и Советским Союзом.
Дёниц ежедневно уходил в море то на одной лодке «каноэ», то на другой. Он был требовательным, но справедливым наставником. Дёниц способствовал установлению товарищеских отношений между офицерами, старшинами и рядовыми, насаждая во флотилии «демократические» порядки. Каждый — от рядового до офицера — ел один хлеб и наравне с другими переносил тяготы службы. Проводя многие часы в тесных помещениях лодки, Дёниц хорошо узнал своих подчинённых, а те поближе познакомились с ним. Моряки, называвшие его «Львом», преклонялись перед своим командиром, принося ему дань уважения за компетентность и заботу о людях.
Дёниц обучал подчинённых самым разным аспектам боевой подготовки, но более всего уделял внимание стрельбам. Каждой лодке флотилии было предписано провести шестьдесят шесть атак учебных целей в дневное время с перископной глубины и такое же количество ночных атак из надводного положения, каждый раз имитируя торпедный залп выхлопом сжатого воздуха. Эти учения были тяжки для всех, но особенно доставалось командирам подводных лодок. Им приходилось вести лодку и днём и ночью, а для того, чтобы выйти на цель, учитывать самые разные факторы: силу и направление ветра, волнение моря, характеристики течений, видимость, глубину погружения и скорость лодки, курс цели и многие другие, не менее важные показатели. Командиры подводных лодок старались развить в себе нечто вроде «шестого» чувства, чтобы определять, смогут ли при создавшихся условиях плавания самолёты или надводные корабли противника установить местоположение лодки. Только определив эту вероятность, командир лодки мог решить, каким ходом идти на различных участках пути до цели, когда использовать перископ, а также какие предпринять действия после проведённой атаки. После ста тридцати двух атак на следующих учениях подводная лодка допускалась к стрельбам по цели учебными торпедами.
| Типы подводных лодок, вошедших в строй с 1 июня 1935 года по 31 августа 1939 года | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Малые | Средние | Большие | |||||
| Характеристики | II | IIB | IIС | VII | VIIB | I | IX |
| Водоизмещение стандартное, т | 250 | 250 | 250 | 500 | 500 | 750 | 750 |
| Водоизмещение полное, т | 254 | 280 | 291 | 626 | 753 | 826 | 1032 |
| Длина, футы | 134 | 140 | 144 | 212 | 218 | 237 | 251 |
| Мощность дизеля, л.с. | 700 | 700 | 700 | 2320 | 2800 | 3080 | 4400 |
| Вместимость топливных цистерн, т | 12 | 21 | 23 | 67 | 108 | 96 | 154 |
| Максимальная скорость, узлы | 13 | 13 | 12 | 16 | 17,25 | 17,8 | 18,2 |
| Дальность плавания на скорости 12 уз. ед. изм | 1050 | 1080 | 1900 | 4300 | 6500 | 6700 | 8100 |
| Количество торпедных аппаратов | 3 | 3 | 3 | 5 | 5 | 6 | 6 |
| Количество торпед, всего | 6 | 6 | 6 | 11 | 14 | 14 | 22 |
| Количество запасных торпед возле аппаратов | 6 | 6 | 6 | 10 | 12 | 14 | 12 |
| Количество мин (вместо торпед) | 18 | 18 | 18 | 33 | 39 | 42 | 66 |
| Максимальная глубина погружения, футы | 500 | 500 | 500 | 650 | 650 | 650 | 650 |
| Экипаж, чел. | 25 | 25 | 25 | 44 | 44 | 43 | 48 |
| В строю на 1 сентября 1939 года (всего 57 лодок) | 6 | 18 | 6 | 10 | 8 | 2 | 7 |