Получив на вооружение новые подводные лодки, морской штаб провёл реорганизацию подводного флота. Восемнадцать лодок «каноэ» были разделены на две флотилии — флотилию «Веддиген» и ещё одну, названную в честь ещё одного героя-подводника Йоханнеса Лоса. Дёниц командовал всеми тремя флотилиями, состоявшими из тридцати лодок (восемнадцати «каноэ», десяти лодок VII серии и двух экспериментальных — U25 и U26). Штаб Дёница состоял из Тадсена, Эбергарда Годта, энергичного организатора, и ряда других офицеров.
После того как личный состав флотилии «Зальцведель» прошёл полную боевую подготовку, Дёниц провёл несколько экспериментов по использованию «волчьей стаи» в нападении на «вражеские конвои» в Балтийском море. Дёниц руководил учениями с корабля, оснащённого первоклассной радиотехникой. Он рассредоточивал лодки в линию с интервалом в несколько десятков миль, вытянутую вдоль ожидаемого маршрута конвоя, с сохранением возможности быстро сосредоточиться для проведения атаки. Подводная лодка, которая обнаруживала конвой, сообщала об этом по радио Дёницу и ожидала прибытия остальных лодок «волчьей стаи». Проведённые Дёницем учения увенчались полным успехом. Дёниц на практике убедился в верности разработанной им тактики борьбы с вражескими конвоями.
Дёниц решал вопросы и чисто технического характера. Дальность плавания лодки VII серии ограничивал небольшой запас топлива, который лодка принимала на борт. Проблему отчасти решил Тедсен. Он сконструировал палубные цистерны, которые могли загружаться дополнительным топливом, увеличивая запас горючего с 67 до 108 тонн. На старые лодки VII серии они не годились, зато такими палубными цистернами стали оснащаться усовершенствованные средние лодки VIIB серии (U45 — U51).
Летом 1937 года Англия, следуя условиям англо-германского морского договора, официально уведомила Германию, что намерена увеличить тоннаж своего подводного флота на 17.300 т (с 52.700 т до 70.000 т). Условия договора позволяли Германии при строительстве лодок использовать 45% тоннажа, отведённого Англии. Заявление англичан позволяло немцам увеличить тоннаж своего подводного флота на 7785 т. Между Дёницем и морским штабом снова разгорелись жаркие споры. Дёниц предлагал использовать весь тоннаж для постройки средних лодок VII серии, водоизмещением 500 т. Морской штаб настаивал на строительстве усовершенствованных больших подводных лодок IXB серии, водоизмещением 750 тонн. Редер принял своё решение. Он сделал заказ промышленности на строительство восьми лодок VIIB серии (общим водоизмещением 4000 тонн) и пяти лодок IXB серии (общим водоизмещением 3750 тонн). Ожидалось, что после выполнения заказа германский подводный флот будет состоять из семидесяти двух подводных лодок общим водоизмещением 31.750 т: тридцати двух «каноэ», двадцати пяти средних лодок VII серии, тринадцати больших лодок IX серии и двух экспериментальных лодок U25 и U26.
В 1938 году германский подводный флот трижды приводился в состояние полной боевой готовности: в марте, когда немецкие войска вторглись в Австрию, в мае, когда Германия попыталась отторгнуть Судетскую область от Чехословакии, и в сентябре во время Мюнхенской конференции, на которой немцам удалось договориться с Англией, Францией и Италией о присоединении Судетской области к Германии. Германский подводный флот был готов воевать на море с любым противником, окажись им Франция, Польша, Советский Союз или даже Англия.
В конце мая 1938 года, после неудачной попытки овладеть Судетской областью, Гитлер вызвал Редера в рейхсканцелярию и ошеломил его неожиданным заявлением, назвав Англию «вероятным противником на море». Гитлер поручил Редеру разработать новую программу строительства кораблей, прежде всего крупнотоннажных, появление которых в рядах военно-морского флота послужило бы «политическим целям» и удержало Англию от вступления в антигерманский союз, даже если у Германии возникнут «политические разногласия» с каким-либо государством. В разговоре с Редером Гитлер выразил настоятельное желание увеличить и объём строительства подводных лодок, сославшись на статью англо-германского морского договора, допускавшую «при особых обстоятельствах» паритет с Англией в этом виде морских вооружений.