Пять больших подводных лодок IX серии флотилии «Гундиус» — U37, U38, U39, U40 и U41 — патрулировали у побережья Пиренейского полуострова.
Предназначенная для океанического плавания, подводная лодка IX серии по сравнению с лодкой VII серии имела большую длину (251 фут против 211) и, хотя разделялась всего лишь на пять отсеков, была намного просторнее. В одном из отсеков размещались и дизели, и гребные электродвигатели. Подводная лодка IX серии отличалась от лодки VII серии и своими тактико-техническими и боевыми характеристиками. Она имела более высокую мощность дизелей (4000 л.с. против 2320), большую мощность электродвигателей (1000 л.с. против 750), большую скорость при надводном ходе (18,2 узла против 17,2) и гораздо большую ёмкость топливных цистерн (вмещавших 154 т топлива против 67). На лодке IX серии имелись 105-мм палубное орудие и двадцать две торпеды (в отличие от лодки VII серии, вооружённой 88-мм палубным орудием и одиннадцатью торпедами). Экипаж лодки IX серии состоял из сорока восьми человек, превосходя численностью (на четыре человека) экипаж лодки VII серии.
Однако подводная лодка IX серии не была самым любимым детищем Дёница, и тому были причины. Согласно его стратегической концепции, одиночная подводная лодка была не способна вести разведку и атаку. Это убеждало Дёница в необходимости строительства большого количества малых подводных лодок, а не малого количества больших лодок, поскольку большое количество подводных лодок расширяло возможность поиска целей. Если же говорить о частностях, то, на взгляд Дёница, большая подводная лодка IX серии оказалась неуклюжей для маневрирования, имела слишком большую циркуляцию для быстрого уклонения от глубинных бомб, слишком большое время погружения и слишком продолжительный период всплытия. Кроме того, из двадцати двух торпед, состоявших на вооружении лодки, восемь размещались в надпалубных ёмкостях, откуда могли быть перегружены в торпедный отсек только при незначительном волнении моря. Как считал Дёниц, значительные затраты на строительство большой лодки и длительный срок постройки не оправдывали себя.
Подводной лодкой U38 из флотилии «Гундиус» командовал 31-летний лейтенант Генрих Либе. Сын армейского офицера, Либе в восемнадцатилетнем возрасте вступил в ряды «Рейхсмарине». После окончания школы подводников он сначала командовал лодкой «каноэ» U2, а затем (в декабре 1938 года) получил новое назначение и стал командиром лодки U38.
Подводная лодка U38 патрулировала вблизи побережья Португалии в районе оживлённого торгового судоходства. 5 сентября Генрих Либе остановил в море французское грузовое судно «Плювуаз». После досмотра Либе отпустил судно, однако капитан «Плювуаза» успел послать в эфир сигнал бедствия SSS. О происшествии узнали в Берлине. Морской штаб мгновенно отреагировал, послав на все немецкие корабли и подводные лодки шифровки: «Не предпринимать военных действий против французских торговых судов. Инциденты с французами должны быть исключены при любых обстоятельствах».
На следующий день, 6 сентября, Либе заметил в море английское грузовое судно «Манаар», тоннажем 7242 т. Подводная лодка произвела предупредительный выстрел из палубного орудия. Однако оказалось, что орудие имеется и на «Манааре», который оказался первым вооружённым торговым судном, встреченным в море немцами. Как только подводная лодка подошла ближе, грузовое судно открыло огонь. Либе подал команду погрузиться на перископную глубину, а затем поразил «Манаара» торпедой. Исходя из враждебных действий английского судна, Либе ушёл с места боя, не оказав никакой помощи англичанам.
Ночью Либе, нарушив радиомолчание, сообщил Дёницу о подробностях боя. Германский штаб не преминул воспользоваться, как ему казалось, выигрышной ситуацией и довёл до сведения морских атташе иностранных посольств (как, впрочем, и до широкой публики) подробности боя, сделав упор на том, что английское грузовое судно первым напало на немецкую подводную лодку, которая и не помышляла о бое, а действовала в строгом соответствии с призовым правом. А Дёниц встревожился. Ему казалось несправедливым, что подводные лодки обязаны соблюдать призовые законы в то время, когда торговые суда стали вооружаться, превращаясь в военные корабли. Однако, исходя из «политической ситуации», он не стал добиваться пересмотра существовавшего положения, а ограничился тем, что предупредил командиров подводных лодок о возможной опасности.