Спустя некоторое время Лемп вышел на связь с берегом. Он доложил Дёницу о бое, а также запросил разрешение доставить раненых (в том числе и Шмидта) в нейтральную Исландию для оказания пострадавшим медицинской помощи. Дёниц дал разрешение.
Германский морской штаб ликовал. На следующий день берлинские газеты раструбили о блестящей победе немецкой подводной лодки над английскими самолётами с авианосца «Арк Ройал».
14 сентября Герхард Глаттес, тридцатилетний командир подводной лодки U39 IX серии, возвращавшейся в Германию, с перископной глубины увидел в море необыкновенную цель. Это был авианосец «Арк Ройал». С палубы корабля взлетали монопланы типа «Скьюа» (направлявшиеся на выручку английскому грузовому судну «Фэнад Хед»). Эскорта рядом не было. Чтобы беспрепятственно поднять самолёты в воздух, «Арк Ройал» ушёл от сил охранения, оставив далеко за кормой (на расстоянии четырёх миль) эсминцы «Фолкнер», «Фоксхаунд» и «Файердрейн». О лучшей цели нельзя было и мечтать.
Глаттес пришёл в сильное возбуждение. Ещё бы! После двадцати шести дней бесплодного патрулирования ему наконец повезло, и необыкновенно. Перед ним в перекрестье нитей перископа был авианосец «Арк Ройал», гордость британского военно-морского флота. Подводная лодка пошла на сближение, незамеченной вышла в точку, удобную для атаки, и выпустила по авианосцу три торпеды с магнитными взрывателями. Экипаж лодки замер в ожидании. Есть! Взрыв! Попадание! Корму авианосца окутало дымом.
Однако оказалось, что радость экипажа была преждевременной. Торпеды взорвались за кормой авианосца в кильватерной струе. По мнению англичан, Глаттес неправильно определил скорость «Арк Ройала», приняв её за 20 узлов, в то время как авианосец шёл со скоростью 26 узлов. Впрочем, в своих мемуарах Дёниц писал, что торпеды (из-за несовершенства конструкции) «нередко взрывались всего лишь в непосредственной близости от корабля, а не под его днищем».
Получив с «Арк Ройала» сообщение о появлении немецкой подводной лодки, три эсминца полным ходом пошли к авианосцу. Через восемнадцать минут корабли установили с лодкой гидроакустический контакт. В дело пошли глубинные бомбы. «Фоксхаунд» сбросил две бомбы (с установленными глубинами взрыва 250 и 300 футов), «Фолкнер» — пять (с установленными глубинами взрыва 100 и 150 футов). После этого «Фоксхаунд» и «Фолкнер» потеряли с лодкой гидроакустический контакт. Зато гидролокатор «Файрдрейка» оказался более чувствительным. «Файердрейк» вышел вперёд и сбросил по курсу подводной лодки ещё пять бомб (с установленными глубинами взрыва 250 и 500 футов) с таким расчётом, чтобы взрыв бомб произошёл, когда лодка придёт в место их сбрасывания.
Первые взрывы частично вывели из строя аккумуляторные батареи. В лодке погас свет. Глаттес отдал команду уйти на глубину. Однако он просчитался. От бомб с «Фаейрдрейка» подводной лодке уклониться не удалось. Вышли из строя забортные клапаны. В аккумуляторное отделение хлынула морская вода. Потянуло хлором. Тут же вышли из строя электродвигатели. Лодка почти полностью потеряла управление.
По рассказам подводников с лодки U39, они пережили несколько весьма неприятных минут. Первым в себя пришёл Глаттес. Он приказал продуть балластные цистерны и приготовиться к срочной эвакуации, предварительно установив подрывной заряд для затопления лодки. Через несколько минут подводная лодка всплыла. Подводники один за другим начали прыгать в воду. После того как командир лодки прыгнул за борт, раздался взрыв. Лодка U39 клюнула носом и пошла ко дну, став первой немецкой подводной лодкой, погибшей в годы Второй Мировой войны. Из членов экипажа не пострадал ни один. Все сорок три человека были подняты на борт английскими эсминцами.
Девять из десяти немецких подводных лодок, отозванных с патрулирования в Германию, вернулись на базу в период с 15 по 17 сентября. Одной из них — подводной лодке U41 под командованием двадцатишестилетнего Густава-Адольфа Мюглера — на пути домой удалось захватить в Северном море два небольших финских судна, имевших на борту недозволенные к перевозке военные грузы. Однако эти незначительные трофеи не улучшили настроения Дёница. За время первого патрулирования в Атлантике десять немецких подводных лодок потопили лишь восемь судов (по три судна Шульце и Прин, два — Либе). Семь подводных лодок не добились успеха, а одна из них — подводная лодка U39 — погибла. Начало боевых действий немецких подводных лодок оказалось не впечатляющим.