Во 2-ю бригаду подводных лодок (командир капитан 2-го ранга Орёл А. Е.) входили 6-й (командир капитан 2-го ранга Федотов М. В.), 7-й (командир капитан 3-го ранга Егоров В. А.), 8-й (командир капитан 3-го ранга Юнаков Е. Г.) дивизионы. 6-й и 7-й дивизионы базировались на Таллин, 8-й — на Ханко. В состав 6-го дивизиона входили «щуки» — «Щ-309», «Щ-310», «Щ-311» и плавбаза «Полярная Звезда». 7-й состоял из «Щ-317», «Щ-318», «Щ-319», «Щ-320», «Щ-322», «Щ-323» и «Щ-324» при плавбазах «Амур» и «Ока». 8-й состоял из «малюток» XII серии — «М-90», «М-94», «М-95», «М-96», «М-97», «М-98», «М-99», «М-102» и «М-103» и базировался на Ханко. В ночь на 22 июня 1941 года «М-99» находилась в дозоре в устье Финского залива.
Подводные лодки учебной бригады подводных лодок КБФ (командир контр-адмирал Заостровцев А. Т.) находились в Ленинграде и Кронштадте. В его состав входили 9-й дивизион под командованием капитан-лейтенанта Мохова Н. К. («М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76»), 13-й и 14-й («Л-1», «Л-2», «Л-20», «Л-21», «Л-22») дивизионы ПЛ. В отдельный учебный дивизион при учебном отряде подводного плавания в Ораниенбауме входили: «П-1», «П-2», «П-3», «Щ-301», «Щ-302», «Щ-305», «Щ-306», «Щ-307», «Щ-308», «Б-2», «Л-55». Кроме того, учебная бригада и отдельный учебный дивизион включали в себя ремонтирующиеся либо незавершенные постройкой «Щ-303», «Щ-304», «Щ-405», «Щ-406», «Щ-407», «Щ-408», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414», «Р-1», «М-200», «М-201», «М-202», «М-203», «М-204», «М-205», «М-206», «М-400», «М-401», «К-3», «К-22», «К-51», «К-52», «К-53», «К-54», «К-55», «К-56», «Д-2», «С-11», «С-12», «С-13», «С-19», «С-20», «С-21».
По уровню боевой подготовки подводные лодки делились на три линии. Первая включала в себя полностью боеготовые подводные лодки, т. е. не имевшие перерыва в боевой подготовке за исключением зимнего периода. Хотя начиная с 1940 года подготовка проводилась в течение всего года без деления на летний и зимний периоды, сезонность в ее проведении оставалась. Вторая линия включала в себя подводные лодки, находящиеся в ремонте либо имеющие значительную смену личного состава. К третьей линии относились подводные лодки, вновь построенные и недавно вступившие в строй. К началу войны КБФ насчитывал лишь 4 подводные лодки первой линии («М-78», «М-79», «М-96» и «М-97»). Остальные подводные лодки входили во вторую линию (26 единиц) и считались относительно боеспособными, числились на оргпериоде (11 единиц) или «вне линии», т. е. в ремонте.
В отличие от РККА первые залпы войны не застали флот врасплох. Несколько подводных лодок находились в боевом дозоре. Базы, наиболее приближенные к границе, были затемнены, часть крупных кораблей перебазирована в Кронштадт. В первый день войны советский ВМФ не потерял ни одного корабля. 23 июня началось развертывание подводных лодок КБФ в районах судоходства противника. «С-4» вышла в район Мемеля, «С-6» — в Померанекую бухту, «С-10» — в Данцигскую бухту, «Щ-309», «Щ-310» и «Щ-311» — в среднюю часть Балтийского моря, «М-90» — в Финский залив. На следующий день «С-5» вышла в район Борнхольма. Подводный минный заградитель «Л-3» выставил мины в районе Мемеля.
Последующие события, вероятно, стали холодным душем для командования флотом. 23 июня в своей оперативной зоне наткнулись на мины эсминец «Гневный» и крейсер «Максим Горький». Крейсеру оторвало нос, но его удалось отбуксировать в Кронштадт. Эсминец, получивший значительные повреждения, пришлось затопить.
«С-1» в таком состоянии подводную лодку увидели в Либаве немцы в конце июня 1941-го
Уже вечером 22 июня противник подошел к ВМБ Либава, где ремонтировались 6 подводных лодок и эсминец «Ленин». На следующий день пять субмарин и эсминец пришлось взорвать. Одна из ремонтирующихся подводных лодок сумела выйти из Либавы, но была перехвачена и потоплена германскими «шнелльботами». Еще одна подводная лодка потоплена германской субмариной при переходе из Либавы в Усть-Двинск. С каждым днем потери росли.
Следует отметить, что противник в это время не вел активных боевых действий на Балтике. Согласно директиве № 21 (план «Барбаросса»): «По отношению к Советскому Союзу военно-морской флот выполняет следующую задачу: охрана собственного побережья и недопущение прорыва вражеских военно-морских сил из Балтийского моря. Поскольку по достижении германскими войсками Ленинграда русский Балтийский флот лишится последней базы и окажется в безнадежном положении, крупных морских операций до этого следует избегать. После ликвидации русского флота встанет задача полного восстановления сообщения по Балтийскому морю, включая снабжение северного крыла армии, которое необходимо будет обезопасить (траление мин)». Те силы противника, которые действовали против КБФ, сумели без помех минировать воды в оперативной зоне советского флота, и наши корабли часто гибли, так и не успев сделать ни одного выстрела по врагу.