4-й дивизион (врид капитан-лейтенант Костылев Л. Н., с октября — командир капитан 2-го ранга Егоров В. А.) включал в себя «Щ-317», «Щ-318», «Щ-319», «Щ-320», «Щ-322», «Щ-323», «Щ-324», «Щ-407», «Щ-408» при плавбазе «Ока».
5-й дивизион (командир капитан-лейтенант Мохов Н. К.) при плавбазе «Аэгна» состоял из «М-90», «М-95», «М-96», «М-97», «М-98», «М-102», «М-77», «М-79».
Отдельный учебный дивизион (командир капитан 2-го ранга Эйхбаум Н. Э.) при плавбазе «Дус» включал в себя «П-2», «П-3», «Щ-302», «Щ-305», «Щ-306», «Щ-307», «Щ-308», «Б-2» и «Л-55».
В дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся кораблей (командир капитан 2-го ранга Шевцов Е. В.) входили «Д-2», «К-51», «К-52», «К-53», «К-54», «К-55», «К-56», «Л-21», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414», «М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76», «Р-1», «М-400». В дальнейшем «малютки» дивизиона еще до конца войны были исключены из состава флота и сданы на разборку. Достройка кораблей в условиях блокадного города составляла известную проблему. Так и не вступили в строй «Щ-413», «Щ-414», «К-54» и экспериментальная «М-400».
В конце сентября немцы, ожидая падения Ленинграда и опасаясь, что советские корабли предпримут попытку интернирования в Швеции, создали на Балтике соединение, куда вошли линкор «Тирпиц», крейсера «Адмирал Шеер», «Кельн», «Нюрнберг», «Эмден», эсминцы «Z-25», «Z-27», «Z-28», 2-я флотилия миноносцев и 3-я флотилия торпедных катеров. Флот противника перекрыл район между Аландскими островами и побережьем Курляндии. Командование КБФ, видя развертывание кораблей противника, предположило, что немцы собираются с моря атаковать Кронштадт и Ленинград. На тот случай, если немецкие корабли появятся в Финском заливе, к востоку от Гогланда и в Нарвском заливе в «позициях ожидания» были развернуты подводные лодки. Больше месяца противники напрасно ждали друг друга. В это время немцы сумели использовать корабли для поддержки своих войск на Моонзундских островах.
Осенью в связи с тяжелой обстановкой под Ленинградом экипажи части подводных лодок были направлены на сухопутный фронт в составе отрядов морской пехоты. Это была вынужденная мера. На сухопутный фронт отправлялись специалисты, которые готовились годами. С плавучих и береговых баз в окопы было списано до 70 % специалистов-подводников. К этой же категории «пожарных» мер относится привлечение субмарин к специальным заданиям, для выполнения которых подводные лодки не вполне подходили.
В период с 27 октября по 6 ноября «С-7» неоднократно вела обстрел объектов на побережье Нарвского залива из 100-мм орудия. Огонь велся без корректировки и был неэффективным. Только однажды при обстреле Нарвы подводники видели, как что-то очень сильно взорвалось. Подводными лодками также предполагалось снабжать гарнизон Ханко, но после гибели в первом же транспортном рейсе «П-1» от использования субмарин в обеспечении блокированной базы отказались. Лишь 30 декабря «П-2» совершила рейс по доставке в Ленинград из Кронштадта 700 т соляра.
Последней попыткой командования КБФ активизировать действия своих подводных лодок стало решение отправить две лодки XIV серии в открытую часть Балтики, пока Финский залив покрыт льдом. Для этой цели были подготовлены «К-51» и «К-52». Подводным лодкам предстояло действовать на коммуникациях противника 120 суток — с середины января по середину мая 1942 года. Замысел не удался. Дойдя до Лавенсари, «К-51» получила значительные повреждения от сжатия льдами и вынуждена была вернуться. Вторая лодка вообще не смогла покинуть Ленинград, столкнувшись с быком одного из мостов.
Противник советских подводников. Минный заградитель «Риилахти» 18 июня 1942 года.
Официальная советская пропаганда, умалчивая потерю в 1941 году 27 балтийских подводных лодок, утверждала, что подлодками КБФ за это время всеми видами оружия потоплено 16 транспортов (33 645 брт.), 2 корабля и 1 вспомогательное судно. Действительный итог боевых действий подводных лодок КБФ за 1941 год составляет гибель одного транспорта в 3784 брт. и подводной лодки «U-144» в 26 торпедных атаках. Результаты трех атак неизвестны. На минах, выставленных советскими подлодками в 1941 году, возможно, погибли 1 тральщик и 3 транспорта (1816 брт.). Артиллерией повреждено 1 судно. По итогам 1941 года «Щ-323» 17 января 1942 года награждена орденом Красного Знамени.
Оценивая действия советских подводных лодок в 1941 году, известный швейцарский, по оценке советских пропагандистов, «фальсификатор истории» Ю. Майстер отмечал, что они «были сплошной неудачей, причина которой крылась частично в неподготовленности к войне и недостаточно хорошей обученности, частично в потере удобно расположенных баз… Действия советских подводных лодок находились особенно под несчастливой звездой… новые корабли не были полностью освоены, и прежде всего подводные лодки с точки зрения техники и обученности личного состава не были готовы к ведению боевых действий. <…> Советская минная война и действия подводных лодок не оправдали опасения немцев».