Вообще, противовоздушной обороне Керченского пролива противник уделял исключительно большое внимание. Так, 28 апреля штаб 17-й армии доносил оперативному отделу штаба группы армий «А»: «Надо сломить русское превосходство в воздухе, иначе на позиции „Готенкопф“ будет катастрофа». Противник считал, что одним из первых и важнейших условий выхода из общего тяжелого положения в связи с трудностями снабжения является усиленное прикрытие с воздуха. В сентябре 1943 года разведка ВВС Черноморского флота установила, что район Керченского пролива прикрывается 40 зенитными артиллерийскими батареями, 80 прожекторами и 50 самолетами-истребителями.
Для обороны Керченского пролива и морских сообщений от воздействия по ним Черноморского флота, а впоследствии и Азовской военной флотилии немцы сосредоточили в этом районе и военно-морские силы: 1-ю флотилию торпедных катеров (14 единиц), 3-ю флотилию артиллерийских плавучих батарей, 3-ю флотилию катерных тральщиков, 2–3 подводные лодки, десантные баржи, сторожевые катера. Южный вход в Керченский пролив был защищен пятью минными заграждениями, а на севере, со стороны Азовского моря, установлен дозор, состоявший из десантных судов и артиллерийских самоходных барж. Кроме того, вход в пролив со стороны Черного моря защищался береговой артиллерией, которая была усилена за счет установки польских трофейных 75-мм орудий. На северо-кавказском побережье в районе Анапы были установлены 4 береговые батареи калибром 88-150 мм, а на анапском аэродроме базировалось около 80 самолетов-истребителей.
Непосредственно для осуществления морских перевозок в портах Керченского и Таманского полуостровов было сосредоточено большое количество паромов «Зибель», десантных барж, лихтеров, буксиров и других мелких судов.
Несмотря на то что в корабельном составе полное господство на Черном море принадлежало нашему флоту, немецкие конвои у берегов Крыма ходили постоянно и, что самое главное, практически безнаказанно.
Всего за время с 23 февраля по 20 сентября 1943 года из Керчи в Анапу и обратно прошло 190 конвоев (совершено 360 рейсов). По данным немцев, из них только 30 конвоев, то есть примерно около 16%, подвергались атакам сил Черноморского флота. Причем из 30 атак 3 были произведены нашими подводными лодками и 27 — авиацией. Все атаки наших подводных лодок были безуспешны. От наших воздушных атак погибли всего 3 десантные баржи и одно десантное судно, тяжелые повреждения получили 6 десантных судов. Несмотря на частые выходы на сообщения торпедных катеров, не было ни одного случая атаки ими конвоев.
Помимо конвоев по маршруту Керчь — Анапа противник осуществлял регулярное сообщение десантных судов, буксиров и лихтеров между Феодосией и Таманью (так называемые конвои «Банзан»). До середины июля 1943 года на этой трассе прошло 25 конвоев. Конвои обычно состояли из 3–4 десантных барж, 1–2 буксиров или лихтеров. Движение конвоев осуществлялось в основном в темное время суток. Пять из 25 конвоев подвергались атакам наших самолетов. В результате атаки 17 июня 1943 года 1 лихтер был потоплен и 1 лихтер поврежден. Более энергично действовали наши подводные лодки, которые по 8 раз атаковали немецкие конвои, но ни в одном случае не достигли успеха. Выпущенные торпеды большей частью проходили под днищем мелкосидящих транспортных средств. Одна из выпущенных лодкой 17 июля торпед попала в буксир, но не взорвалась.
Помимо этого, в 1943 году противник провел свыше 150 катеров (десантные баржи, буксиры и лихтера) от Геническа до Темрюка (условное наименование конвоев «Тони» и «Орион») и от Керчи до Темрюка (условное наименование «Теодор»). Известные помехи на этом участке коммуникации создавали минные заграждения, от которых противник потерял буксир и лихтер. Кроме того, немцы осуществляли перевозки войск и грузов своей 6-й армии, правый фланг которой выходил к Азовскому морю.
В период с начала навигации и до оставления Таганрога (конец августа) 6-й армии было доставлено морским транспортом 29 449 тонн различных грузов. Поражение немецко-фашистских войск летом 1943 года под Курском и на юге Украины сделало оперативно нецелесообразным удержание кубанского плацдарма. С 9 августа объем перевозок через Керченский пролив был сокращен до норм текущего снабжения 17-й армии. А с сентября началась эвакуация тылов немецко-фашистских войск с кубанского плацдарма. Для ежедневной переправы 6800 тонн грузов через Керченский пролив дополнительно было приведено 28 лихтеров. Несмотря на сильные воздушные налеты нашей авиации на порты Сенная и Тамань, противник переправлял через Керченский пролив войска и грузы круглые сутки. Так, 18 сентября штаб 17-й армии сообщал, что «до сих пор переправлялось больше, чем предполагалось». По данным бывшего начальника штаба немецко-фашистского флота на Черном море капитана 1-го ранга Конради, в период с 7 сентября по 9 октября 1943 года с Таманского полуострова в Крым было перевезено 200 тысяч солдат и миллионы тонн снаряжения.