Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, читал скучно и нудно. Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
Но были и другие профессора в академии, о которых с уважением отзывался Шапошников: военный инженер Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Данилов, блестящий сказитель русской истории профессор Платонов, впоследствии действительный член Академии наук СССР. Преподавал общую тактику в академии и генерал-лейтенант Бонч-Бруевич, одним из первых среди военных специалистов старой русской армии перешедший после Октября на сторону Советской власти. Лекции по стратегии читал профессор, полковник Незнамов, в июне 1918 года ставший начальником Управления военных сообщений Красной Армии, затем преподаватель советских военных академий в Ленинграде, автор военно-научных трудов и многих военно-публицистических статей.
Вне стен академии слушатели распоряжались временем всяк на свой лад. Одних манила «светская» жизнь, и они предпочитали балы и увеселения, уповая на то, что возникающие осложнения при сдаче зачетов и экзаменов будут улажены с помощью различных связей в высокопоставленных сферах. К их числу Борис Михайлович относил своего сокурсника поручика лейб-гвардии конного полка Врангеля, того самого Врангеля, который в годы гражданской войны стал одним из руководителей контрреволюции на Юге России. «Академия, — писал Шапошников о Врангеле, — ему была нужна, чтобы скорее получить чин ротмистра гвардии, приравнивавшийся в случае ухода в армию к полковнику». Другие слушатели, «не отягощенные упорной любовью к знаниям», заботились только о том, чтобы обеспечить себе переходной балл. Сам же Шапошников оставался верным себе, относясь к учебе всерьез, с полной отдачей сил.
Остававшееся немногое свободное время предпочитал посвящать чтению или посещению театра. Ему нравился петербургский балет, где блистали в то время Павлова, Карсавина, Кшесинская, и оперный состав Мариинского театра с обоими Фигнерами, Давыдовым, Яковлевым.
«Все это, — вспоминал он, — были корифеи сцены, но корифеи «казенные». Они напоминали высоких чиновников сурового Петербурга. Шаляпин и Собинов не могли удержаться на сцене Мариинского театра: постоянная служба на петербургской сцене погубила бы их таланты».
В Петербургской консерватории Шапошников слушал последнюю оперу Римского-Корсакова «Золотой петушок», не допущенную цензурой на сцену Мариинского театра. Привлекал его внимание театр Комиссаржевской, зал которого заполнялся по преимуществу не сановниками и чопорными дамами, а учащейся молодежью, средними чиновниками, театральной общественностью. Однако, несмотря на большую любовь к театру, много увлекаться им, как говорил сам Борис Михайлович, не приходилось: мешали домашние вечерние занятия, трудно было достать билеты, да и офицерский бюджет не позволял.
Что же дала Шапошникову академия?
Его собственная оценка этого события в своей жизни кажется мне исчерпывающей:
«Нет сомнения, что она расширила теоретический кругозор, напитала знаниями, которые нужно было как следует еще переварить, а самое главное, найти применение им в жизни.
...Академия привила мне любовь к военной истории, научила извлекать из нее выводы на будущее. К истории я вообще всегда тяготел — она была ярким светильником на моем пути. Необходимо было и дальше продолжать изучать этот кладезь мудрости.
Что же касается практической подготовки к службе в Генеральном штабе, то здесь мы получили не очень много. Групповые упражнения развивали тактическое мышление, но такого рода занятий, как военная игра, у нас и в помине не было. Между тем с этим мы столкнулись с первых же шагов своей работы и в войсках и в штабах. Метода проведения военных игр, метода свободного творчества в них академия не раскрыла своим адептам. Короче говоря, мы были выпущены в жизнь больше теоретиками, чем практиками. От нас самих уже зависело сделаться практиками. Но академия приучила нас к напряженной работе и к выполнению работы в указанный срок».