«В течение своей деятельности на высокоответственной должности начальника Оперативного управления Полевого штаба РВС Республики т. Шапошников являлся непосредственным активным сотрудником всей оперативной работы во всех ее подробностях... Занимая указанную должность... т. Шапошников с присущей ему инициативой... работал с полным самоотвержением и днем и ночью».
В годы гражданской войны Борис Михайлович не только сложился как крупный оперативно-штабной работник, но и проявил талант военного теоретика и публициста. Уже тогда стали известны его работы о боевой подготовке войск, о действиях стратегической конницы, обзоры боевых действий в кампаниях 1919 — 1920 годов. Обобщение и осмысление боевого опыта стало основной темой его выступлений в печати в первые годы после гражданской войны. Его труды «Конница» и «На Висле» — крупные, интересные научные исследования.
Ответственная работа в штабе РККА в период военной реформы натолкнула Бориса Михайловича на мысль обобщить практику генеральных штабов различных стран и создать труд, в котором бы говорилось о том, какое место подобный орган должен занимать в Красной Армии. Будучи командующим войсками Ленинградского и Московского военных округов, он упорно работал над вопросами боевой подготовки войск и оперативной подготовки руководящего состава, продолжая свои теоретические исследования. Изучение деятельности генерального штаба австро-венгерской армии по пятитомным мемуарам его начальника фельдмаршала Конрада фон Гетцендорфа, работ о французском и германском генеральных штабах, документальных материалов русского Генерального штаба позволили ему завершить исключительно интересный трехтомный труд «Мозг армии». В нем было дано четкое представление о том, чем должен быть Генеральный штаб в условиях нашего времени, каково его место в военной системе, как должна организовываться его работа. Автор стремился рассмотреть возможный характер той системы военного управления, которая соответствовала бы данному этапу строительства вооруженных сил. Такая постановка вопроса не только приобретала научный интерес, но и имела большое практическое значение.
Книга Б. М. Шапошникова «Мозг армии» знакомила читателя с основными взглядами на характер войны и ее масштабы, давала представление о требованиях, предъявляемых современной войной к полководцу, к органам оперативного управления и их работникам. Наконец, она раскрывала функциональную деятельность Генерального штаба по подготовке экономики страны к войне.
Появление труда «Мозг армии» вызвало живой интерес среди командного состава РККА и нашло широкий отклик на страницах военной печати как у нас в стране, так и за рубежом. Много лет прошло после выхода в свет трех книг «Мозг армии», многое, конечно, за это время изменилось. Но и сегодня главные проблемы, поставленные в труде Б. М. Шапошникова, не устарели... Его ценность многократно увеличивается оттого, что автор целенаправленно стремился проводить в жизнь высказанные идеи. В течение своей службы — сначала начальником Штаба РККА, а спустя несколько лет начальником Генерального штаба — Б. М. Шапошников последовательно решал вопросы, связанные с централизацией в руководстве Вооруженными Силами, боролся за осуществление четкой регламентации штабной службы на всех уровнях. Основные мысли, высказанные Б. М. Шапошниковым в труде «Мозг армии», нашли отражение в ряде его докладов командованию Красной Армии и Советскому правительству о реорганизации центрального военного аппарата, в проектах переустройств Генерального штаба РККА накануне и в ходе Великой Отечественной войны, в директивах об организации полевого управления войск. Ими он руководствовался при подборе кадров для Генерального штаба и воспитании у них необходимых качеств советского штабного работника. Б. М. Шапошников был последовательным сторонником объединения управления Вооруженными Силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, а как государственный деятель, проявляющий заботу о необходимом пересмотре взглядов на всю структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью Вооруженных Сил в целом.