В практической своей деятельности как командующий войсками округа Борис Михайлович также выступал новатором. Командуя войсками Ленинградского военного округа в 1925 — 1927 годах, он стал инициатором разработки методики проведения войсковых учений и маневров с участием посредников и нейтральной связью. Этот опыт внедрялся им и в Московском военном округе, а затем стал достоянием всех округов.
В последующие годы своей службы Борису Михайловичу довелось командовать войсками Приволжского военного округа (1931-1932), затем вновь Ленинградского (1935 — 1937). И неизменно он пользовался на этих постах заслуженным авторитетом талантливого руководителя, всю свою энергию направлявшего на то, чтобы подчиненные ему войска, штабы, каждый командир, политработник, красноармеец в мирное время находились в постоянной боевой готовности. Заботливо и с любовью учил он командный состав искусству руководства и управления войсками. Командующий часто бывал на стрельбищах, учебных полях, командирских занятиях. Никакая мелочь в организации военной службы и боевой подготовки не могла ускользнуть от его внимательного взгляда, он замечал все: и положительное, и отрицательное. А во время разбора, подводя итог своим наблюдениям, умел так сформулировать необходимые выводы, что запоминались они каждому надолго. При всем этом всегда оставался ровным и спокойным, уважительным в отношении командиров.
Я приехал в штаб Приволжского военного округа начальником отдела боевой подготовки в 1934 году, спустя два года после того, как Шапошников был переведен из этого округа на должность начальника и комиссара Военной академии имени М. В. Фрунзе. Ровно год командовал войсками Приволжского военного округа Шапошников. Но память о себе он оставил у всех добрую. Во время проходившей в декабре 1933 года чистки партии товарищи из комиссии по чистке отмечали: «Борис Михайлович пришел в партию под влиянием серьезных внутренних убеждений... Беспредельно предан делу рабочих и партии. За год пребывания в Приволжском военном округе переродил весь округ. Многоумеющий и многознающий...»
Заключая прения, председатель комиссии сказал: «Я считаю, что если и впредь вы будете работать так же, то будете достойным членом партии». Одно лишь замечание было сделано тогда Борису Михайловичу — больше следить за своим здоровьем: «Вы мало бережете себя. Вам надо работать так, чтобы не надорваться». Однако щадить себя он не умел, целиком отдавался делу, которое поручала ему Коммунистическая партия.
Вступая в ее ряды, Борис Михайлович писал в заявлении, с которым 28 сентября 1930 года обратился в партийную ячейку Штаба РККА:
«13 лет идя рука об руку в своей работе с Всесоюзной Коммунистической партией, проводя за это время неуклонно линию этой партии во всей своей жизни, борясь вместе с ней на фронтах гражданской войны за дело Ленина, я прошу, если окажусь достойным, принять меня в ряды Всесоюзной Коммунистической партии, дабы до конца своей жизни трудом и кровью защищать дело пролетариата в его железных рядах».
И он самоотверженно служил делу пролетариата до конца своей жизни. Шапошников был принят в партию решением Секретариата ЦК ВКП(б) в октябре 1930 года без прохождения кандидатского стажа. Оказанное ему высокое доверие он стремился оправдать, органически сочетая большую служебную работу с общественно-политической. В разное время он был членом Средне-Волжского краевого комитета ВКП(б), Красногвардейского райкома ВКП(б) (Ленинград) и Фрунзенского райкома ВКП(б) (Москва). XVIII съезд партии избрал Б. М. .Шапошникова кандидатом в члены Центрального Комитета ВКП(б). Неоднократно избирался Борис Михайлович депутатом Верховного Совета СССР.
На всех высших командных постах, которые занимал Б. М. Шапошников непосредственно в войсках Советской Армии, он, несомненно, проявил себя талантливым военачальником. И все же главной сферой его жизненной деятельности, в которой его талант военного руководителя проявился с наивысшей силой, была сфера деятельности штаба. Вспомним, как сам он в письме к Н. В. Пневскому говорил о том, какой характер службы в Красной Армии возможен для него: «Я мог бы занять и строевую должность, но должность Генерального штаба была бы для меня предпочтительней».