На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.
После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались еще на год для учебы на дополнительном курсе. Шапошников закончил оба основных курса по успеваемости седьмым. Поэтому он и был оставлен для учебы в академии на дополнительном курсе. Офицеры, оканчивавшие его, предназначались для службы в Генеральном штабе. Программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий.
Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, читал скучно и нудно. Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
Но были и другие профессора в академии, о которых с уважением отзывался Шапошников: военный инженер Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Данилов, блестящий сказитель русской истории профессор Платонов, впоследствии действительный член Академии наук СССР. Преподавал общую тактику в академии и генерал-лейтенант Бонч-Бруевич, одним из первых среди военных специалистов старой русской армии перешедший после Октября на сторону Советской власти. Лекции по стратегии читал профессор, полковник Незнамов, в июне 1918 года ставший начальником Управления военных сообщений Красной Армии, затем преподаватель советских военных академий в Ленинграде, автор военно-научных трудов и многих военно-публицистических статей.
Вне стен академии слушатели распоряжались временем всяк на свой лад. Одних манила «светская» жизнь, и они предпочитали балы и увеселения, уповая на то, что возникающие осложнения при сдаче зачетов и экзаменов будут улажены с помощью различных связей в высокопоставленных сферах. К их числу Борис Михайлович относил своего сокурсника поручика лейб-гвардии конного полка Врангеля, того самого Врангеля, который в годы гражданской войны стал одним из руководителей контрреволюции на Юге России. «Академия, — писал Шапошников о Врангеле, — ему была нужна, чтобы скорее получить чин ротмистра гвардии, приравнивавшийся в случае ухода в армию к полковнику». Другие слушатели, «не отягощенные упорной любовью к знаниям», заботились только о том, чтобы обеспечить себе переходной балл. Сам же Шапошников оставался верным себе, относясь к учебе всерьез, с полной отдачей сил.
Остававшееся немногое свободное время предпочитал посвящать чтению или посещению театра. Ему нравился петербургский балет, где блистали в то время Павлова, Карсавина, Кшесинская, и оперный состав Мариинского театра с обоими Фигнерами, Давыдовым, Яковлевым.
«Все это, — вспоминал он, — были корифеи сцены, но корифеи «казенные». Они напоминали высоких чиновников сурового Петербурга. Шаляпин и Собинов не могли удержаться на сцене Мариинского театра: постоянная служба на петербургской сцене погубила бы их таланты».
В Петербургской консерватории Шапошников слушал последнюю оперу Римского-Корсакова «Золотой петушок», не допущенную цензурой на сцену Мариинского театра. Привлекал его внимание театр Комиссаржевской, зал которого заполнялся по преимуществу не сановниками и чопорными дамами, а учащейся молодежью, средними чиновниками, театральной общественностью. Однако, несмотря на большую любовь к театру, много увлекаться им, как говорил сам Борис Михайлович, не приходилось: мешали домашние вечерние занятия, трудно было достать билеты, да и офицерский бюджет не позволял.
Что же дала Шапошникову академия?
Его собственная оценка этого события в своей жизни кажется мне исчерпывающей:
«Нет сомнения, что она расширила теоретический кругозор, напитала знаниями, которые нужно было как следует еще переварить, а самое главное, найти применение им в жизни.
...Академия привила мне любовь к военной истории, научила извлекать из нее выводы на будущее. К истории я вообще всегда тяготел — она была ярким светильником на моем пути. Необходимо было и дальше продолжать изучать этот кладезь мудрости.
Что же касается практической подготовки к службе в Генеральном штабе, то здесь мы получили не очень много. Групповые упражнения развивали тактическое мышление, но такого рода занятий, как военная игра, у нас и в помине не было. Между тем с этим мы столкнулись с первых же шагов своей работы и в войсках и в штабах. Метода проведения военных игр, метода свободного творчества в них академия не раскрыла своим адептам. Короче говоря, мы были выпущены в жизнь больше теоретиками, чем практиками. От нас самих уже зависело сделаться практиками. Но академия приучила нас к напряженной работе и к выполнению работы в указанный срок».
Как будет видно из дальнейшего, Борис Михайлович, объективно оценив все то, что дала ему учеба в академии, в последующей службе сумел правильно распорядиться полученными знаниями теории военного дела, дополнил их разносторонним практическим опытом. Многое сделал он и для того, чтобы уже в советское время в учебном процессе Военной академии Генерального штаба преобладало именно творческое, начало в изложении и усвоении предусмотренного программой материала. Но все это произойдет позднее, а пока...
26 мая 1910 года приказом по военному ведомству Шапошников за отличные успехи в науках был произведен в штабс-капитаны, В числе 48 офицеров из 124, которые поступали вместе с ним в 1907 году в академию, он был причислен к Генеральному штабу. По существовавшему положению выпускникам предстояло последующие два года откомандовать ротой. Борис Михайлович выразил желание продолжить свою службу в 1-м стрелковом Туркестанском батальоне.
Снова Ташкент. В Туркестанском стрелковом батальоне, который Шапошников считал родной своей частью, за три года произошло много изменений: по сухомлиновской реформе он развертывался в полк. Старых офицеров Шапошников там встретил немногих, почти все они ушли из батальона, а вместе с тем исчезла и «старая туркестанская» атмосфера, какая была до отъезда в академию. Однако вскоре Борису Михайловичу уже некогда было наблюдать происшедшие перемены: окунувшись в жизнь полка и приняв роту для цензового командования, он целиком был поглощен служебными делами. Распорядок учебного дня был привычным по прежней службе. Однако сам Шапошников стал уже другим, с иными теоретическими познаниями, которые старался применить на практике и не преминул ввести изменения в программу занятий со старослужащими солдатами. Тактику отделения и взвода они проходили на большом ящике с песком. В более усложненной обстановке стали проводиться занятия с унтер-офицерами. Определенное время ежедневно уходило на решение разных учебных и хозяйственных вопросов в роте. Во второй половине дня — порученные ему обязательные занятия с офицерами батальона, в состав которого входила его рота. Подготовка к ним также требовала значительного времени. Ни на один день не прекращал и личной своей учебы: чтения новых книг или разработки военно-исторических примеров. Привычный ритм будничной службы менялся только при участии в полевых поездках, рекогносцировках и в маневрах, причем в подобных случаях Шапошникову обычно поручалось составлять задания в роли посредника или начальника штабов отрядов. От офицеров Генерального штаба требовалось периодическое выступление с военно-историческими докладами в гарнизонном собрании. Эту свою обязанность Борис Михайлович выполнял столь же тщательно, как и все другие, но относился к ней с особенным интересом. Если напомнить к тому же о природной его склонности к научно-исследовательской работе, то станет понятным успех, которым пользовались сделанные им доклады.