«Начав довольно робко свою первую наступательную армейскую операцию, причем в крайне неблагоприятных погодных условиях, он, быстро овладев собой и взяв в руки армию, блестяще выполнил поставленную задачу, освободив в первый же день Воронеж. Еще более блистательным результатом оперативного руководства со стороны молодого командарма явились боевые действия его армии при взятии Курска: город был взят в течение суток».
В феврале 1943 г. армия Черняховского участвовала в освобождении Курска. За пять дней непрерывных боев войска армии прошли от рубежа реки Тим до города Курска 90 километров и освободили 350 советских сел и деревень. К. К. Рокоссовский вспоминал: «Если на главном направлении наши части в результате тяжелых боев за четыре дня наступления продвинулись всего на 20–25 километров, то умело организованный Черняховским удар сразу принес более ощутимые результаты. Не встречая сильного противодействия противника, войска 60-й армии продвинулись далеко вперед. Используя наметившийся на этом направлении успех, мы немедленно начали усиливать армию Черняховского фронтовыми резервами, придали ей авиацию». В день освобождения Курска -8 февраля — молодой командир был награжден орденом Суворова I степени. 14 февраля 1943 г. Иван Данилович получил звание генерал-лейтенанта.
К началу марта 1943 г. 60-я армия вышла к реке Сейм. Армия была переподчинена Курскому фронту, затем включена в Центральный фронт, в составе которого принимала участие в Курской битве и освобождении Левобережной Украины. В ходе наступления в августе-сентябре 1943 г. армия И. Д. Черняховского освободила Глухов, Конотоп, Бахмач, Нежин, расширив прорыв по фронту до сотни километров. Армия участвовала в форсировании Десны и Днепра.
«Я побывал у Черняховского после того, как его войска освободили Нежин. Солдаты и офицеры переживали небывалый подъем. Они забыли про усталость и рвались вперед. Все жили одной мечтой — принять участие в освобождении столицы Украины, — вспоминал К. К. Рокоссовский. — Такое настроение, конечно, было и у Черняховского. Все его действия пронизывало стремление быстрее выйти к Киеву. И он многого достиг. Войска 60-й армии, сметая на своем пути остатки разгромленных вражеских дивизий, двигались стремительно, они уже были на подступах к украинской столице…». 21 сентября Черняховский был награжден вторым орденом Суворова I степени. 24 сентября 1943 г. 306 воинам 60-й армии, в том числе и ее командарму, были присвоены звания Героя Советского Союза.
6 октября 60-я армия была передана Воронежскому фронту, с ноября 1943 г. по апрель 1944 г. была подчинена 1-му Украинскому фронту, в составе которого приняла участие в Киевской наступательной операции. Прикрывая правый фланг 38-й армии К. С. Москаленко, армия под командованием И. Д. Черняховского быстро двигалась на запад. Командир 60-й умело создавал силами и средствами армии превосходство над противником на узких участках фронта, его войска прорывали оборону немецких войск, а затем расширяли фронт по периметру. Затем в ходе Киевской оборонительной операции 1943 г. советские войска утратили некоторые завоеванные позиции, в том числе город Житомир, которые были возвращены уже в начале 1944 г. в ходе Житомирско-Бердичевской операции.
Штаб 3-го Белорусского фронта. В центре командующий фронтом генерал армии И. Д. Черняховский. 13 января 1945 г.
Весной 1944 г. армия Черняховского участвовала в Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой операциях, в ходе которых освободила сотни населенных пунктов. Маршал Советского Союза Г. К. Жуков, принявший после ранения Ватутина командование 1-м Украинским фронтом, и член Верховного совета генерал Крайнюков в телеграмме Верховному Главнокомандующему 7 марта 1944 г. так оценивали действия командарма Черняховского: «По своим знаниям и умению управлять войсками командующий 60-й армией вполне заслуживает звания генерал-полковника». Новое звание Иван Данилович получил 5 марта 1944 г.
«Генерал Черняховский был требовательным и к солдатам, и к себе. В бою он любил строгую дисциплину. Всегда он был подтянут. Даже во внешнем его образе была видна дисциплинированность, и в его взгляде чувствовалась большая сила воли полководца и глубокий ум человека. Своим видом генерал Черняховский — это красивый русский богатырь, в котором чувствовалась не только физическая сила, но и большая волевая сила полководца».