Изменилось и центральное управление. Все «ратные люди» переходили в ведение трех военных приказов: Разрядного, Рейтарского и Иноземного. Правда, еще сохранялись Стрелецкий, Пушкарский, Оружейный и Казачий приказы, но прежнего значения они не имели.
Улучшилось и вооружение армии. Тяжелые фитильные пищали заменялись более удобными и дальнобойными мушкетами (в пехоте) и карабинами (в коннице), вместо фитильного вводился ударно-кремневой замок. Усилили артиллерию. По данным Разрядного приказа, в крепостях насчитывалось более трех с половиной тысяч пушек. Полевую армию обычно сопровождали в походах триста — триста пятьдесят орудий, причем артиллерию имел каждый полк. Появились «винтовальные» (нарезные) и «органные» (многозарядные) орудия, «пушечные гранаты». В «разрядах» требовали, чтобы у «ратных людей» было единообразное и хорошее оружие, чтобы «у гусар было по гусарскому древку да по паре ж пистолей, а у рейтаров по карабину да по паре ж пистолей, у всех свои добрые и к бою надежные кони, у стрельцов, солдат и у иных чинов пехотного строя людей мушкеты и бердыши были добрые». Полки имели единообразное обмундирование, различавшееся цветом воротников, шапок и сапог, свои знамена.
В полном смысле слова регулярной армией русское войско восьмидесятых годов назвать нельзя, потому что после походов рядовых и даже часть офицеров распускали по домам, оружие сдавалось на хранение в «государеву казну», а лошади — «на корм» в монастырские вотчины. Однако существенные шаги к созданию такой армии уже сделали.
Остро стоял вопрос о командном составе. В русской армии по-прежнему было около тысячи иностранных генералов и офицеров, но на ведущие командные должности они, как правило, уже не назначались, а использовались для обучения солдат. В 1682 году было отменено местничество, что открыло доступ к военной карьере способным неродовитым людям. Реформы Петра I только ускорили эти процессы, заметные еще в последней четверти XVII столетия. Тем не менее явно не хватало военачальников, способных стратегически мыслить, пользующихся авторитетом и у правительства, и у «ратных людей». Сошли со сцены «большие воеводы» совсем недавно прославившиеся в войнах с Польшей, Швецией, Турцией: одни состарились и умерли естественной смертью, другие погибли во время стрелецкого мятежа 1682 года, третьи не пользовались доверием царевны Софьи.
Вопрос о высшем командовании особенно остро встал накануне Крымского похода. Казалось естественным, что походную армию возглавит фактический правитель государства князь Василий Васильевич Голицын, который к тому же, по свидетельству де ла Невиля, уже занимал «место начальника Иноземного приказа, т. е. управление войсками, устроенными на иноземный манер, как то: солдатами, кавалерийскими и драгунскими полками». Не лишне отметить, что именно эти полки составляли главную боевую силу армии. О князе де ла Невиль был самого высокого мнения: «Этот князь Голицын, бесспорно, один из искуснейших людей, какие когда-либо были в Московии, которую он хотел поднять до уровня остальных держав. Он хорошо говорит по латыни и весьма любит беседу с иностранцами…»
Но все эти, столь импонирующие французу-иезуиту, качества не могли заменить способностей и призвания полководца. «Выбор полководца длился несколько времени. Князь Голицын многих назначал на эту должность, но все говорили, что если он заключил мир и союз с Польшею, то он должен взять на себя и труды похода, чтобы таким образом доказать, что завоевание Перекопа было действительно так легко, как он представлял его себе».
Видимо, князь достаточно трезво оценивал свои полководческие способности, опасался, что «вся ответственность за неудачу падет на него», и долго отказывался от почетного назначения. Интересно замечание по этому поводу де ла Невиля: «Бывши более великим государственным мужем, нежели полководцем, он предвидел, что отсутствие его из Москвы причинит ему более вреда, нежели принесло бы славу самое завоевание Крыма…»
Как бы то ни было, но «после многих и зрелых прений в военном совете определили послать многочисленное войско в Малую Татарию и выбрали князя Голицына большим воеводою, или генералиссимусом».
Это было почетное назначение, но кто же в действительности осуществлял военное руководство Крымским походом?