«После этого русское войско шло три недели до Самары, где, оставив тяжелый обоз свой, перешло реку и через шесть дней достигло реки Мерло», — повествует де ла Невиль. Поход был окончен, и 29 июня князь Голицын распустил по домам своих «ратных людей». «Только боярин Волынский, воевода новобогородицкий, оставлен был на Самаре с 5 или 6 тысячами человек».
«Пограничные воеводы» считали, что приободрившийся крымский хан может совершить поход на «украины», и готовили свои города к обороне. Но ни летом, ни осенью 1689 года хан не отпустил в набеги свои летучие отряды. Воспоминания о грозном русском войске, только что стоявшем у самого порога Крыма, удерживали татар за Перекопом…
В Москве тем временем произошел государственный переворот, в результате которого власть перешла к молодому царю Петру. Как сложится дальнейшая судьба A. С. Шеина и Б. П. Шереметева, возвышенных и обласканных смещенной правительницей? То, что молодой Петр крайне враждебно относился к окружению царевны Софьи, было известно, и это достаточно наглядно проявилось как раз во время торжественной встречи военачальников Второго Крымского похода.
19 июля царевна Софья сама вышла к Серпуховским воротам, чтобы встретить «животворящий крест» и иконы, бывшие в полках во время похода. За крестом и иконами, сопровождаемые духовенством Донского монастыря, шли воеводы В. В. Голицын, А. С. Шеин, B. Д. Долгоруков, В. М. Дмитриев-Мамонов. Царевна «жаловала» воевод «к руке» и спрашивала их о здоровье, публично демонстрируя свое благорасположение, а потом рядом с избранными воеводами прошла в Кремль, где процессию встретил царь Иван, а перед Успенским собором — патриарх. После молебна царевна и царь Иван снова «жаловали» воевод «к руке», произносилась приветственная речь, все было пышно и торжественно.
Но было одно обстоятельство, на которое не могли не обратить внимание возвратившиеся из похода воеводы, — отсутствовал царь Петр.
Не было Петра и на торжественной обедне в Новодевичьем монастыре, устроенной царевной Софьей 23 июля. «А после молебного пения изволила она, великая государыня, жаловать их, бояр и воевод, кубками фряжских питий, а ратных людей: ротмистров, и стольников, и поручиков, и хорунжих, и иных московских чинов людей, которые в том монастыре были, водкою».
Более того, когда был заготовлен манифест о пожалованиях и наградах за Крымский поход, Петр категорически отказался его утвердить. По свидетельству Патрика Гордона, только через четыре дня его удалось уговорить поставить свою подпись. Но когда В. В. Голицын, А. С. Шеин и другие воеводы явились в Преображенское, Петр отказал им в приеме. «Все поняли, — замечает Гордон, — что согласие младшего царя было вынужденное с великим насилием, что возбудило его еще больше против военачальника и против главнейших советников при дворе из противной стороны».
Алексей Шеин мог вызвать особое нерасположение Петра и потому, что до конца оставался в ближайшем окружении царевны Софьи. Когда 29 августа она отправилась в Троице-Сергиев монастырь (куда ушел из Преображенского царь Петр), чтобы в последний раз попробовать договориться с ним, царевну сопровождали ближние бояре В. В. Голицын, В. Д. Долгоруков, М. Я. Черкасский, А. С. Шеин…
Как известно, тогда царевна Софья была отстранена от власти, а потом заключена в Новодевичий монастырь. Ее сторонники подверглись опале.
Однако среди «опальных» не оказалось боярина и воеводы Алексея Семеновича Шеина. В октябре 1689 года он вдруг упоминается в свите царя Петра во время поездки в Преображенское, в ноябре того же года едет с ним в Саввино-Сторожевский монастырь. В 1690 году воевода плывет с царем на судах по Москве-реке в Коломенское. В 1693 году мы видим А. С. Шеина в сравнительно немногочисленной свите Петра во время путешествия в Архангельск, а в 1694 году ему было «указано» во дворце «кормить» патриарха, служившего заупокойную молитву по царице Наталье Кирилловне, матери Петра. Но серьезных государственных и военных поручений Шеин в эти годы не получает. Молодого, но уже прославившегося воеводу как бы держали «в запасе», сохранив за ним почетное место при дворе.