Когда 17 апреля большевики атаковали сразу с двух направлений, от Ростова и Александровской, казаки не стали сражаться, как и большевики совсем недавно, и отступили к Кривянской. На следующий день, 18 апреля, армия передислоцировалась в станицу Заплавскую, где и произошло так называемое Заплавское сидение, которое продлилось до 8 мая (дата освобождения Новочеркасска). Мятеж быстро распространялся, и многие казаки приходили из соседних станиц, чтобы пополнить ряды белых. Армия Полякова, которая в начале пребывания в станице Заплавской насчитывала 4 тысячи человек, к 23 апреля насчитывала уже 6,5 тысячи человек. 21 апреля «Совет Обороны» Донского края преобразовали во временное Донское правительство. К счастью для казаков, большевики оставались пассивны и позволили им заниматься своими делами.
Заплавская армия была самой многочисленной из казачьих армий, но не была единственной. Сформировалась еще одна армия из 1000–2000 человек на левом берегу Дона. Из Сальских степей со своими войсками вернулся атаман Попов. Настроения казаков изменились, и те станицы, которые еще пару месяцев назад враждебно относились к белым, теперь встретили Попова как героя.
Делегация от заплавской армии встретилась с Поповым 23 апреля в Константиновской. Встреча была не теплее той, что состоялась между Корниловым и Покровским. И. А. Поляков, член заплавской делегации, писал:
«Если быть откровенным, то необходимо сказать, что встреча была очень болезненной. Они приняли нас холодно и неприветливо. Более того, они пытались представить наш приход как раскаяние грешников. Но что это были за грехи — нам не говорили. Особенно нас поразило то, что атаман и его свита… больше всего интересовались личными делами, чем общей обстановкой в Заплавской».
С точки зрения Полякова, которая, вероятно, была правильной, атаман ревновал, так как армия была создана без его участия. Вероятно было и то, что лидерам заплавской группы не нравилась идея, что им придется отказаться от своей независимости, признав власть атамана. Разногласия между казачьими лидерами ослабляли их армии, продолжались они вплоть до взятия Новочеркасска.
Тем не менее, руководство заплавской армии и атаман пошли на компромисс. Гражданская власть оставалась в руках Временного правительства до созыва «Крута спасения Дона». Вся военная власть была отдана в руки Попова, который разделил войска на три группировки: «Южная группа» (заплавская группа) под командованием полковника Денисова и полковника И. А. Полякова, теперь начальника штаба, «Северная группа» под командованием полковника Семилетова и «Задонская группа» под командованием Семенова.
Заплавские казаки и Попов спорили по поводу стратегии. Казаки хотели взять Новочеркасск как можно быстрее; но вместо этого Попов взял полки «Южной группы», добавил их к «Северной группе» и 29 апреля атаковал Александровск-Грушевск. Атака, прошедшая неудачно в большей степени из-за низкой дисциплины, в дальнейшем сильно понизила авторитет Попова в «Южной группе».
Дон состоял из трех политических частей, отличающихся друг от друга. В Ростовской и Таганрогской областях располагались промышленная зона и донецкие шахты, здесь преобладали поселения иногородних. Северный район был менее всего значителен в политическом плане. Он был отрезан от развитого юга, и долгое время жители этого края даже не знали, что большевики захватили власть в центре Дона. Самым сильным был сельский юг, где казаки доминировали над иногородними, так как были лучше организованы.
Три армии Попова, конечно, состояли практически только из казаков. Они с трудом проводили различие между большевиками и иногородними. Даже существовали такие станицы, где казаки не видели причин присоединяться к антибольшевистской армии, вместо этого они сражались с врагом, находящимся поблизости, с ближайшими поселениями иногородних.
Несмотря на быстрый рост повстанческой армии и ее успех, победа восставших была далека от полной. В конце апреля казаки были дисциплинированы не лучше, чем красноармейцы. После маленькой неудачи — а таких было много, так как казаки часто разбегались при виде наступления Красной армии, — некоторые полки захотели сдаться и начать переговоры с большевиками. Например, кривянских казаков с трудом удалось уговорить покинуть их станицу после поражения в Новочеркасске. Так как те же люди, кто боролся против Каледина, теперь повернулись против большевиков, их дух и идеи имели сходство с настроем «революционных фронтовиков» декабря 1917 и января 1918 года. Это были яростные поборники равноправия. Например, офицерам не разрешалось носить погоны, их называли «господами офицерами», а не «ваше благородие». Многие офицеры не вступили в армию, так как не верили в ее успех. Самым известным из таких был Генерал Краснов, скрывавшийся в станице Константиновской в это время. Когда представители армии попросили его принять командование, он ответил: «Я не верю в казаков и не хочу иметь с ними ничего общего». За это высказывание многие казаки так и не простили будущего атамана.