Сюда назначили г. Щапова для вразумления его. Какая поздняя мера! Когда сочинения его разошлись по России, выли читаны, а вероятно, и теперь читаются большинством с восторгом и увлечением; когда Щапов дело свое вполне совершил, — тогда присылают его в монастырь. Монастырь для лица, если к нему есть милость Божия, может быть полезен; но это лицо уже чуждо своему делу, получившему собственные и значение, и самостоятельность. Оба воспитанника Кавказской семинарии, посланные при мне в Казанскую академию, замешаны в деле. Это жертвы; жрецы в стороне. Всякий пустяк, который ныне выходит печатно, пропитан революционным духом. Направление сделалось всеобщим. Вопрос крестьянский сделался вопросом всероссийским. Умаление средств у помещиков отозвалось на благосостоянии купечества; возвышение цены на хлеб и прочие жизненные припасы; цены, постоянно возвышающиеся и долженствующие возвышаться, отзываются на положении всех городских жителей. Крестьяне заражаются самым буйным духом, который распространяют в них разные неблагонамеренные извне и из среды их1268.
Однако же и эта, запоздалая, по мысли Святителя, мера наказания не была осуществлена. Под нажимом ряда влиятельных лиц и «голоса общественности» Александр II вынужден был отменить решение о высылке Щапова. «В конце февраля получил уведомление, что г. Щапов прощен Государем Императором и в Бабаевский монастырь не прибудет», — пишет епископ Игнатий брату 10 марта 1862 г.1269
В свою очередь Герцен рассказывал читателям «Колокола» о речи Щапова, его аресте и последовавших мерах (заметки «12 апреля 1861»1270, «Профессор Щапов»1271 и др.). Осенью 1861 г. Герцен прислал Щапову приветственное письмо, положившее начало их переписке1272. Щапов устанавливает связи с издателями «Колокола», с первыми организациями «Земли и воли». В 1864 г. он был сослан в Сибирь, где разрабатывает новую «социально-антропологическую» теорию исторического процесса, сложившуюся под влиянием идей Бокля и Писарева. В 1876 г. он скончался от чахотки и алкоголизма.
Ход крестьянской реформы, либеральный дух 1860-х гг. волновали владыку Игнатия и после его удаления на покой. «Великое дело освобождения крестьян сопряжено с значительными трудностями, для преодоления которых, во-первых, нужна особенная помощь Божия, а потом — самая мудрая, недремлющая человеческая деятельность», — замечал он в письме 22 января 1862 г.1273, а спустя четыре года после объявления Манифеста, в письме от 6 января 1865 г., высказывает крайнюю обеспокоенность духовным состоянием крестьянства:
Заезжал ко мне протоиерей из того села, в котором живут потомки Сусанина, человек довольно умный. Он сказывал, что крестьяне пропились и обнищали донельзя, что этого тока ничем удержать нельзя, потому что вдавшиеся в пьянство будут пить водку и тогда, когда бы вздумали повысить на нее цену. Это доказано опытами. Вместе с разгульною жизнию явилось особенное охлаждение к Церкви и духовенству. Кутилы из крестьян кутят и впали в индифферентизм по отношению к религии; некутилы обращаются в большом количестве к расколу. Дворянство бедно и не может помогать церквам и духовенству, как помогали прежде. Содержание духовенства скудеет и скудеет. Протоиерей, имеющий практический взгляд, говорил, что этому положению не видно исхода и что последствия этого положения должны быть многоплодны. Прогресс идет изумительно быстрыми шагами. Кто остановит его?1274
Архимандрит Иоанн, ректор Казанской духовной академии, подвергшийся резкой критике со стороны Митрополита Московского Филарета в связи с «делом Щапова», к 1864 г. вернул благорасположение Московского Владыки. В марте 1864 г. он был назначен ректором Петербургской духовной академии, в январе 1865 г. посвящен в сан епископа Выборгского, с 1866 г. был епископом Смоленским. Откликаясь на эти известия, владыка Игнатий в письмах к брату вспоминает:
Иоанн по открытости своей нравился мне более, нежели современные ему академисты. И тогда многие баре восхищались его проповедями, направленными к освобождению крестьян, не поняв, что Иоанн отнюдь не духовный проповедник, а рьяный фанатик сословный и что у него замаскирована мысль о резне дворян и о предоставлении своей пастве первенства и в гражданском и церковном служении. Другие, имея эту же мысль, лучше скрывают ее, а потому Иоанн, как откровеннее других высказывающийся, нравственно выше других (письмо от 29 января 1865 г.)1275.