Об отеческом окормлении иноков свидетельствует собранная со всех концов России под омофор Святителя-подвижника братия Кавказского Архиерейского дома. Скупые строки формулярного списка о монашествующих, которые частично заполнены рукою Преосвященного Игнатия, позволяют представить себе образы этих совершенно различных между собой учеников Святителя. В документе этом представлены биографии выходцев из дворян, духовенства, купцов, казаков, крепостных крестьян, и даже отставного унтер-офицера из лезгин. Упомянутая здесь братия, начиная от послушника и кончая заслуженным протоиереем, кандидатом богословия, происходила родом в основном из удаленных от Кавказа мест: Санкт-Петербурга, Вологодской, Тамбовской, Владимирской и Харьковской губерний. Эти первые помощники епископа Игнатия всячески поддерживали Святителя в его заботах о нравственном и духовном облике духовенства и мирян Епархии.
Преосвященный Игнатий, сталкиваясь со случаями нравственных проступков клира, не стремился наказывать провинившихся переводом на другой приход, отчего обычно только шире распространяется соблазн среди мирян Епархии. Напротив, несмотря на свои телесные немощи и многочисленные заботы по управлению Епархией, а также связанные с подготовкой его письменных трудов, Владыка собирал таковых вокруг себя, в Архиерейском доме, для совершения богослужений, несения клиросных и других послушаний. Исправляя их «духом кротости», Владыка всячески стремился, чтобы это не коснулось тяжелым бременем их семей, оставшихся на время без кормильца. Только за вторую половину 1858 года на исправлении в Кавказском Архиерейском доме побывало 9 клириков Епархии. Назначения эти производились ввиду их «нетрезвой жизни» или «нанесения обид» сослужащей братии или прихожанам, а иногда, как, например, протоиерей села Средне-Егорлыкского И. Преображенский, по подозрению благочинного, «для усмотрения образа служения». Сроки послушания, назначаемые обычно от одного до трех месяцев, как правило, сокращались. Так на прошениях диакона с. Покойного Константина Салафильева и пономаря Старо-Щербиновской церкви Якова Чупрыны с просьбами отпустить их к семьям в связи с приближающимся праздником Рождества Христова, несмотря на только начавшийся декабрь, стоят резолюции Преосвященного: «во внимание к смирению просителя срок епитимий сократить», и просто «прошение удовлетворить». Часто эконом Архиерейского дома иеромонах Иустин ходатайствовал о смягчении епитимий, позволении священнодействовать вместо несения клиросного послушания или же вовсе присоединялся к просьбам о прекращении их срока.
После ознакомления с Епархией «преосвященный Игнатий… в своих предложениях на имя Кавказской духовной семинарии отметил, что священнослужители Края стоят, за редким исключением, на высоте пастырского призвания». И лишь диаконы, имеющий низкий образовательный ценз, «не всегда и не везде удовлетворяли своему назначению»1361. И действительно, уже к концу 1857 года, то есть ко времени вступления епископа Игнатия на Кавказскую кафедру, в Епархии из 222 протоиереев и священников 138 имели богословское и 5 философское образование. Не получившие образование священники, по свидетельству благочинного Кубанского казачьего войска священника Стефана Гливенко, благочинного Феодора Маковского и других, «от природы наделенные хорошими способностями», постоянно стремятся к самообразованию. Кроме того, как отмечает благочинный Черноморского войска Афанасий Кучеров, нравственное состояние клириков в его благочинии «неукоризненное». О духовенстве своего благочиния священник Феодор Маковский свидетельствует, что они «по мере полученных в Семинарии познаний не оставляют прихожанам своим преподавать» не только духовные наставления, но и «врачебные и сельскохозяйственные». Дополнительно в пользу Кавказского духовенства красноречиво говорит отмеченное Архипастырем внешнее благолепие их храмов. В характере Кавказского духовенства, «неленностного в совершении богослужений и назидании паствы», особенно поразительно для святителя Игнатия, как нового лица в Крае, «было радушие, странноприимство и откровенность», соответствующие кавказским просторам.