Конечно, и после возвращения из отпуска архимандрит Игнатий не раз навещал и представлялся Митрополиту Филарету во время его пребываний в Петербурге. А о том, что между ними продолжалась переписка и иногда по важным церковным проблемам, свидетельствует еще одно письмо к отцу Антонию от 28 апреля 1852 г.: «Вот еще письмо, которое, по милости Святославского, дошло до меня через год, и, конечно, оставило писавшего в неудовольствии на мое молчание.
Видите, что о. архимандрит Сергиевой пустыни Игнатий написал книгу против книги Фомы Кемпийского и желает, чтобы я ее видел и побудил его к изданию ее в свет. Не надеюсь, чтобы, если прочитаю книгу, мог я написать о ней то, что понравилось бы ему. Мне странною кажется мысль писать назидательную книгу именно против Фомы Кемпийского8. Мне кажется, всего удобнее продолжить молчание, в котором я до сих пор оставался невольно. Но сим дается ему причина к неудовольствию. Не читав книгу, если скажу, что не надеюсь быть с нею согласен, это будет жестко, а может, еще менее могу сказать мягко, когда прочитаю книгу».
В мае 1856 г. архимандрит Игнатий, по пути в Оптину Пустынь, заезжал в Москву на короткое время. Об этом имеется запись в дневнике о. архимандрита Леонида (Краснопевкова): «Перед тем как ехать, подкатила карета к крыльцу. Кто же? Отец архимандрит Сергиевской пустыни. Слышал я, что накануне он обедал у Владыки, и думал, как бы увидеть его, а он — как тут». Из письма Святителя к архимандриту Леониду от 17 декабря 1856 г. можно увидеть, что Митрополит Филарет был согласен с Митрополитом Григорием Петербургским, когда тот предлагал возвести его в сан епископа: «Искренно благодарю Вас за письмо Ваше от 11 декабря. Очень приятно было мне видеть из него расположение ко мне Святителя Московского. Полагаю, что вследствие отношений его с Преосвященным Григорием Петербургским последовало о мне представление от сего последнего в Св. Синод. Но един Бог ведает полезное человеку и обществу человеческому и потому устрояет судьбу человеков по своему премудрому промыслу».
А почти через год, в ноябре 1857 г., по пути в Ставрополь, в Москву заезжал теперь уже епископ Игнатий. Архимандрит Леонид 28 ноября 1857 г. записал в дневнике: «Преосвященный Игнатий был у Владыки 2 раза, вчера обедал у него и вечером навестил меня, как больного». Митрополит Филарет о первом посещении писал отцу Антонию 27 ноября 1857 г.: «Сегодня был у меня новый Преосвященный Кавказский. Благодушествует и с решимостью принимается за дело. Уже избрал себе нового ректора семинарии и инспектора и секретаря для консистории. Радуется о благоволении к нему владыки Новгородского. Но есть и скорбные вести, которые он подтверждает. О оптинских монахах, взятых в Иерусалимскую миссию, он думает, что их лучше бы удержать под опытным руководством старца Макария, чтобы употребить их для поддержания и распространения доброго монашества в России. Может быть, это и правда. Для Иерусалима могли бы найтись другие». П. П. Яковлев добавляет еще, что в Москве у Преосвященного Игнатия случился приступ его болезни, во время которой Митрополит прислал к нему своего доктора и сам навестил его.
В последующие годы Преосвященный Игнатий в письмах своих к о. Леониду (Краснопевкову) постоянно интересовался здоровьем Митрополита Филарета: «Уведомьте меня о здоровье Высокопреосвященнейшего Митрополита и о Вашем». И благодарил за сообщения: «Искренне благодарю Вас за уведомление о здравии Высокопреосвященнейшего Митрополита. Немудрено, что прозорливый старец ведет самую уединенную жизнь: из тишины своей келлии он видит те тучи, которые скопляются на горизонте»; «Весьма благодарю Вас за известие о Высокопреосвященнейшем Митрополите. Всеблагий Господь да подкрепит его силы в настоящее трудное время, в которое начинают заигрывать многоразличные бури».
Первое время по прибытии в Ставрополь Преосвященный Игнатий выражал удовлетворение своим перемещением: «Хотя здесь место новое и почти все надо заводить; хотя я страдаю от необычно суровой зимы, от особенного неудобства в помещении, но я спокоен и потому доволен». Но очень скоро он начал замечать противодействие своим распоряжениям по благоустройству Епархии со стороны ректора семинарии и некоторых членов Консистории.
Главным преткновением между ним и ректором семинарии архимандритом Германом был вопрос о преподавании осетинского и татарского языков, «общеупотребительных между горскими народами». В 1859 г., во время поездки епископа Игнатия по епархии, ректор Герман сделал самовольное распоряжение об отмене при начале нового курса преподавания этих языков, заменив их изучением французского и латинского. Осенью 1859 г. ректора Германа перевели на ту же должность в Самару.