Эта огромная подпольная армия подчинялась обанкротившимся в 1939 году генералам и польскому эмигрантскому правительству, которое активно сотрудничало с английским правительством, в том числе и с VI (польским) отделом английских спецслужб — знаменитым Управлением специальных операций Великобритании (УСО). Данная организация была создана в июле 1940 года и специализировалась на организации и проведении диверсионно-разведывательных акций на оккупированной фашистами территории Западной Европы.
Взаимоотношения между УСО и польским правительством в изгнании были не совсем обычными. Например, британцы предоставляли своим младшим партнерам необходимые финансовые и материально-технические ресурсы, организовывали заброску агентов и оружия по воздуху, при этом они не знали подробности операций, проводимых АК, и не знали имен агентов. Если в подборе подпольщиков для других оккупированных стран участвовали офицеры УСО, то поляки сами решали, кого переправлять за линию фронта.
АК была не единственной польской националистической конспиративной организацией. Праворадикальная военно-конспиративная организация «Национальные вооруженные силы» («Народове силы збройне», НСЗ) не менее знаменита. И хотя она значительно уступала Армии Крайовой как по количеству боевиков, так и по размаху повстанческой деятельности, но значительно превосходила АК по русофобии. Собственно, НСЗ по своей идеологии и политической практике мало чем отличались от своих врагов — германских национал-социалистов.
Еще в 1887 году на территории Польши появилась правая националистическая партия, которая в 1928 году стала именовать себя «Национальная партия» («Стронництво народове», СН). Ее политическую программу отличал радикальный национализм и антисемитизм. Часть СН, принявшая программу фашистского толка, в 1934 году стала именовать себя «Национально-радикальный лагерь» («Обуз Народово-радикальны», ОНР). Весной 1940 года СН получила «Национальная военная организация» (НВО). Позднее часть ее отрядов (более умеренное крыло) вошла в состав АК, а остальные подразделения совместно с ОНР создали независимые от АК «Национальные вооруженные силы» (НСЗ). Осенью 1942 года эта военная организация насчитывала около 35 тысяч человек.
В 1943 году в НСЗ были созданы специальные отряды для борьбы с коммунистами и их партизанскими отрядами, а также леворадикальным крестьянским повстанческим движением, в том числе с «Крестьянскими батальонами», которые в 1945 году вышли из подполья и были расформированы. Часть командиров и даже отрядов НСЗ активно сотрудничали с германскими властями, а затем вместе с вермахтом ушли за пределы Польши. В то же время были и отряды НСЗ, которые, наоборот, боролись с германскими войсками. После прихода Красной Армии оставшиеся на территории Польши подразделения НСЗ и специально сформированные ими новые структуры, организации и отряды типа «Готовность к специальному действию» («Поготове акции специальной») развернули активную вооруженную борьбу против новой «народной власти» и советских войск.
В 1943 году Главный штаб Армии Крайовой пытался включить НСЗ в свой состав. Однако эти усилия встретили активное сопротивление как со стороны праворадикального руководства НСЗ, так и со стороны умеренных элементов АК. В частности, представители НСЗ требовали для себя полной организационной и политической независимости в рамках АК, а также санкции на вооруженную борьбу с левацкими партиями и теми военизированными организациями польского подполья, которые были ориентированы на союз с Москвой. К числу таковых относилась, например, так называемая «Гвардия Людова» (ГЛ), позже переименованная в Армию Людову, представлявшую собой не что иное, как военно-конспиративные ячейки Польской рабочей партии.
Тем не менее в марте 1944 года часть отрядов НСЗ вошла в состав АК. Это, в свою очередь, повлекло за собой неподчинение аковскому руководству большинства отрядов «Крестьянских батальонов».
Польское националистическое подполье еще с 1939–1941 годов развернуло активную антибольшевистскую борьбу на территориях Западной Белоруссии и Западной Украины, присоединенных к СССР. Хотя это подполье крайне жестоко подавлялось здесь органами НКВД, тем не менее ценой огромных жертв вновь и вновь восстанавливалось при помощи Лондона.
В октябре 1943 года командование АК, которое в разное время возглавляли генералы Стефан Ровецкий, а после его ареста немцами последовательно Тадеуш Бур-Комаровский и Леопольд Окулицкий, утвердило «хитроумный» план операции «Буря» по захвату польскими националистами «перед носом у Советов» Западной Украины, Западной Белоруссии и Виленского края в момент немецкого отступления. Сложные отношения между СССР и польским эмигрантским правительством в Лондоне привели уже в 1943 году к сотрудничеству некоторых деятелей польского националистического подполья с немцами (в борьбе с большевизмом) и к неизбежным вооруженным столкновениям между просоветскими партизанами и отрядами НСЗ и АК. В Виленском крае только в 1943 году в столкновениях с отрядами АК пробольшевистские силы потеряли 150 человек убитыми и 100 пропавшими без вести.
В декабре 1943 года партизанским соединением Барановичской области под командованием Василия Чернышева по приказу начальника ЦШПД Пантелеймона Пономаренко были разоружены бойцы Столбцовского соединения АК. Этому предшествовал разгром поляками (конкретно — эскадроном 27-го уланского полка АК под командованием подхорунжего Здислава Нуркевича) еврейского партизанского отряда имени Пархоменко (под командованием Семена Зорина). Обвинив «жидов» в грабеже, Нуркевич расстрелял нескольких еврейских партизан.
К слову, еврейский отряд Зорина был организован по приказу чекиста К. Орловского, специализировавшегося на «польских делах» еще с 1920-х годов. После акции подхорунжего 3. Нуркевича из Москвы гневно потребовали «разобраться». Однако руководство АК отказалось выдать на расправу большевикам участников инцидента. В итоге всю Столбцовскую группировку АК (400 партизан) разоружили, 6 арестованных польских офицеров были отправлены самолетом в СССР. Впрочем, самому подхорунжему Нуркевичу удалось скрыться. Он заключил соглашение с немецкими войсками, получил от них оружие и начал вооруженную борьбу с просоветскими партизанами (позднее и с советскими войсками, а также польскими коммунистами). Нуркевич вел свою борьбу в подполье до 1960 года, когда был арестован органами госбезопасности ПНР.
Комендант округа подполковник Януш Шляский, сидевший перед войной в тюрьме НКВД в Белостоке, выдал гестапо 40 человек из местного коммунистического подполья, о чем он поведал позднее в своих изданных в Лондоне воспоминаниях. Шляский свидетельствует, что с 1942 года до прихода РККА в 1944 году он провел 185 боев (из них 102 с немцами, а остальные — против советских партизан). А отряд Адольфа Пильха с октября 1943 по июнь 1944 года не провел ни одного боя против вермахта, зато с советскими партизанами было 32 боестолкновения.
В Виленском округе под командованием подполковника Александра Кжижановского действовали три соединения и особая бригада АК (всего более 9 тысяч человек). Они воевали с немцами и с польскими коллаборационистами — «Местным войсковым соединением» генерала Повиласа Плехавичюса (позднее он был заподозрен немцами в измене и арестован, а корпус расформирован). Там же, на Виленщине осенью 1943 года отрядом Федора Маркова был разоружен отряд АК подхорунжего АК Антони Бужинского. Конфликт вскоре перешел в стадию вооруженной борьбы между отрядом Маркова и сформированной на базе отряда Бужинского 5-й Виленской бригадой поручика Зыгмунта Шендзеляжа. В феврале 1944 года после боя с советскими партизанами польский отряд перебазировался в сторону Вильнюса. Вообще к этому времени советские партизаны в 4 раза превосходили по численности отряды АК.
Этими конфликтами между польским националистическим подпольем и советскими партизанами небезуспешно пытались воспользоваться немцы, предлагавшие аковцам свою помощь. Были проведены переговоры между командованием Виленского округа и немецким командованием. Арестованный немцами в Вильнюсе Шендзеляж после недолгого пребывания в гестапо был ими отпущен. Некоторые командиры АК заключали с немцами соглашение о нейтралитете. Есть данные и о том, что немцы обеспечивали некоторые отряды аковцев и НСЗ оружием.