Междувременно в Киев украинското правителство беше сформирало своя собствена оперативна група да следи прочистването на градовете и селата в 30-километровата зона и въведе мерки за защита на хората от замърсяване в съседните райони. На 12 май тя забрани риболова и плуването, както и прането на дрехи, къпането на животни, миенето на коли в реките и езерата в пет области, разположени до 120 км на юг от централата.60
По всички пътища, водещи към Киев, транспортната милиция постави пунктове за миене и обеззаразяване, така че нито една кола не можеше да влезе в града, без да е проверена за радиация.61 Общински камиони-цистерни патрулираха из града и изливаха хиляди литри вода по пътищата и тротоарите, докато войските пръскаха стените и дърветата, за да отстранят радиоактивния прах. Но украинските лидери, които се страхуваха от паника и се бояха от гнева на своите шефове в Москва, все още не бяха решили дали да евакуират децата от града.
Главните специалисти по радиационна медицина и метеорология на Кремъл – Леонид Илин и Юлий Израел – отказаха да дадат категоричен отговор за дългосрочния ефект на разпространяващото се замърсяване.62 Те бяха извикани от Чернобил на извънредна среща с оперативната група на украинското правителство, на която експертите заявиха, че реакторът е покрит, радиационните емисии рязко са намалели и скоро ще спрат окончателно. Те настояваха, че в момента радиационните нива не изискват евакуация; единственото нещо, което препоръчаха, беше държавата да направи необходимото за своевременното информиране на населението относно предприетите мерки за управление на кризата. Но украинските ръководители подозираха, че независимо от истинските си убеждения Илин и Израел също не искат да поемат отговорност за евакуацията. В тази връзка по време на едно специално заседание на украинското Политбюро късно през нощта Владимир Шчербицки нареди на двамата учени да изложат писмено своите становища и да се подпишат. След това заключи документа в сейфа в кабинета си и не се съобрази с техните препоръки.
Същата нощ Шчербицки еднолично заповяда да се евакуират на безопасни места на изток всички деца в Киев от предучилищна възраст до седми клас, както и онези, които вече бяха преместени от околностите на Чернобил и Припят, за период от поне два месеца. На следващата нощ украинският министър на здравеопазването Романенко се появи още веднъж по телевизията, за да увери зрителите, че радиационните нива в републиката са в рамките на международните норми.63 Той обаче препоръча на децата да се разрешава да играят навън само за кратко време, но не с топки, които може да вдигнат прах. Възрастните трябва всеки ден да вземат душ и да си мият косите. Министърът добави, че учебната година ще свърши две седмици по-рано, „за да се подобри здравето на децата от Киев и Киевската област“.
Евакуацията започна след пет дни и обхвана 363 000 деца, както и десетки хиляди майки кърмачки и бременни; общо напуснаха половин милион души, което се равняваше на една пета от цялото население на Киев.64 Това беше логистична задача, в сравнение с която първоначалните усилия за евакуация на 30-километровата зона изглеждаха незначителни, и от самото начало над нея витаеше призракът на паниката. На всеки два часа от киевската гара заминаваше по един от 33-те специални влака и после се връщаше; шумни групи от ученици се тълпяха по пероните, а на блузите им бяха закачени етикети с цифри, в случай че някой се загуби; за онези, които не бяха в състояние да заминат с влак, бяха осигурени допълнителни самолети. Когато пороят от жени и деца заля пионерските лагери и санаториуми в Украйна, съветските почиващи в курортите на Кавказ бяха уведомени, че ваканциите им се прекъсват; евакуираните намериха временни жилища в различни краища от Одеса до Азербайджан. Три дни по-късно Киев се превърна в град без деца. Никой не можеше да каже кога ще се върнат.
На 22 май Шчербицки постави подписа си върху един партиен доклад, в който се описваше как републиката се справя с аварията.65 Независимо от масовите провали и небрежността – особено закъснелите мерки за безопасност за защита на населението от радиация – 90 000 души бяха успешно евакуирани от участъците в трикилометровата зона в Украйна. Всички бяха настанени в жилища и над 90% от тях вече се бяха върнали на работа. Получиха компенсации от 200 рубли на човек, което правеше 10,3 милиона рубли. Повече от 9000 мъже, жени и деца в цяла Украйна бяха хоспитализирани или поставени под карантина, а 161 от тях бяха диагностицирани с лъчева болест, включително 5 деца и 49 войници от вътрешни войски. Общо 26 900 деца бяха изпратени в пионерски лагери в други части на СССР, а майките кърмачки бяха преместени в санаториуми в Киевска област.