Споровете започнаха почти веднага след завършването на предварителния доклад на Комисията за причините за катастрофата – на 5 май, само 10 дни след експлозията. Той беше писан под надзора на Мешков, заместника на Славски в Министерството на средното машиностроене, и не беше изненадващо, че обвиненията се стовариха върху операторите: били изключили много важни системи за безопасност; били пренебрегнали правилата и провели тест, без да се консултират с конструкторите на реактора; старшият инженер по управлението Леонид Топтунов бил натиснал бутон АЗ-5 в отчаян и безполезен опит да спре аварията, след като тя вече била започнала, поради собствената си некомпетентност и некомпетентността на колегите му. Топтунов и началник-смяната Акимов едва ли можеха да оспорват тази версия, защото след десет дни и двамата щяха удобно да умрат.
Но специалистите от Министерството на енергетиката отказаха да сложат подписите си върху съвместния доклад от разследването. Вместо това добавиха едно приложение, основано на собствено независимо разследване. Според тяхното мнение, каквито и грешки да бяха допуснали операторите, реактор №4 никога е нямало да избухне, ако не са били сериозните недостатъци в неговия дизайн, включително положителният коефициент на реактивност и дефектните контролни пръти, заради които реактивността се е повишила, вместо да се понижи. Техният подробен технически анализ допускаше възможността, че именно задействането на бутона АЗ-5, който е трябвало безопасно да спре реактора, каквото е предназначението му, може да е причинило експлозията.
В отговор Александров свика две специални заседания на Междуведомствения научен и технически съвет за атомна промишленост, за да се обсъдят причините за аварията.19 Въпреки името си обаче този Съвет изобилстваше със служители от Министерството на средното машиностроене и бивши поддръжници на РБМК и беше председателстван от Александров, който държеше патента за проекта на реактора. Заседанията продължаваха с часове и Александров впрегна всичките си доста значителни умения, за да неутрализира разговора за дефектите на реактора, като непрекъснато се връщаше към общата дискусия за грешките на операторите.20 Но опитите му се провалиха и „Аятолаха“ Славски просто заглуши с викове онези мнения, които не желаеше да чуе. На представителя на държавния ядрен регулатор не разрешиха да докладва предложенията си за корекции на проекта с цел да се подобри безопасността.
Но Генадий Шашарин, заместникът на Майорец, който отговаряше за ядрената енергия в Министерството на енергетиката, отказа да признае поражението.21 След второто заседание на Междуведомствения съвет той написа писмо до Горбачов, в което очерта истинските причини за аварията и описа опитите на Александров и Славски да скрият истината за конструктивните недостатъци на реактора. Той признаваше грешките на персонала, но също така твърдеше, че прекаленото фокусиране върху дефектите е показало единствено липсата на организация и дисциплина в централата, „но те не ни приближават до разкриването на истинските причини за катастрофата“. По-нататък заместник-министърът обясняваше, че колкото и упорито да се опитват да скрият истината, няма да могат да го правят до безкрай. Глобалният мащаб на катастрофата щеше да накара международната научна общност да поиска да узнае техническите подробности за последователността на събитията, довели до аварията. „Рано или късно – предупреди Шашарин Генералния секретар – те ще станат ясни за широк кръг реакторни специалисти в нашата страна и в чужбина.“
Виктор Брюханов се върна от посещението при семейството си в Крим в края на май. Когато пристигна в Киев, той се обади по телефона в централата и поиска кола да го вземе от летището. По линията настъпи неловка пауза и той разбра, че нещо не е в ред. След като стигна в централата, Брюханов отиде в кабинета си на третия етаж на административната сграда. Там видя, че прозорците са покрити с оловни листове, а на бюрото му седи друг човек. Това беше първото от многото унижения, които злополучният директор трябваше да преживее, защото никой не си беше направил труда да го уведоми, че той вече не е шеф.clxxiii