Отначало Брюханов отказа да вземе адвокат за защитата си в съда, защото му беше ясно, че окончателната присъда отдавна е решена.45 Жена му обаче го убеди в противното и през декември Валентина замина за Москва, където намери адвокат, който се съгласи да представлява Брюханов.46 Той беше специалист, на когото беше позволено да се занимава със случаи, свързани със секретни съоръжения в съветския ядрен комплекс, и имаше разрешение за достъп до строго секретни доказателства, събрани зад стената на мълчанието на Министерството на средното машиностроене. Същия месец, съгласно съветските закони за разкриване на информация, следователите донесоха на Брюханов материали, открити по време на разследването, които щяха да бъдат използвани в делото срещу него.47 Сред купчината документи директорът изрови писмо от един от експертите в института „Курчатов“, което му разкри съществуването на тайната история на реактора РБМК – поредица от опасни конструктивни недостатъци, които са били известни на учените през цялото време, но са ги криели от Брюханов и неговия персонал в продължение на шестнайсет години.clxxxviii
На 20 януари 1987 г., след като Брюханов беше прекарал шест седмици в изолация, вторачен в детайлите по делото, следователите от прокуратурата внесоха окончателното обвинение във Върховния съд на СССР. Изпратиха общо 48 тома с доказателства в Москва, всичките класифицирани като строго секретни.clxxxix48 Петнайсет от тях, съдържащи документи, иззети директно от централата, бяха толкова замърсени с радиоактивен прах, че адвокатите се принудиха да носят защитни облекла, за да ги прочетат.
Брюханов и още четирима други старши служители на централата, в това число Дятлов и Фомин, бяха официално подведени под съдебна отговорност по чл. 220, алинея 2 от Наказателния кодекс на Република Украйна „за нарушения на правилата за безопасност“, предизвикали смъртни случаи или други сериозни последици във „взривоопасни централи и съоръжения“.cxc Това беше един изобретателен съдебен гамбит – никога досега съветските юристи не бяха считали атомната централа за съоръжение, в което е възможна експлозия – и първото от многото логически изопачавания, необходими, за да се прехвърли отговорността за аварията върху една малка група подбрани изкупителни жертви.cxci49 За да се подсили случаят, Брюханов и Фомин бяха обвинени и по чл. 165 от Наказателния кодекс за злоупотреба с власт.50 Брюханов беше обвинен, че сутринта в деня на аварията умишлено е занижил измерените стойности радиация и с това е забавил евакуацията на централата и града Припят. Освен това, знаейки за ситуацията, е изпратил хора в най-опасно замърсените участъци на реакторния корпус. Ако ги признаеха за виновни, тримата най-старши служители на централата щяха да получат присъди до 10 години затвор.
Беше планирано процесът да започне на 18 март 1987 г., но го отложиха, след като стана ясно, че заместник главният инженер Николай Фомин е все още твърде нестабилен психически и не е в състояние да се яви в съда.51 Той беше арестуван по същото време като Брюханов и се опита да се самоубие в затвора – счупи очилата си и използва парчетата стъкло, за да си среже вените. Клетият инженер беше изпратен в болница, за да се възстанови, а делото беше отложено за по-късно през същата година.cxcii52
Мария Проценко се върна за последен път в Припят през януари 1987 г.53 Увита в подплатено памучно яке, с панталони и дебели валенки на краката заради студа, тя се изкачваше по заснежените стъпала на „Белия дом“ начело на малък отряд войници. Те влизаха от стая в стая в изоставената сграда на Градския съвет, изчистваха всеки шкаф и сейф, пълнеха чували с документи, които бяха твърде замърсени, за да отидат в архивите на бездънната съветска бюрокрация, но не можеха и да се оставят, тъй като бяха строго секретни. Когато приключиха, Проценко прибра ключовете от всички врати в сградата, докато войниците хвърляха чувалите в каросерията на един камион. После ги откараха в едно от 800-те депа за радиоактивни отпадъци, разположени из цялата Забранена зона.