Освен това в Чернобилската АЕЦ операторите на трите останали реактора бяха деморализирани от начина, по който техните починали колеги бяха обвинени в причиняване на аварията.38 Въпреки че ходеха съвестно на работа всеки ден, мнозина вярваха, че истинските причини за катастрофата не са правилно анализирани. Някои бяха убедени, че същото нещо може да се случи и на тях. Почти никой не искаше да живее в Славутич.
Легасов продължи публично да поддържа линията на Партията за безопасността на съветската ядрена промишленост.39 Той заяви, че според него съветските реактори нямат недостатъци, защото при проектирането им са взети предвид дори минимално вероятни обстоятелства. Академикът настояваше, че ядрената енергия е върхът на атомната физика и е от ключово значение за развитието на цивилизацията. Но вътрешно той беше поразен от това, което министър-председателят Рижков беше казал преди повече от година на Горбачов и другите членове на Политбюро, а именно че експлозията в Чернобил е била неизбежна и ако не се беше случила там, рано или късно е щяла да се случи в някоя друга съветска централа.40 В този момент Легасов най-после осъзна истинския мащаб на разложението в сърцето на ядрената държава – културата на секретност и самодоволство, арогантност и нехайство и ниските стандарти при проектирането и строителството. Той разбра, че реакторът тип РБМК и неговият еквивалент с вода под налягане ВВЕР са потенциално опасни. Започна да проучва проблемите по-обстойно и лансира пред Средмаш идеята за създаване на ново поколение реактори, охлаждани с разтопена сол. Но предложенията му бяха посрещнати с гняв и възмущение. Ефим Славски, тогава все още начело на Министерството на средното машиностроене, каза на Легасов, че е технически неграмотен и не трябва да си пъха носа в неща, които не го засягат.
По това време здравословните проблеми на Легасов се бяха задълбочили и през цялата следваща година той често посещаваше Болница №6, където го лекуваха поради невроза, нестабилна кръвна картина, сърдечни смущения и проблеми с гръбначния мозък.41 Макар лекарите да не му поставиха официална диагноза ОРС, съпругата на учения нямаше съмнение какво става с него. Въпреки всичко, въодушевен от ветровете на перестройката, Легасов се включи в поредица проекти за модернизация на монолитните структури на съветската наука. Изнесеният от него доклад пред Академията на науките беше предизвикателство към хегемонията на някои от най-мощните сили в държавата и за всеки друг изглеждаше недвусмислен политически риск. Той предложи Министерството на средното машиностроене да се разбие на по-малки звена, които да се конкурират помежду си на един вътрешен пазар; изследванията на института „Курчатов“ да се финансират при по-строга отчетност и да се фокусират върху практически резултати; старците, които сега контролираха бюджета и определяха назначенията на толкова много доживотни длъжности в него, да се заменят с по-млади и по-жизнени учени.42 Легасов имаше основания да вярва, че докладът му ще се приеме добре. Той не само имаше големи заслуги за ликвидирането на последиците от Чернобилската катастрофа и за защитата на репутацията на ядрената промишленост във Виена, но в края на краищата беше и помазаният наследник на ръководителя на института „Курчатов“ и се ползваше с мощна подкрепа от страна на Политбюро.
Въпреки това предложенията му бяха пренебрегнати. Легасов не можа да разбере, че самият той и неговите идеи щяха да отчуждят не само старата гвардия, чиито удобни позиции в статуквото щяха да бъдат застрашени, но и по-реформаторски настроените му колеги, които го считаха за продукт на епохата на застоя, човек с привилегирован произход, който му бе дал възможност безпрепятствено да се издигне до върха. Дори неговата роля в Чернобил започна да се смята за противоречива, тъй като колегите му физици вече се съмняваха в целесъобразността на операцията за покриване на горящия реактор с пясък и олово.43 През пролетта на 1987 г. ЦК на КПСС разпореди в института „Курчатов“ да се предприеме вътрешна перестройка и да се избере Надзорен научно-технически съвет.44 Легасов не искаше да се кандидатира в него под предлог, че здравето му се е влошило.45 Също така той си даваше сметка, че гласовете срещу него могат да застрашат избора му на мястото на Александров. Александров обаче настоя и когато обявиха резултатите, Легасов осъзна колко малко е познавал чувствата на колегите си към него. От 229 гласа само 100 бяха за него, а 129 бяха против. Легасов беше като ударен от гръм. На петдесет години това беше първият обрат в златната му кариера.
На една сбирка на неговата партийна група на 10 юни старецът Александров съобщи по-добра новина: той каза на присъстващите да поздравят Легасов. Директорът обясни, че е видял окончателния списък на онези, които Политбюро ще награди за героизма им в Чернобил, и името на първия му заместник е сред първите. Легасов щеше да бъде удостоен с единствената награда, която досега не беше успял да получи – званието „Герой на социалистическия труд“. Но когато окончателният списък беше публикуван, името на Легасов вече не фигурираше. Тръгна слух, че в последния момент Горбачов е решил никой от института „Курчатов“ да не получи държавна награда за действия, които са ограничили катастрофата, защото именно институтът е допринесъл за нейното внезапно възникване. На другия ден Легасов телефонира на секретарката си. Преди да приключи разговора, той я помоли да се грижи за двете му деца и тя се разтревожи. Колегите му се втурнаха към къщата на ул. „Пехотная“ №26, където откриха Легасов в безсъзнание, а до него имаше шишенце с приспивателни хапчета.