Макар и да го спасиха след опита за самоубийство, Легасов се върна на работа напълно променен. Игривите пламъчета в очите му бяха угаснали и той се тътреше нагоре по стълбите като старец. По време на една научна конференция в Англия същото лято срещна своя стар приятел и научен редактор на „Правда“ Владимир Губарев, чиято пиеса „Саркофаг“ се играеше в Националния театър в Лондон. Губарев се опитваше да насърчи академика да използва максимално времето си в чужбина за приятни преживявания: да си намери момичета или да отиде на спектакъла на „Котки“ в Уест Енд. Но Легасов искаше единствено да се прибере в хотела. Тази есен за пръв път започна да чете Библията.46 С помощта на нов японски диктофон, подарък от стар приятел, той направи серия магнетофонни записи за преживяванията си в Чернобил с намерение да събере материал за мемоарите си.47 Но каза на близките си, че кариерата му е приключила. Направи втори неуспешен опит за самоубийство.
По-късно Губарев се опита да повдигне духа на своя приятел, като му предложи да изложи идеите си за ядрената безопасност в статия за „Правда“.48 Легасов я написа за няколко дни и след като тя излезе, се обаждаше всеки ден на Губарев и го питаше дали има отзиви за нея. Когато и тази статия беше отмината с мълчание, Легасов предприе по-решителни стъпки: даде интервю за либералното литературно списание „Новый мир“, в което предупреди – противно на всичко, което дотогава бе казвал, – че всеки момент може да стане нова чернобилска катастрофа във всяка друга атомна централа в СССР, която използва РБМК реактори. Той каза на репортера, че много учени знаят за опасността, но никой не иска да направи нищо, за да я осуети. В интервю за „Юность“, друго съветско списание, където гласността беше разхлабила оковите на цензурата, Легасов отиде още по-далеч.49
Обръщайки гръб на всякаква политическа праволинейност, в която беше повярвал още като юноша, академикът каза, че съветската наука се намира в безпътица. Мъжете и жените, които стояха зад великите победи на съветската техника, които бяха създали първата атомна електроцентрала и бяха изстреляли Юрий Гагарин в Космоса, се бяха стремели към едно ново и по-добро общество и бяха действали с морал и целеустременост, наследени от Пушкин и Толстой. Но нишката на добродетелните цели се беше изплъзнала от пръстите им и след тях беше дошло едно младо поколение, което е технически високообразовано, но морално безотговорно. Именно този провал на съветския социален експеримент според Легасов, а не някаква шепа безразсъдни оператори, трябва да се смята за главен виновник за катастрофата, внезапно възникнала в реактор №4.
В началото на 1988 г. Легасов вече беше изгубил надежда, че някога ще наследи Александров като директор на института за атомна енергия „Курчатов“.50 В същото време реформите на Горбачов набираха скорост и обществената критика на държавата се изостряше. В тази обстановка академикът организира Съвет по екология и предложи да създаде свой собствен институт по ядрена – един самостоятелен орган, който да въведе напълно независимо управление на съветската ядрена промишленост. Той представи плановете си пред Академията на науките, изпълнен с оптимизъм, че ще бъдат одобрени ако не за друго, поне в знак на признание за неговата роля за ликвидиране на последиците от най-голямата ядрена авария в историята на човечеството.
Но когато най-после в края на април се състоя обсъждането, неговият ментор Александров го подкрепи съвсем вяло и предложението на Легасов беше отхвърлено. Академикът научи новината на 26 април 1988 г., точно две години след аварията. Същия следобед, както обикновено, дъщерята на Легасов Инга взе сина си от детската градина.51 Когато стигнаха вкъщи, тя се зарадва, като видя баща си да чака до колата си пред входа на нейния блок. Инга го покани да се качи горе и да хапне нещо, но той ѝ каза, че трябва да тръгва.