Этот хаос до некоторой степени был приостановлен в 1764 году, когда во главе раскопок встал Франческо ля Вега. Этот ученый начал вести подробный дневник работ, снабженный точными чертежами и зарисовками. Но в остальном ля Вега повторил ошибки своих предшественников. Его интересовали только отдельные предметы, обладающие музейной ценностью, а не весь комплекс в целом. При этой хищнической деятельности сильно страдала архитектура не только отдельных домов, но и всего города. Колоссальный вред принесли грабители, занимавшиеся своим черным ремеслом по заказу богатых коллекционеров. По словам Гете, в тайных хранилищах английского посланника Гамильтона среди многочисленных произведений искусства находились бронзовые канделябры, «затерявшиеся здесь из помпейских могил». До самого конца XVIII века раскопки в Помпеях, которые велись на нищенские средства небольшим количеством неквалифицированных рабочих, продвигались очень медленно.
Заметное улучшение наступило в начале XIX века, при короле Иосифе Бонапарте (брате Наполеона).
С 1807 года руководство раскопками было поручено решительному и деловому ученому Михаилу Ардити. Он составил план работ, предложил государству приобрести территорию большую, чем занимают Помпеи, для того чтобы сбрасывать туда выкопанную землю и не заваливать ею соседние дома, как это практиковалось раньше. Ардити начал впервые проводить раскопки по определенной системе. Он добился увеличения ассигнований, что позволило ему нанимать до ста пятидесяти рабочих одновременно. Еще шире работы развернулись при новом короле, зяте Наполеона, Мюрате, и его жене королеве Каролине. Число рабочих было доведено до семисот. За сравнительно короткий период правления Мюрата были раскопаны часть крепостных стен, Дорога гробниц, форум с окружающими его сооружениями и большая часть амфитеатра.
С 1815 до 1863 года при возвратившихся в Неаполь Бурбонах раскопки постепенно замирали, пока не прекратились совсем. Новый этап в раскопках Помпей наступил в 1868 году, когда правительство объединенной Италии привлекло к руководству работами знаменитого Джузеппе Фиорелли. Роль этого археолога в восстановлении города как единого целого трудно переоценить. Он навсегда прекратил практику добывания отдельных ценностей для музеев. Главной исторической ценностью был объявлен сам город, для изучения которого важен каждый самый незначительный предмет. При Фиорелли сначала убрали с территории Помпей горы мусора, оставленные предшественниками. Только после этого приступили к расчистке пространства, находящегося между открытыми ранее домами. Через двенадцать лет общий вид города совершенно преобразился. Вместо торчащих из груды затвердевшего пепла отдельных частей зданий появились целые кварталы домов с пересекающимися улицами и переулками. Существенно изменив метод раскопок, Фиорелли вернул многим помпейским домам их перекрытия и даже вторые этажи. Предшественники Фиорелли расчищали часть улиц перед открываемым домом и проникали в него через дверь. Внутреннее пространство расчищалось снизу вверх. В результате этой практики, как правило, обрушивались перекрытия вместе с верхними этажами и стенами. Фиорелли впервые ввел расчистку целого квартала слоями сверху вниз. Пустоты от сгнивших балок и других деревянных конструкций здания он предложил заливать гипсом. Получившиеся слепки служили образцами для изготовления новых прочных балок, которые устанавливались в свои старые гнезда. Методом Фиорелли широко пользуются и современные археологи. Например, для определения сортов растений гипсом заливаются лунки, оставшиеся в почве от их корней.
Фиорелли можно назвать первым музейным популяризатором. Он организовал обслуживание туристов, ввел плату за посещение города, подготовил квалифицированных экскурсоводов. В своих сотрудниках он воспитал преданность их общему делу и неподкупность. Все эти меры положили конец расхищению древних памятников на раскопках. Фиорелли стоит у истоков изучения истории города, установив несколько периодов его застройки. За неоценимые заслуги в деле восстановления Помпей и развития археологии Фиорелли удостоился бронзового бюста, установленного на помпейском форуме. Традиции и школа этого ученого продолжали существовать и после его отъезда в Рим в связи с назначением на пост главного директора всех итальянских музеев и раскопок.