Бельский струсил и выпустил из Кремля бояр Ивана Федоровича Мстиславского, Никиту Романовича Романова-Юрьева и двоих дьяков — братьев Щелкаловых. Увидев бояр, толпа заревела: «Выдайте нам Богдана Бельского: он хочет извести царский корень и боярские роды».
Тогда бояре объявили, что царь Федор приказал сослать Богдана Бельского в Нижний Новгород. Действительно, Богдан был отправлен в Нижний, правда, не как преступник, а на воеводство. Стрельцы покинули Кремль, успокоились и бунтовавшие москвичи.
Тем не менее обстановка в столице оставалась весьма неспокойной. По словам летописца, «пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Федора, чтоб был на Московском государстве царем и венчался царским венцом». Это очень любопытно — зачем явились именитые люди в Москву? В столь опасном положении Боярская дума сочла необходимым призвать в Москву «лучших людей» со всей страны, чтобы решить вопрос, кому быть царем — совершеннолетнему, но не способному править Федору или младенцу Дмитрию. Горсей сообщает, что собор состоялся 4 мая 1584 года в присутствии митрополита, архиепископов, епископов, игуменов и всего дворянства. До нас дошли сообщения современников иностранцев Пертея и Горсея о соборе в Москве. Англичанин Горсей даже сравнивал собор с английский парламентом.
Собор практически единогласно избрал Федора Ивановича на царство. 31 мая 1584 года Федор торжественно венчался на царство «по греческим обычаям». Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Федор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу (тяжелое золотое яблоко) — Борису Годунову. Этот в принципе незначительный эпизод произвел гнетущее впечатление на всех присутствовавших.
Царь Федор мало походил на своего отца. Он был небольшого роста, приземист, одутловат, имел нетвердую походку. С его лица не сходила блаженная улыбка. Федор был крайне набожен. Ежедневно он подолгу молился, любил сам звонить на колокольне. Раз в неделю царь отправлялся на богомолье в ближние монастыри.
Набожность у Федора сочеталась с любовью к диким забавам и кровавым потехам. Федор буквально упивался зрелищем кулачного и, в особенности, медвежьего боя. На его глазах вооруженный рогатиной охотник отбивался, как мог, от медведя в круге, обнесенном стеной, из которого некуда было бежать. Потеха редко обходилась без крови. Кроткий царь Федор периодически бил палкой ближних бояр, доставалось и шурину Борису.
Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники, и особенно иностранцы, были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен... мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».
При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его...»
Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 году царь Иван казнил последнего конюшего — князя А. Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил этот чин. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 года боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 года и в апреле 1586 года Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 года в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.