Писарро принялся распределять энкомьенды среди своих испанских товарищей. Он также занялся возведением зданий вокруг городской площади, используя для этого труд испанцев, туземцев и африканских рабов. Проведя блестящую военную кампанию, начавшуюся с пленения Атауальпы в Кахамарке и закончившуюся коронацией Манко Инки в Куско, Писарро поставил затем перед собой цель закрепить свои военные победы установлением прочного мира. Никто лучше, чем Писарро, не осознавал необходимости укрепить позиции испанцев на территории только что завоеванной империи.
Через четыре года после своего прибытия в Тавантинсуйю Писарро имел в своем распоряжении менее 600 испанцев, обосновавшихся в центральной части Инкской империи, общее население которой составляло, по всей видимости, более 5 миллионов человек. Это означало, что численное соотношение туземцев и испанцев в Перу составляло примерно 10000:1. К настоящему моменту около 200 испанцев обосновались в Сьюдад-де-Лос-Рейес (Городе Царей), несколько десятков их жило в Хаухе, небольшое число — в Сан-Мигеле и в Трухильо, и 190 человек попало в западню в Куско — в том числе двое братьев Писарро, Эрнан и Гонсало. Испанский отряд из 140 человек под водительством капитана Алонсо де Альварадо находился к этому моменту достаточно далеко — в лесах северо-восточной части Перу, где осуществлял покорение цивилизации Чачапойя. В распоряжении бывшего партнера Писарро, Диего де Альмагро, имелось в распоряжении 500 человек, но этот отряд находился очень далеко на юге, на территории современного Чили, увязнув в собственной отчаянной борьбе с местным населением.
Подотчетный Писарро капитан Себастьян де Беналкасар имел в своем отряде 200 человек. Этот отряд осуществил завоевание северной территории, ныне соответствующей современному государству Эквадор. Но потребовалось бы несколько месяцев, чтобы послание с просьбой о помощи дошло до Беналкасара. И еще большее время потребовалось бы его отряду, чтобы прийти на помощь. В реальности испанцы контролировали лишь крошечные зоны в Перу, и до сих пор они полагались на союзничество с Манко Инкой, чтобы расширить свою зону влияния. С крушением испанско-инкского союза Писарро и его испанцы явили себя тем, кем они в действительности были: крошечной группой находящихся в отчаянном положении завоевателей. В настоящий момент единственный отряд, который Писарро мог направить в Куско в качестве подкрепления, был тот, что находился вместе с ним в Городе Царей.
Писарро до сих пор в точности не знал, как развивалось восстание, и каков был его размах. Но в общем, основной мотив восстания инков особого значения для испанцев не имел. Единственное, что сейчас было важно, это положить восстанию конец, прежде чем оно распространится дальше. Если Манко Инке удастся захватить Куско, то, помимо того что будут уничтожены братья Писарро и около половины его наличных сил, придется по новой начинать завоевание Перу. На этот раз инков уже не получится так легко обдурить обещаниями добрососедства и сотрудничества.
В течение недели после получения известий о восстании Манко Писарро направил в Куско первый отряд подкрепления. Это был кавалерийский отряд из 30 человек, возглавляемый тридцатитрехлетним капитаном Хуаном Морговехо де Киньонес. Писарро приказал Морговехо идти в восточном направлении по инкской дороге, поднимавшейся от побережья в Анды, а затем держать направление в сторону Вилкасуамана, стратегического перекрестка четырех инкских дорог, находящегося примерно в 100 милях к западу от Куско. Захват Вилкасуамана не позволит инкским войскам на севере идти на юг в сторону Куско. Вместе с тем силы Манко не смогут расширить зону, охваченную восстанием, на север.
После отправки отряда Морговехо Писарро снарядил второй отряд подкрепления из 70 кавалеристов, во главе которого был поставлен родственник Писарро, Гонсало де Тапиа. Этот отряд направился по другой дороге. Тапиа должен был направиться на юг по дороге, шедшей вдоль побережья и, пройдя около сотни миль, свернуть на восток, на тропу, поднимавшуюся в Анды. В результате этот кавалерийский отряд должен был выехать на ту же магистральную инкскую дорогу, капак нян, на которой должен был уже стоять Морговехо.