Раздосадованный недавним поворотом событий. Манко излил свой гнев на находящегося у него в заточении Руи Диаса, чей отказ убить людей Эрнана являлся для Манко свидетельством того, что перед ним шпион и лжец. Летописец Сьеса де Леон писал:
«Они обращались с ним очень жестоко, как… варвары, они обмазали его своими смесями и с радостью наблюдали, в каком ужасном виде он предстал перед ними. Они заставили его выпить огромное количество их вина, или чичи, которую они сами потребляют, и, привязав его к столбу, они стали обстреливать его из пращей гуавами, доводя его таким образом… Затем они обрили ему бороду и состригли волосы, желая превратить его из добропорядочного капитана и испанца, каким он был, [в обнаженного индейца]».
И Эрнан Писарро, и Диего де Альмагро ясно поняли послание Манко: Инка продолжал вести войну, и инкское восстание отнюдь не было свернуто. Возможно, Манко в течение какого-то времени обдумывал идею переговоров с Альмагро, с тем чтобы вернуть себе власть в Куско, но в итоге он решил, что может выбрать только один путь. Став лидером мятежа, в результате которого было убито несколько сот испанцев, в том числе один из братьев Франсиско Писарро, Манко теперь не имел возможности повернуть назад. Писарро все равно никогда бы не простили ему этого. Кроме этого, Манко не желал более исполнения роли марионеточного короля и соответствующих этому его положению оскорблений и унижений со стороны даже самых низкопоставленных испанцев.
Между тем Диего де Альмагро, которому так и не удалось вступить в переговоры с инкским императором, сместил фокус своего внимания на вопрос Куско. Ему к этому времени было уже известно, что Манко, несмотря на его многомесячные усилия, так и не удалось завладеть столицей. Альмагро также знал, что Эрнан Писарро, которого Альмагро презирал, продолжал удерживать город. Глубоко разочарованный к этому времени даром короля — убогим южным королевством с непокорным, воинственным населением, Альмагро теперь становился все более и более одержим одной идеей: захватить Куско и прилегающие области. Он не знал, что король уже расширил границы королевства Писарро в южном направлении, поэтому полагал, что у него имеется хороший шанс заключить Куско в пределы своего губернаторства. Подойдя со своим войском на расстояние в несколько миль от инкской столицы, Альмагро остановился и разбил палаточный лагерь. Затем конкистадор направил двух гонцов «в город Куско, которые должны были приветствовать Эрнана Писарро и сообщить ему, что Альмагро не обнаружил в чилийских провинциях того великолепия, о котором ему рассказывали индейцы [в Перу]…также гонцы должны были передать, что Альмагро получил известие о том, что все королевство Перу охвачено мятежом, и что индейцы начали войну против служения Его Величеству. Эти известия, равно как и факт прибытия депеши, сообщавшей о назначении Альмагро губернатором королевства Толедо, явились причиной его возвращения. Таким образом, не было нужды беспокоиться, и [его прибытие] не должно было вызвать какие-либо треволнения, поскольку единственным предметом мысли [Альмагро] было служение Богу и королю и наказание мятежных индейцев… Он [Альмагро] почувствовал огромную скорбь в тот момент, когда узнал о тех великих трудностях, с которыми пришлось столкнуться губернатору [Франсиско Писарро] и присягнувшим ему испанцам».
Далекий от того, чтобы испытывать «огромную скорбь» в связи с трудностями, выпавшими на долю Писарро, Альмагро маскировал свои истинные намерения и одновременно стремился выведать настроения Эрнана Писарро. Но Эрнан к этому времени был уже изрядно разозлен тем фактом, что Альмагро тайным образом посетил долину Юкай, вступил в переговоры с Манко Инкой и лишь теперь побеспокоился о том, чтобы проинформировать Писарро о своем прибытии. Он прекрасно увидел, что, несмотря на всю демонстрацию дружеского расположения и готовности к переговорам со стороны Альмагро, его действия гораздо ярче свидетельствуют о сути его намерений, чем его слова. По мнению Эрнана, гонцы Альмагро имели задание произвести разведку на местности, с тем чтобы собрать информацию о подготовленности города к обороне. Заявление Альмагро о том, что он «не обнаружил в областях Чили того великолепия, о котором ему рассказывали», вне всякого сомнения, служило вполне достаточным свидетельством того, что он вернулся с юга с пустыми руками и что теперь намеревается объявить Куско своей вотчиной. Но Эрнан не для того сражался на протяжении девяти месяцев в условиях колоссального неравенства сил, чтобы кротко уступить город Альмагро.