Оргонес прибыл в Перу вместе с Диего де Альмагро в апреле 1533 г. и принял участие в экспедиции, направившейся вниз вдоль горной цепи Анд и захватившей Куско. Оргонес в одночасье разжился там золотом и стал одним из первых энкомендеро Куско. Но он жаждал получить главную награду, о которой мечтал каждый конкистадор, — губернаторский пост.
Но надежды Оргонеса на получение губернаторства в южных областях пошли прахом, как и вся экспедиция. Теперь, вернувшись в Куско, он надеялся отхватить что-нибудь от богатого королевства Новая Кастилия, как называлось губернаторство Писарро, и вернуть себе свою энкомьенду. Человек, некогда принимавший участие в пленении французского короля, а ныне заточивший под стражу двух братьев Писарро, теперь имел под своим началом армию в 430 человек. Оргонес знал: он должен делать все возможное, для того чтобы удержать город, который он вместе с Альмагро захватил силой оружия.
Блестящий военный стратег, Оргонес разработал план ночной атаки на вражескую армию, надеясь, что ему удастся захватить ее врасплох. В ходе почти бескровного сражения, в котором приняли участие почти 10 000 туземцев, воевавших на стороне Оргонеса, последний наголову разгромил войска Альварадо.
Одержавший победу Оргонес вернулся в Куско, потребовав от Альмагро немедленно казнить обоих братьев Писарро. Оргонес знал, что, Эрнан Писарро был исключительно злопамятным человеком и что, в случае, если ему представится шанс, он отомстит за свое унижение. Оргонес также настаивал на том, чтобы Альмагро позволил ему атаковать Лиму; там он мог бы захватить Франсиско Писарро, и тогда королевство Перу полностью перешло бы под их контроль. Но Альмагро, понимая, что если он направит свои войска в Лиму, то Манко Инка сможет вновь предпринять атаку на незащищенный Куско, решил, что Оргонесу следует сначала захватить или убить инкского лидера, таким образом устранив угрозу атаки. После того как Манко будет устранен, Оргонес сможет повести свою армию против Писарро. Но Альмагро сказал, что хочет оставить Эрнана и Гонсало Писарро в живых, чтобы потом обговаривать для себя более выгодные условия на переговорах.
В середине июля 1537 г. Родриго Оргонес выбрался из Куско с 300 испанскими всадниками и пехотинцами. На этот раз он ехал на поиски Манко Инки, который, по сообщениям шпионов из числа туземцев, нашел себе прибежище в земле антис. Оргонес испытывал внутренний подъем. У его отряда был хороший шанс захватить драгоценности, которые Манко Инка прихватил с собой в большом количестве. Ему уже донесли, что Руи Диас и еще несколько испанцев, которых захватил Манко, пока еще живы. Оргонес был уверен в том, что если ему удастся захватить или убить Манко Инку, доставить сокровища и привезти испанских пленников, то Альмагро и король вознаградят его в должной мере за приложенные усилия.
Оргонес и его войско спустились в долину Юкай, пересекли реку и миновали опустевшую крепость Оллантайтамбо. Всего лишь год назад Манко Инка отразил здесь ряд последовательных атак со стороны Эрнана Писарро и отсюда осуществлял руководство блокадой Куско. Ныне Манко пришлось покинуть Андское высокогорье, он теперь занимал положение беженца в Антисуйю. Возглавляя отряд, в два раза больший по численности того, что захватил в плен брата Манко, Атауальпу, Оргонес повернул из долины на север — в направлении тропы Пантикальи. Но вскоре испанцы обнаружили препятствия на своем пути: огромные валуны и поваленные деревья. Вынужденные искать обходные тропы, испанцы положились на помощь своих туземных союзников.