Понимая, что битва проиграна, Диего де Альмагро оседлал бесхозного мула, забредшего сюда, и подался на нем в Куско.
Альмагро направился прямо в Саксауаман. Добравшись до одной из трех башен, конкистадор вынул из ножен свой меч и приготовился к последней схватке. Остатки его разбитого войска бросились назад, в направлении Куско, люди Эрнана устремились в погоню за ними. В числе убитых оказался Руи Диас, который до недавнего времени находился в заключении у Манко Инки.
Битва в местечке, получившем впоследствии название Лас Салинас, вылилась в полный разгром войска Альмагро: 120 человек из его отряда было убито, тогда как войско Эрнана потеряло лишь 9 человек. Эрнан отрядил кавалерийский отряд в Саксауаман на поиски Альмагро. Не имея при себе ни еды, ни воды и понимая, что пушки могут разнести башню, в которой он укрывался, в щебень, Альмагро в итоге принял решение сдаться. Солдаты препроводили губернатора в город, в инкский храм Солнца. Там они поместили его в ту самую камеру, где он держал в заключении Эрнана.
Через несколько дней Эрнан Писарро прибыл навестить Альмагро — человека, с которым он всегда вел соперничество за власть и которого презирал. Находившийся в угнетенном состоянии духа, Альмагро спросил Эрнана, не собирается ли Франсиско Писарро прибыть в Куско, чтобы старые партнеры смогли уладить существовавшие между ними разногласия. Эрнан, прекрасно понимая, что ныне судьба Альмагро находится в его руках, — продемонстрировал несвойственное ему великодушие в отношении старого конкистадора; он заявил, что его старший брат наверняка прибудет и что даже если он по какой-то причине задержится, то Альмагро сам сможет навестить маркиза в Городе Царей. Но, выйдя из тюрьмы, Эрнан дал указание своим нотариусам начать судебное дело против Альмагро — первый шаг к подготовке будущей казни.
На протяжении следующих нескольких недель Эрнан продолжал уверять Альмагро, что Франсиско Писарро обязательно посетит его. Также Эрнан распорядился, чтобы с узником хорошо обращались. Альмагро, веря в то, что отношения между ним и его бывшим партнером смогут каким-то образом наладиться и что Эрнан окажется не столь уж мстительным, с нетерпением ожидал прихода старшего Писарро. Дни растянулись в недели, недели — в месяцы, а старый губернатор все продолжал ждать в своей холодной камере. Вот как описывал происходящее один летописец:
«[Эрнан Писарро]… предварительно собрав большой отряд вооруженных солдат в своем доме… вошел в тюремную камеру… губернатора дона Диего де Альмагро… [и] уведомил его о вынесении смертного приговора. Когда несчастный человек это услышал, он счел это ужасающим деянием, идущим вразрез с законом, справедливостью и здравым смыслом. Он был поражен и ответил, что он… будет апеллировать к королю… Эрнан… ответил, что ему [Альмагро] суждено вверить свою душу Богу, поскольку приговор непременно будет исполнен. Тогда несчастный старик упал на колени и произнес: „Командир Эрнан Писарро, удовольствуйтесь тем возмездием, которое вы уже осуществили в отношении меня. Подумайте: помимо предательства по отношению к Богу и императору, вы и по отношению ко мне поступаете несправедливо, — ведь я был первой ступенькой на лестнице, по которой вы и ваш брат [Франсиско] поднялись к власти. Помните… что, когда вы находились в моем положении и члены моего совета просили меня отрубить вам голову, я один высказался за то, чтобы пощадить вашу жизнь“».
Эрнан, как всегда высокомерный, теперь почувствовал еще большее презрение по отношению к Альмагро, поскольку последний вел себя откровенно унизительно. «Прекрати вести себя столь презренно, — сказал Писарро, собираясь уже уходить, — умри так же храбро, как ты жил. Сейчас твое поведение не соответствует поведению рыцаря».
8 июля 1538 г., в месяц, когда инки приносили жертвы уаке Токори, духу, повелевавшему ирригационными водами долины Куско, дон Диего де Альмагро в последний раз исповедовался Священнику, после чего продиктовал свое завещание нотариусу, которого привели в камеру к узнику. Ветеран сотен битв теперь сделал распоряжения относительно распределения тех богатств, которые он накопил с момента своего прибытия в Новый Свет. В своем завещании Альмагро указывал, что он обладал сотнями тысяч кастельяно «в виде золота и серебра, драгоценных камней, жемчугов и кораблей». Своему единственному сыну, восемнадцатилетнему Диего де Альмагро-младшему, которого Альмагро произвел на свет вместе со своей панамской любовницей и который сопровождал его в Чили, он оставил 13 500 кастельяно; своей дочери доне Изабелле он оставил 1000 кастельяно и просил ее, чтобы она стала монахиней. «Он многое оставил своим слугам и монастырям», — писал один свидетель. Наконец, значительную часть своего имущества Альмагро завещал королю Карлу — возможно, в надежде, что тот однажды осуществит возмездие.