Хотя Вилькабамба находилась на расстоянии всего лишь 30 миль от предыдущей столицы Манко, Виткоса, новая штаб-квартира по высоте располагалась на 6000 футов ниже, расстояние от нее до Куско составляло более 100 миль. Виткос оказался слишком уязвим для возможных испанских атак; Манко убедился в этом на собственном опыте. Он впервые произвел опыт по переселению своих соратников-горцев в совершенно иной край: они спустились по склонам Анд, достигнув места, где самая длинная горная цепь на планете пересекается с самыми обширными джунглями в мире.
Название новой инкской столицы составлено из инкских слов «уилка», что означает «священный», и «пампа», означающего «равнина» или «долина». Соответственно образованное слово означает «Священная Равнина» или «Священная Долина». Здесь в теплой по климату, плодородной долине, расположенной между двух рек — Консевидайок и Чонтабамба, — дед Манко, Тупак Инка, основал типичный инкский административный центр; вскоре он заселил его митмакуна (колонистами) из этнической группы пилкосуни. Летописец Хуан де Бетансос писал:
«Когда по провинции начали распространяться слухи о том, как Инка [Тупак Инка Юпанки] проводил ее завоевание, ряд вождей туземных племен явились к Инке договариваться о мирном сосуществовании. Это земля залежей золота. Туземцы также подарили Инке сладкий тростник, наполненный медом, и разукрашенные луки и стрелы. Гостей, обязавшихся повиноваться верховному повелителю, одарили солью, которую они особенно ценили. Видя, что местные жители ходят обнаженными, инки предоставили им туники и накидки и заставили их надеть. Весь день туземцы носили эти одежды, вечером же они разошлись по своим хижинам. На следующее утро они предстали перед Инкой обнаженными, император только рассмеялся… Так Инка исходил эти области… осуществляя завоевание тех, кто вел себя воинственно, и вполне дружелюбно обращаясь с теми, кто вел себя мирно».
В Вилькабамбе переселенные пилкосуни и пришлые обитатели высокогорья в рамках своей повинности мита в короткий срок вырубили заросли джунглей в этой местности, расчистили подлесок и затем приступили к возведению традиционного инкского города — с его прямоугольными каменными домами, хранилищами, центральной площадью, фонтанами, водопроводами, правительственными и культовыми зданиями. Рядом с городом инки устроили плантации коки — священного растения, листья которого дозволялось употреблять только членам инкской элиты. Но в нынешних условиях, учитывая те трудности, которые довелось перенести колонистам в ходе переселения, митмакуна также дозволили жевать листья священного растения, содержавшие небольшое количество кокаина и способные утолять и голод, и боль.
Торговля между инкскими войсками и местными племенами продолжала развиваться, и со временем колонисты установили факторию, которая превратилась в важный узел обширной торговой сети, протянувшейся глубоко в джунгли. Из высокогорных районов начали регулярно прибывать караваны лам с такими товарами, как соль, одежда, бусы, бронзовые и медные топоры. Они обменивались на золото, перья, мед, древесину твердых пород, черепашьи яйца и другие местные продукты. Вскоре целые семьи туземцев, принадлежащих к разным этническим группам, начали посещать инкскую факторию, принося товары на своих спинах либо привозя на каноэ. Они в изумлении смотрели на каменный город, выросший в их краях, и на экзотические товары, импортированные из далекой, холодной, безлесной области, которая, как им рассказывали, лежала высоко в горах.
Манко Инка прибыл в факторию Вилькабамбы примерно в 1538 г. Вместе с ним прибыла его сестра Кура Окльо. В скором времени Манко начал преобразовывать приграничный город в столицу самодостаточного государства. Да, он оказался вынужден покинуть высокогорье, но тем не менее Манко был убежден, что здесь, в глубине Антисуйю, он сможет сохранить суверенность инков. По иронии судьбы Антисуйю была одной из первых областей, которые завоевали его прадед Пачакути и его дед Тупак Инка. Империя, которую они создали, теперь сжалась до ее истоков. И в задачу двадцатидвухлетнего наследника Пачакути входило предотвращение ее окончательного крушения.
Но Манко видел своим долгом не просто сохранение инкского государства. Несмотря на свои недавние неудачи, он был настроен продолжить свою борьбу, направленную на изгнание захватчиков из Тавантинсуйю. Хотя его нынешняя штаб-квартира находилась практически на периметре некогда обширной империи, которой правили его предки. Манко удалось наладить линии коммуникации, уходившие из Вилькабамбы на запад. Он хорошо знал, что при всем при том, что его брат Паулью исполнял роль правителя в Куско, многие инки и представители других этнических групп продолжали видеть лидера в персоне Манко, считая его единственным законным сыном Солнца. Имея за своей спиной массовую поддержку туземцев, продолжавших считать его божественным воплощением, и обретя новое убежище, где Инка чувствовал себя в безопасности, он полагал, что ему по силам возобновить борьбу против тех, кто узурпировал верховную власть в империи.