Но Писарро и его брат Франсиско Мартин вместе с двумя пажами губернатора и одним из его гостей были настроены принять бой. Они бросились в одну из ближайших комнат, чтобы вооружиться, и начали спешно застегивать на себе нагрудники кирасы. Писарро между тем крикнул еще одному из гостей, Франсиско де Чавесу, чтобы тот закрыл дверь в обеденный зал, чтобы помешать нападавшим ворваться туда. Но Чавес, очевидно, желая повлиять на настрой заговорщиков, прошел через дверь и оставил ее после себя открытой. Всего лишь два года назад Чавес возглавил жестокую карательную экспедицию против мятежных туземцев в Кальехоне Уайласе. В ходе этой кампании он убил около 600 детей туземцев. Теперь, рассчитывая вступить в переговоры с убийцами, Чавес совершил фатальную ошибку. Его последние слова были: «Не убивайте своих друзей», прежде чем, по словам Педро Писарро, «они убили его на лестнице, нанеся ему множество ударов своими мечами».
Альмагристы к этому времени уже достигли обеденного зала, где взялись за поиски Писарро, размахивая своими мечами и выкрикивая: «Где тиран? Где он?» Находясь в смежной комнате, Писарро все никак не мог закончить с застежкой нагрудника кирасы, и в конце концов ему пришлось оставить его застегнутым только наполовину. Он схватил свой большой меч и приготовился вступить в бой с заговорщиками.
Завязалась яростная схватка: на одной стороне было от 15 до 20 альмагристов, на другой — Писарро и 4 его товарищей. Двое нападавших упали, пронзенные мечами; они старались зажать свои раны, из которых на пол струей била кровь. Их сотоварищи между тем не смогли прорваться через дверной проем — там их встретили пять мечей обороняющихся. Раздосадованные невозможностью добраться до Писарро, альмагристы прибегли к отчаянной мере: они стали проталкивать сквозь дверной проем одного из членов своей команды, используя его в качестве щита, остальные двинулись вперед под его прикрытием. Писарро пронзил этого человека, но в результате он уже не мог действенным образом пользоваться своим мечом как раз в тот момент, когда альмагристы прорвались в комнату с обеих сторон. В ходе схватки атакующим наконец удалось пронзить Франсиско Мартина, брата Писарро. Смертельно раненный, он рухнул на пол. Трое других компаньонов Писарро также были сокрушены под градом ударов мечами.
Не имея возможности уклониться от непрерывно наносимых ударов кинжалами и мечами, Писарро, весь израненный, в итоге также тяжело рухнул на пол. Лежа на спине и сильно истекая кровью, губернатор пальцами обеих рук перекрестил свой рот и затем тяжело выдохнул слово «исповедь», что означало, что он хотел исповедаться в своих грехах Богу. Но один из атакующих, Хуан Родригес Барраган, схватил большую вазу с водой, высоко поднял ее и затем со словами «Можешь отправляться в ад… исповедоваться!» разбил этой вазой голову Писарро. При подобных обстоятельствах — в городе, который он основал, и в стране, которую он завоевал, — шестидесятитрехлетний конкистадор Франсиско Писарро испустил свой дух.
Известия о смерти Писарро и о последующих политических событиях — о прибытии в Перу представителя короны, Ваки де Кастро, о показательном разгроме сил Диего де Альмагро-младшего в битве при Чупасе и об общем хаосе, охватившем Перу после гибели Альмагро и Писарро, — постепенно дошли до Манко Инки в его мятежной столице Вилькабамбе. Манко внимательно следил за изменением положения дел в стане испанцев, постоянно сохраняя надежду на то, что его враги в итоге перережут друг друга, и его страна будет спасена от беды. Во время сражения при Чупасе в 1542 г. ряд сподвижников Манко наблюдали затем, как по меньшей мере 1200 испанцев устроили образцовую мясорубку, стремясь определить, кто же из них будет управлять Перу. Но вновь последователи Альмагро были разгромлены: более 200 человек погибло во время сражения, и еще большее число было повешено после битвы. После того как состоялось повешение лидеров мятежных альмагристов, летописец Сьеса де Леон отметил в своих записях: «Ров под виселицами был полон мертвых тел… к немалому удовольствию туземцев, хотя они были изумлены, узнав, что многие из… [убитых] были офицерами и высокопоставленными должностными лицами. Туземцы сообщили известия обо всем этом своему королю, Манко Инке».