«Весь город был разграблен [настолько тщательно], что если бы этим пришлось заняться испанцам и их индейским союзникам, то они бы едва достигли столь впечатляющих результатов… Все индейские мужчины и женщины бежали и спрятались в джунглях, взяв с собой все, что они только могли. Они предали огню оставшуюся часть кукурузы и прочего продовольствия… находившегося в хранилищах… так что, когда экспедиция прибыла, все еще дымилось. Был сожжен и храм [Солнца], где [находился] главный идол инков. [Инки] проделали в свое время то же самое, когда Гонсало Писарро… вошел в город, и тогда отсутствие продовольствия вынудило… [экспедицию Гонсало] покинуть страну, оставив ее во власти правившего тогда императора. [Инки] точно так же ожидали, что и сейчас, когда испанцы не обнаружат ни еды, ни иных жизненно необходимых припасов, они не останутся здесь и уйдут, — по этой причине индейцы бежали, предав огню все, что они не могли унести с собой».
К этому времени испанцы уже узнали, что Титу Куси скончался и что был коронован новый император, Тупак Амару. Но город покинули все, кто населял его: и новый император, и его слуги, и храмовые жрецы и жрицы, и рядовые его жители. Испанцы, совершавшие свои разыскания в тлеющем городе, в числе прочего обнаружили, что не все остроконечные крыши были покрыты традиционной соломой; некоторые крыши были выложены черепицей — наподобие крыш в Куско, которые, в свою очередь, имитировали испанский стиль. Муруа дает достаточно подробное описание того, что осталось в городе:
«Город имел протяженность в пол-лье [1,75 мили] в ширину, как и Куско. Протяженность в длину его была значительно больше. В городе инки разводили попугаев, кур, уток, кроликов, индеек, фазанов, краксов и еще тысячу других разных видов птиц самой разнообразной окраски, порой очень красивой… Крыши домов и хранилищ были покрыты качественной соломой. В городе произрастало множество гуав, орехов-пеканов, лукум, папай, авокадо и многих других окультуренных и диких деревьев. Дворец инкского императора имел несколько уровней. Крыша его была покрыта черепицей; весь дворец был покрыт изнутри традиционными инкскими росписями — очень приятными для глаза. В городе была площадь, достаточно большая, чтобы вмещать там толпы людей, имевших обыкновение устраивать там празднества или даже скачки. Двери дворца были сделаны из кедра, отличавшегося сильным благоуханием. Он произрастает в той земле в большом количестве, — [некоторые] крыши домов сделаны из того же кедра. Инки едва ли ощущали недостаток характерных некогда для Куско роскоши и богатства — в этой далекой, чужой для них земле. Ведь все, что им нужно было извне [Вилькабамбы], туземцы для них привозили, и инки услаждали себя привычными предметами роскоши».
Генерал Арбьето отрядил несколько небольших, мобильных отрядов с указанием двигаться в разных направлениях и найти инкских военачальников, прежде всего их императора Тупака Амару, который, по слухам, бежал со своей беременной женой. Одним из отрядов командовал молодой амбициозный капитан Мартин Гарсия де Лойола, очень желавший как-то проявить себя. Его отряд состоял из 40 отборных солдат. В прошении, позднее направленном королю, Гарсия де Лойола ясно указал, что побудило его и многих других испанцев присоединиться к экспедиции, организованной Арбьето:
«[Когда] вице-король организовал войну против инкского [императора], который в провинции Вилькабамбе вел подрывные действия против власти Вашего Величества… от Вашего Королевского имени участникам военных действий были обещаны самые разнообразные вознаграждения, и, в частности, доход в 1000 песо [ежегодный] (из суммы податей, выплачиваемых индейцами) — человеку, который возьмет в плен Инку».
Другими словами, человеку, который захватит в плен инкского императора, будет дарована энкомьенда вкупе с таким количеством туземцев, чтобы ее хозяину был пожизненно гарантирован ежегодный доход в 1000 песо (около 10 фунтов золотом), потом это пожалование могло перейти на пожизненный срок к наследнику этого человека. Таким образом, ставки с обеих сторон были максимально высоки: получение огромного состояния золотом и благополучный отход от дел — против пленения и заточения или убийства инкского императора. Испанцы также хотели на корню пресечь вероятные в будущем народные восстания, вбив осиновый кол в последний очаг инкского сопротивления.