Соответственно преследовать инкского императора испанцы взялись со всей решимостью. Спускаясь вниз по реке Масауай (вероятно, ныне это реки Косирени и Урубамба), Гарсия де Лойола со своим отрядом одолел более 100 миль, углубившись в регион обитания индейцев маняри, этнической группы, по всей видимости, родственной нынешнему племени кампа либо мачигенга. Испанцы сплавлялись на плотах вниз по течению в глубь девственных верхнеамазонских лесов. Путь им показывали туземные проводники. По обеим сторонам реки возвышались огромные деревья, у одних кроны были усыпаны цветами, у других — экзотическими фруктами.
Сплавляясь по реке, испанцы периодически отлавливали туземцев, плывших на своих плотах или каноэ, с целью добыть информацию о местонахождении бежавшего инкского императора. Испанские «охотники за удачей» вскоре узнали, что «Тупак Амару находится в долине Момори, в надежном [как представлялось] убежище, куда добраться было невозможно из-за совершенно непроходимой местности». Воодушевленные известием, что они движутся в верном направлении, Гарсия де Лойола и его отряд продолжили свой путь, храбро одолевая водопады и стремнины, и в итоге добрались до Момори. Там испанцы, к своей радости, узнали, что расстояние между ними и бежавшим императором все более сокращалось:
«Пять дней назад он [Тупак Амару] покинул это место… и отбыл на каноэ в [землю] пилкосуни, провинцию, находившуюся еще дальше в амазонских дебрях. Жена Тупака Амару была напугана и находилась в подавленном состоянии, поскольку в течение ближайших дней она должна была разрешиться от бремени. Император ее очень любил и на всем протяжении пути все время помогал ей — двигались они очень медленно».
Ускорив свое продвижение, испанцы перестали делать ночные привалы. Наконец, одолев в общей сложности около 200 миль, они заметили небольшой костер, мерцавший в лесу. Осторожно двигаясь вперед с обнаженными мечами, Гарсия де Лойола и его люди вышли на очищенный от деревьев и кустарников участок — там они обнаружили Тупака Амару и его беременную жену, жавшихся друг к другу вблизи бивачного костра. Так, глухой ночью, в глуши амазонских дождевых лесов, подошла к концу длившаяся тридцать пять лет испанская кампания по изничтожению мятежной провинции Вилькабамбы и захвату последнего инкского императора.
21 сентября 1572 г., в отмечавшийся испанцами День святого Матфея, увенчавший себя победой отряд генерала Арбьето подошел к воротам Куско. Тупак Амару и другие высокопоставленные туземные пленники испанцев шли впереди кавалерии — связанные веревками и закованные в цепи. Практически все испанское и местное население города вышло на улицы, чтобы посмотреть на триумфальное завершение экспедиции, продолжавшейся около четырех месяцев. Арбьето и его воины ехали верхом, их туземные союзники шли рядом с многочисленными чернокожими рабами испанцев. Победители несли захваченные сокровища, в частности, золотое пунчао, или священный образ солнца, обнаруженный ими в лесах в окрестностях Вилькабамбы; также они несли мумифицированные тела Манко Инки и Титу Куси — двух мятежных лидеров, которые в свое время принесли столько невзгод испанцам.
В то время как Тупак Амару и подвластные ему военачальники были заточены в темницу, испанцы организовали празднования, которые длились в ту ночь допоздна. В течение последовавших нескольких дней были проведены судебные процессы против военачальников Тупака Амару: им вынесли обвинительный приговор и казнили. Их преступление, очевидно, заключалось в том, что они обороняли Вилькабамбу от иноземных захватчиков. Их главной виной было, конечно, то, что они ожесточенно сопротивлялись окончательному покорению Тавантинсуйю испанцами. Между тем несколько испанских священников, владевших рунасими, сделали все возможное, чтобы убедить Тупака Амару принять христианство, — они надеялись, что император все же решит спасти себя в духовном плане, даже если окажется невозможным сделать это физически.
Тридцатилетний император, который за свой короткий, шестнадцатимесячный период правления сделал все возможное, чтобы усилить влияние инкской религии в Вилькабамбе, в итоге согласился перейти в христианство. Вне всякого сомнения, сильной мотивацией для него стало то, что ему сообщили, что против него готовится судебный процесс, где на кону окажется его жизнь. Тупака Амару обвиняли, в первую очередь, в том, что он является лидером мятежного государства, которое организовывало набеги на подконтрольное Испании Перу, а также за то, что он дозволял в своем королевстве языческие религиозные практики. Эти набеги устраивал, конечно, не Тупак Амару, а его старший брат Титу Куси и его отец Манко Инка. Но оба императора начали организовывать эти акции лишь в ответ на то, что испанцы напали на Тавантинсуйю и оккупировали ее, на что, с инкской точки зрения, испанцы не имели никакого права. «Языческие же религиозные практики», в которых обвинялся император, являлись составной частью собственной инкской религии, которую они исповедовали с незапамятных времен, задолго до прибытия испанцев.