После нескольких недель по расчистке этого участка группа Савоя выяснила, что на этом месте находятся сотни инкских зданий; поселение, как оказалось, протянулось более чем на пятьсот акров. Центр обнаруженного города располагался в 700 ярдах к северо-востоку от тех зданий, которые были обнаружены Бингхемом, — перед исследователями открылся целый метрополис в джунглях, о существовании которого Бингхем даже не подозревал.
«Я впервые осознаю, что мы на самом деле нашли. Мы находимся в самом сердце древнего инкского города. Есть ли это та самая Вилькабамба — затерянный город инков? Я уверен, что да. Я чувствую источаемый руинами „запах истории“. На протяжении четырехсот лет они относились к сфере легенды. Некоторые даже сомневались в их существовании. Но я всегда знал, что где-то они дожидаются часа, когда будут открыты. Для меня это самые значимые исторические остатки в Перу. Значимые, поскольку Манко был славным героем, не позволившим Перу утратить свое достоинство, когда все остальное было потеряно. Значимые, поскольку так много известных людей искало их. Некоторые ожидали обнаружить гигантские стены, покрытые листами золота, или изящно вытесанные каменные строения в классическом стиле Куско. Старая Вилькабамба не имела со всем этим ничего общего. Она была старая и побитая временем. Стены ее зданий были разрушены и в настоящее время покрыты густой, местами гниющей растительностью. Она была подвергнута сожжению инками, которые построили ее, она была разграблена испанцами, искавшими золото. То, что осталось от города, за четыре столетия совершенно заросло дикими джунглями. Но Вилькабамба не потеряла своего достоинства. Ясно было видно, что некогда это был огромный метрополис, каменный колосс в джунглях… Город воплощал в себе все то, что отстаивали инки. Это был памятник их трудовым усилиям, производству, их борьбе с природой, отстаиванию ими своей свободы. Эта была бессмертная Вилькабамба — легендарный город, представленный в тысяче исторических книг. Если бы мне не удалось более обнаружить никаких других городов, это не имело бы никакого значения. Благодаря моим усилиям легенда вернулась в историю».
Савой понимал, что Бингхем допустил ошибку, потратив слишком мало времени на обследование района. Он обнаружил только несколько рассыпанных по местности кластеров зданий, так никогда и не поняв того, что находится на границе огромного, почти невидимого города, растянувшегося еще на много миль, города, который по своим размерам был намного больше той цитадели, которую он обнаружил за три недели до этого в Мачу-Пикчу. Поскольку хроники ясно говорили о том, что Вилькабамба была самым большим городом провинции, а в Вилькабамбе Бингхем обнаружил совсем немного зданий, он решил, что Мачу-Пикчу имеет гораздо больше оснований претендовать на звание затерянного города Манко Вилькабамбы.
Джин Савой осуществил в 1964 и 1965 гг. три экспедиции в место, которое он стал называть Старой Вилькабамбой; там он расчистил, обследовал и картографировал руины и прилегающую местность. Удовлетворенный тем фактом, что ему удалось точно идентифицировать инкскую столицу, которую в свое время пытался разыскать Хирам Бингхем, Савой дальнейшие свои усилия потратил на поиск руин в лесах северо-восточного Перу. Там он обнаружил ряд древних городов, принадлежавших к цивилизации Чачапойя, которая процветала в этом регионе за пятьсот лет до завоевания индейцев Чачапойя инками. Позднее, в 1969 г., — очевидно, под влиянием путешествия, осуществленного Туром Хейердалом на «Кон-Тики», — Савой организовал строительство тростникового плота, который он назвал «Крылатый Змей», и проплыл на нем две тысячи миль от Перу до Панамы. Он проделал это путешествие в надежде представить свидетельства в пользу одной из его излюбленных теорий, согласно которой древние культуры в Перу, Центральной Америке и Мексике некогда контактировали друг с другом посредством морского пути.