Испанцы, которые, за исключением Писарро, до сих пор воочию не видели императора, не осознавали того благоговения, с каким инки относились к своему повелителю. Атауальпа был не равнозначен европейскому королю — он имел и земную, и божественную природу. Подходя к Атауальпе, индейцы, по сути, входили в соприкосновение с божеством. В фигуре этого индейского лидера были сосредоточены законодательная, судебная, исполнительная и религиозная власти империи, насчитывавшей десять миллионов подданных.
Инкская империя представляла собой теократическую монархию; соответственно все блага и «обстоятельства судьбы», такие как правосудие, богатство, титулы, статус, еда, имели своим источником фигуру императора. Находящегося в заточении Атауальпу вождь провинции Уайлас спросил, может ли он посетить свою область. Атауальпа дал ему разрешение, но отвел вождю ограниченное время, чтобы поехать туда и затем вернуться. «Он задержался несколько дольше, — вспоминал кузен Писарро, Педро, — он вернулся, когда я находился рядом с императором; в качестве подношения вождь привез фрукты из своей области. Но, представ перед инкским императором, он вдруг весь начал дрожать — так, что даже не мог стоять. Атауальпа немного приподнял голову и, посмотрев на него искоса и улыбнувшись, дал ему знак уходить».
Инкский император, однако, не был настолько же великодушен в отношении к своему собственному брату Уаскару. Атауальпа все еще продолжал считать своего плененного брата своим единственным соперником за трон; и хотя Уаскар находился в заключении, он не переставал представлять собой угрозу. Атауальпа, вне всякого сомнения, полагал, что испанцы очень скоро уйдут. Он хотел, чтобы после этого его императорское положение никто не мог оспорить. Вскоре после пленения Атауальпы испанцами гонцы сообщили ему, что его брат в настоящий момент находится на расстоянии всего лишь нескольких дней перехода. К этому времени почти весь род Уаскара был истреблен. Став свидетелем жестокого убийства своих жен, детей и других родственников, Уаскар осознавал, что его самого теперь ожидает жестокая казнь. Как повествует один свидетель, «с Уаскаром, после того как он был взят в плен, обращались ужасно. В качестве еды ему подавали гнилую кукурузу и горькие травы. В его головной убор налили мочу ламы; над его естественным инстинктом надсмеялись, положив ему в постель камень, одетый в женское платье».
Через переводчиков Писарро узнал о предстоящем прибытии возможного претендента на инкский трон и уже собирался заключить и его под стражу. Если Уаскар окажется в заточении, то это будет означать, что Писарро держит под своим контролем двух императоров, таким образом распространив свою власть на центральный и южный регионы страны. Атауальпа начал свою борьбу, первоначально контролируя только 10 процентов территории Инкской империи, северную часть современного Эквадора. Уаскар же контролировал остальные 90 процентов. В течение последующих пяти лет это соотношение постепенно менялось, так что к концу войны территория, находившаяся под управлением Уаскара, уменьшилась до мизерной части.
Но втайне от Писарро Атауальпа направил гонцов, которые должны были задержать конвой, сопровождавший его брата. Примерно в четырехстах километрах к югу от Кахамарки инкские солдаты убили Уаскара и сбросили его тело в реку. Отказавшись от возможности освободить своего брата и попросить его помочь организовать народное восстание против захватчиков, Атауальпа сделал ставку на династическую политику. По иронии судьбы плененный инкский император решил, что важнее защищать свой трон от поползновений со стороны своего брата, чем от посягательств отряда иноземных захватчиков. Будучи уверенным в том, что испанцы скоро уйдут, он полагал, что теперь, когда его брат мертв, вопрос о власти над всей империей можно считать решенным.
Как ни удивительно, Писарро принял объяснение Атауальпы относительно причин скорой смерти Уаскара — брата якобы убили стражи, не имея на то распоряжений Атауальпы. Теперь, когда остался только один инкский император, и его местоположение представлялось вполне надежным, очень важным был тот факт, что Писарро мог продолжать контролировать империю посредством фигуры Атауальпы, чьи вассалы оставались верными ему.