Манко вскоре двинулся из столицы в поход против генерала Кискиса. Вместе с Манко выступили Эрнан де Сото, 50 испанских кавалеристов и 10 000 туземных воинов. Совместная испанско-инкская атака на позиции генерала Кискиса нанесла такой урон его армии, что и офицеры северной армии, и рекруты из числа крестьян в итоге сочли, что с них достаточно. Находясь вдали от своих домов уже почти два года, войска фактически вынудили своего гордого генерала начать долгое отступление на север, к Кито.
В то время как генерал Кискис поспешно отступал, Манко особо не терял времени, готовясь к своей коронации. Сначала он ушел в горы для традиционного трехдневного поста, а затем вернулся в Куско для участия в церемонии.
«Когда пост был закончен, он [Манко] появился в богатой одежде, сопровождаемый большим числом людей… в каждом месте, где он собирался садиться, ему подкладывали роскошные подушки, а под ноги [клали] королевское полотно… Пообок от него [сидели] вожди, военачальники, провинциальные управляющие и повелители больших королевств… В его окружении были только высокопоставленные персоны».
Коронация Манко проводилась в городе, который не только являлся на протяжении столетий столицей для этнической группы, известной под названием «инки», — в Куско царствовали императоры божественного происхождения, тело каждого из них было мумифицировано, облачено в роскошное одеяние и содержалось — наряду с телами слуг императора — в специально отведенном ему храме. В Куско проживал великий Уайна Капак — отец Манко, Атауальпы и Уаскара; его жизнь предположительно была унесена оспой после того, как он осуществил завоевание провинции, территориально соответствующей современному Эквадору. В этом городе покоился Тупак Инка Юпанки, чьи легионы завоевали территорию протяженностью в тысячу миль, ныне относящуюся к государству Чили. Также Тупак Инка раздвинул и до того уже обширные границы империи на восток, в направлении Амазонки. В этом городе властвовал великий Пачакути, правитель, чья дальновидность позволила превратить некогда маленькое королевство в обширную, многоязычную империю. В Куско также проживало множество правителей более раннего периода, правивших маленьким изначальным инкским королевством, — задолго до того, как их потомки завладеют ресурсами большей части западного сектора Южной Америки.
Когда на церемонии коронации Манко появились мумии его предков, которые до сих пор почитались в качестве богов жителями империи, испанцы впервые получили возможность познакомиться с культом предков — традицией, общей для исконных южноамериканских культур. Зрелище ссохшихся останков императоров, с которыми совещались живые люди, должно было ужаснуть монаха-доминиканца Висенте де Вальверде, который, вне всякого сомнения, должен был воспринимать подобный род общения как работу дьявола. Испанцы наблюдали за церемонией коронации Манко, на которой присутствовала свита, состоявшая из мертвых инкских императоров, с ужасом вперемешку с отвращением, и это можно понять. По словам летописца Мигеля де Эстете,
«…проводились роскошные празднества на городской площади, [и]… такое огромное количество народу туда собиралось… что площадь могла вместить его лишь с большим трудом. Манко доставил всех почивших предков на празднества следующим образом: после того как он со своей огромной свитой направился к храму, чтобы вознести молитву солнцу, утром он последовательно обошел гробницы, где каждый [из умерших императоров] сидел набальзамированный на своем сиденье. С проявлением огромного почтения тела были сняты со своих мест и направлены в город; индейцы в особой униформе несли на носилках тело императора, тела всех его слуг и все его украшения, — так, словно он был жив. Таким образом туземцы прошествовали к месту празднеств, распевая песни и воздавая благодарение солнцу… Они прибыли на площадь в сопровождении бесчисленного множества людей, впереди всей процессии на носилках несли императора [Манко Инку] и находившегося рядом с ним его отца Уайну Капака. Подобным же образом восседали в набальзамированном виде на своих носилках другие императоры, на головах у них были королевские повязки.