Испанский глагол «encomendar» означает «поручать, доверять». Основная идея энкомьенды коренится в средневековой сеньориальной системе: король даровал бенефиций (право облагать налогом местное крестьянство) представителям знати, которые взамен давали королю клятву верности. Точно так же, как европейские крестьяне «вверяли» себя сеньору-вотчиннику и отдавали ему часть произведенной продукции взамен за его покровительство, туземцы Нового Света теперь должны были — под угрозой наказания или смерти — трудиться на испанских конкистадоров, которые теоретически обязаны были их «защищать» и «евангелизировать».
Таким образом, конкистадоры могли теперь селиться в туземных городах и жить за счет продукции, производимой местным населением в сельской местности. Ввиду того что в испанском обществе ручной труд и торговля считались уделом низших классов, конкистадоры, получив возможность облагать налогом местное крестьянство, в одночасье оказывались причисленными к испанской аристократии. По сути, началась реструктуризация социальной пирамиды Инкской империи: инкскую элиту, освобожденную от необходимости заниматься ручным трудом ввиду своего высокого социального статуса, теперь должны были заменить представители низших испанских классов, по большей части необразованные и безграмотные, все они мечтали о подобной же нетрудовой жизни.
Осознавали ли это конкистадоры или нет, но это был один из очень немногих моментов в мировой истории, когда представители простого народа практически в одночасье получили возможность стать феодальными сеньорами. В итоге 88 испанцев решили принять энкомьенды и остаться на постоянное жительство в Куско.
Ничего не ведая о планах испанцев, молодой император Манко Инка был погружен в свои проблемы. Сначала он должен был уверенно взять в свои руки бразды правления империей, которые сначала были вырваны из рук его брата Уаскара, а затем из рук второго его брата Атауальпы. Первоочередной задачей Манко было восстановление авторитета Сапы Инки, или «Единого императора», — даже при том, что на севере под началом генералов Атауальпы, Руминяви и Кискиса, продолжали находиться враждебные Манко армии. В то время как часть регионов Тавантинсуйю продолжала автоматически функционировать в государственном режиме, в некоторых областях ощутимым становилось доминирование местных полководцев и вождей. Стремясь сбросить ярмо инкского владычества, эти местные вожди получили свою выгоду от ведения гражданских войн и от проведения Писарро своей завоевательной экспедиции. Сидя на своем королевском кресле — дуо, Манко уверенно приступил к восстановлению инкской имперской власти. Вскоре молодой император начал принимать у себя провинциальных управителей; стал назначать новых в тех случаях, когда эти управители не справлялись со своими задачами. Шаг за шагом он осуществлял трудоемкую задачу по восстановлению сложного государственного механизма, который был создан его предками и тысячами лет культурного развития в андском регионе.
Испанцы между тем имели очень слабое представление о том, какой сложный механизм представляла собой империя, которую они частично завоевали. В то время как они сразу же распознали общие черты, сближавшие инкский мир с культурой Старого Света, они имели крайне скудные сведения относительно подлинных механизмов, приводивших Инкскую империю в движение. Гений инков — так же как и римлян — заключался в их совершенно исключительных организаторских способностях. Каким бы удивительным это ни казалось, этническая группа, численность которой, по-видимому, никогда не превышала 100 000 человек, оказалась способна управлять жизнедеятельностью в 10 миллионов человек. И все это несмотря на тот факт, что жители империи говорили более чем на семистах языках и были расселены на пространстве протяженностью в 2500 миль, которое отличалось самым неровным и самым неоднородным рельефом в мире.
Экономика Инкской империи, как и экономика многих более ранних мировых цивилизаций, базировалась преимущественно на сельском хозяйстве. Именно благодаря искусному управлению и обширным работам по выстраиванию террас количество сельскохозяйственных угодий за время инкского правления постоянно увеличивалось. Даже если урожай в какой-то одной области был низким, хорошо развитая государственная система хранения продовольствия и налаженная организация транспортировки продуктов из одной части империи в другую делали голод практически невозможным. При том что экономика Инкской империи была далека от совершенства, каждому ее жителю был гарантирован кров и достаточное количество еды и одежды.