«Офицеры обратились к Кискису с предложением просить испанцев о мире, поскольку те явно были непобедимы», — писал историк XVI в. Франсиско Лопес де Тамара. Однако генерал Кискис — командующий, которому довелось провести свою победоносную армию вдоль всей протяженности Андских гор, который успешно сражайся с Уаскаром и пленил его, а затем оккупировал Куско, — настаивал на том, чтобы его войска продолжали оставаться на своем месте и дрались с врагом. Способный тактик, Кискис со временем понял, что, размещая своих бойцов на крутых откосах, там, где лошади испанцев не могут маневрировать, он в состоянии нейтрализовать самое мощное оружие захватчиков. Но сейчас, когда его собственные офицеры угрожали покинуть поле боя, бывший генерал Атауальпы уже не мог сдержать свою растущую ярость. «Он [Кискис] угрожал им ввиду проявленной ими трусости и приказал им следовать за собой в место, где можно было бы перегруппировать войска [и продолжать сражаться]». Но офицеры Кискиса взбунтовались, отказываясь выполнять приказы своего генерала.
Как и любое воинское соединение, инкская армия функционировала на основе строгой дисциплины. Атауальпа в свое время приказал казнить целый батальон своих солдат в Кахамарке лишь за то, что они выказали страх при виде испанских лошадей. Неповиновение являлось еще более серьезным преступлением и сурово наказывалось. Даже с учетом хаоса в настоящей ситуации поведение, продемонстрированное офицерами Кискиса, граничило с изменой. «Кискис выказал им за это свое презрение и поклялся наказать бунтовщиков», — писал Лопес де Гамара. Неожиданно «Уайпалкон [один из офицеров Кискиса] метнул копье, которое пробило ему грудь. Тогда и многие другие офицеры бросились вперед со своими дубинками и боевыми топорами и убили его».
Так закончилась жизнь одного из самых блестящих генералов Инкской империи, человека, который в свое время оказался вынужден повиноваться, хотя и с большой неохотой, приказам Атауальпы дозволить трем испанским добровольцам разграбить инкскую столицу. Несмотря на факт казни своего императора, Кискис отважно повел свой отряд в бой против испанцев.
Вскоре после гибели Кискиса один из капитанов Писарро, Себастьян де Беналкасар, сумел в Эквадоре загнать в угол последнего из трех выдающихся военачальников Атауальпы, генерала Руминяви. После продолжительных тактических маневров в итоге произошла решающая битва, в результате которой войска Руминяви сдались, однако самому генералу посчастливилось бежать. Испанские войска догнали инкского генерала, когда он переходил через заснеженную гору. В Кито ни к Руминяви, ни к другим плененным представителям инкской аристократии со стороны испанцев не было проявлено никакой пощады. По словам капеллана Маркоса де Нисы, «капитан Беналкасар вызвал к себе Луеса, одного из самых высокопоставленных людей в Кито, и поджег ему ступни, и применил к нему еще много других пыток, с тем чтобы заставить его раскрыть местонахождение сокрытых сокровищ Атауальпы [якобы существовавших], о которых он ничего не знал. [Затем] капитан сжег заживо вождя Чамбу, который также был невиновен. Капитан также сжег Косопангу, который был губернатором провинции Кито и который явился с миром, поскольку он предоставил золото не в таком количестве, которое было затребовано [капитаном Беналкасаром], и он также ничего не знал о зарытых сокровищах. [Капитан] сжег его вместе со многими другими вождями и высокопоставленными людьми — чтобы на этой земле более не осталось туземной знати».
Наконец испанцы вывели и генерала Руминяви на главную площадь Кито. Там выдающийся генерал был казнен за вмененное ему «преступление», заключавшееся в оказании сопротивления иноземной оккупации.
Итак, когда три верховных военачальника Атауальпы были мертвы, партнер Кортеса, Педро де Альварадо, был подкуплен, а сотни новоприбывших испанских солдат держал и путь на юг страны, перуанские богатства, вероятно, оказались под контролем двух партнеров, вместе начинавших свой завоевательный путь: Франсиско Писарро и Диего де Альмагро. Посредством марионеточного императора Манко Инки эти два конкистадора контролировали огромный инкский аппарат управления, имели возможность взимать подати и были готовы подавить любые потенциальные восстания туземцев. В случае, если бы им удалось поддерживать состояние мира, Писарро и Альмагро явно были способны постепенно превратить Тавантинсуйю в прибыльную колонию стремительно разраставшейся Испанской империи.